「CREW GUYS」に入隊したメビウス＝ミライは、リュウ隊員と共に新しい隊員探しに奔走する。ミライは女性ライダーのマリナ、世界的サッカー選手であったジョージ、医大生のテッペイ、保育士を目指すコノミをスカウトするが…その時、地底から怪獣グドンが現れた！
かつてウルトラマンタロウ達を倒した火山怪鳥バードンが現れた！メビウスもまた、バードンの嘴の毒に倒れてしまう。毒に冒されてもなお、たった一つしかない３分間の命を削りながら戦うウルトラマンの姿に、リュウはある決意をして立ち上がる…。
マケット怪獣の使用が解禁された。マケット怪獣とは、過去に現れた怪獣のデータを元に再現された、味方となる怪獣だ。早速実用化に向け第１号「ミクラス」をテストするが、全く役に立たない。だが唯一コノミの言うことだけは聞くらしい。そんな時、宇宙怪獣ケルビムが現れた！
CREW GUYSの仲間と対立したジョージが、GUYSをやめたいと言い出した。ミライはそれを止めようと、サッカーで勝負を挑む。現れた怪獣サドラと、その姿を舌なめずりして見つめる不気味な女…。奮闘するメビウスとGUYSの前に、突如青い巨人が乱入した！
サドラは、さらに凶悪な生命体によって捕食されていた。この新たな生命体は何者なのか…。その時海底に異変が起きる。調査に向かったリュウとマリナは海底で信じられない声を聞いた。それは不気味な女の笑い声！女が光を放ったとき、岩壁から怪獣ツインテールが現れた！！
ファントン星人が地球に落とした非常用食料シーピン929が、高次元捕食体ボガールの手で大気に触れ、無限に肥大化を始めた！このままでは地球が飲みこまれてしまう!!しかし肝心のファントン星人は寝ぼけ眼。なすすべのない隊員たちに隊長は…。
怪獣を捕食する凶悪な生命体、ボガールが電流に弱いことが判明した。GUYSはミクラスをエレキミクラスへとパワーアップさせる。一方リュウは、死んだ筈のセリザワが青い巨人＝ハンターナイトツルギだと知り、困惑する。ツルギは、メビウスもろともボガールを倒そうと迫る！
メビウスがボガールを退け、ツルギが力尽きたように消えた。GUYSはボガールが体内にエネルギーをため込んだ、いわば「移動する火薬庫」だと突き止める。もし無闇にボガールを攻撃すれば都心は壊滅してしまう。しかし、ツルギにとってはボガールへの復讐が全てだった―。
立案されたボガールモンス殲滅作戦は、メビウスたちの命を危険にさらすものだった。GUYSクルーは、メビウスとツルギを救う独自のミッションを実行する。救出に許される時間はメテオール限界時間の１分間。GUYSはメビウスとツルギを救い出すことができるのか?!
命が尽きようとしているツルギの前に、ウルトラの母が現れた。一方、地球ではGUYSの倒したディノゾールが、２つ首のディノゾールリバースとして復活する！メビウスとリュウが危機に陥ったとき、母の奇跡で真の姿に戻ったツルギ＝ウルトラマンヒカリが駆け付ける！
トリヤマ補佐官は、廃棄が決まった危険な研究品を紛失してしまう。グロテスセルという名のこのメテオールは、中が空洞の物に入り込み生物のように動くという。補佐官の頼みで捜索に向かうミライたちだが、すでにグロテスセルは商売繁盛の神様、恵比寿像に入ってしまっていた！
マリナはかつてのレーシングチームの監督カドクラと山へツーリングに出かける。そこで偶然出会ったのは、知り合いの登山家リンコ。しかしムカデンダーが出現したことで、３人は山中に孤立してしまった。マリナはバイクでムカデンダーを引きつけ、自ら囮になる作戦に出る！
テレビに映るテッペイを母親がたまたま目にしたことから大騒ぎに。息子を医者にすることが夢である母親に、テッペイはGUYSのメンバーであることを言えずにいたのだ。一方、人間に憑いたインセクタスの幼生が病院内で脱皮を繰り返し、成長を続けていた…。
アライソ整備長の制止を振り切って出撃したため、ガンフェニックスは故障してしまう。最新鋭機ガンブースターで出撃するリュウ。しかし絶体絶命の危機を間一髪でウルトラマンヒカリが救った！傷ついたヒカリの前に現れたのは…宇宙警備隊隊長ゾフィー！
オオシマ彗星上では宇宙人同士の果し合いが行われていた。激しい戦いの影響で彗星は地球との衝突コースに入り、迎撃準備に入るGUYS。混乱のさなか、果たし合いの勝者・宇宙剣豪ザムシャーはミライに地球へ来た目的を答える。それは「ツルギとの果たし合い」だった！
何度倒しても再生する脅威の怪獣サラマンドラに苦戦するGUYS。数々の戦いで疲弊していたウルトラマンヒカリが現れるも、リュウはヒカリを制し、限界までGUYSの力で戦おうとする。ヒカリの見守る中、リュウは危険な戦術「フォーメーション・ヤマト」を決行する！
ウルトラマンヒカリが光の国へ帰った今、地球にはメビウスしかウルトラマンはいない―。ミライはウルトラマンとしての重い責任を感じて苦しんでいた。そんな時、強敵ベムスターが地球に飛来する。危機に陥ったメビウスを救ったのは、ヒカリの遺した新たな力だった！
寸分違わぬ姿の３体の怪獣ディガルーグが日本に上陸した！ただ１人その正体を見抜いたジョージは、独断で新兵器メテオールショットを使おうとしてリュウたちと衝突してしまう。人間には使いこなせないはずのこの武器を、ジョージにだけは使える理由があったのだ。
GUYSは特殊音波で怪獣を誘導するハーメルンプロジェクトの実験を開始。しかしその音波の影響で、二大怪獣が出現してしまう。しかもプロジェクトの視察を任命されたミサキ総監代行とマル補佐官秘書が、研究棟で怪獣の襲撃に巻き込まれてしまった…！
宇宙船アランダスからの救難信号をキャッチしたGUYSは、未知の空間ウルトラゾーンへ調査に向かう。そこで彼らが見たものは、アランダスの残骸と、宇宙に眠る追放された怪獣たちの墓場だった！ミライはそこで、誰も知らない筈のアランダスが辿った運命を語り始めた…。
アランダスの船長の息子・ヒロトこそ、ミライが人間体のモデルにした人物だった。息子と同じ姿のミライに会い、バン船長の脳裏にあの日の惨劇が甦る。宇宙に散ったヒロトとメビウスはなぜ出会ったのか？そしてメビウスが「ヒビノ・ミライ」と名乗ることになったいきさつとは？
マリナは警察の依頼で、海鳴りの音と共に起きるという集団失踪事件の捜査に協力する。現れた刑事・桐李に不思議な懐かしさを感じながら共に行動するマリナ。やがて海鳴りの音と共に、マリナは７年前の過去の世界へと引き込まれ、子供の頃の自分自身と遭遇す…。。
GUYS市民感謝デーの最中に、ミライはかつてＡが戦った強敵ヤプールからの挑戦を受ける。ヤプールはリュウに取り憑き、姑息な手段で仲間からミライを孤立させていく。ついにリュウを撃たなければヤプールを倒せない状況に追い込まれたミライの取った選択とは?!!
異次元物理学の権威フジサワ博士が来日した。超獣ドラゴリーを操るヤプールはフジサワ博士を密かに支配し、水につけると大爆発するというメテオールカートリッジで基地の爆破をたくらむ。博士に一目ぼれしたジョージは、この危機を救うべく…。
フジサワ博士は半永久的に超獣の侵入を阻止できる新型メテオールを開発するが、それはGUYSの基地・フェニックスネストのフライトモード時でないと扱えないものだった。そこへ超獣ベロクロンが急襲！フライトモードの運用指揮権を持つサコミズ隊長が重傷を負ってしまう。
ヤプールの復活に備え、新しいマケット怪獣を選抜し、その増強を図る実験が始まった。仮想空間で展開される、データによる怪獣たちの戦い。しかし最強の怪獣ゼットンが暴走し、基地に危険が迫る。ミライは危険を承知で体をデータ化し、メビウスとなってゼットンに戦いを挑む！
基地に”赤い幽霊”出没の噂が渦巻いていたある日。コノミは子供の頃に勇気を与えてくれたスザキという青年に再会する。思い出の彼とのデートを楽しむコノミ。しかしスザキは、ゴシップ記者と共謀し、コノミを利用してGUYSのスキャンダルをビデオに収めようとしていた！
地球に大きな危機が迫り、若きメビウスに光の国への帰還命令が出る。苦悩しながらも仲間たち一人一人に別れを告げるミライ。その時、恐るべき強敵インぺライザーが現れた！なす術の無いGUYS。これが最後の戦い―仲間と地球を守るため、ミライはリュウの眼前で変身した！！
駆けつけたウルトラマンタロウがインぺライザーを退け、負傷したメビウス＝ミライは姿を消す。しかし再生したインぺライザーには、タロウ禁断の技・ウルトラダイナマイトをも通用せず、絶体絶命！GUYSに全てを明かしたミライは、命を賭けて、仲間の目前で変身する！
GUYSスペーシーの防衛ラインが突破され、世界中にUFOが出現した。やがて飛来した新種の円盤生物が、メビウス抹殺指令の存在を仄めかす。仲間との絆の力でバーニングブレイブの姿に覚醒したメビウスだったが、しかしまだその力の出し方を完全に理解してはいなかった―。
地球に現れたメイツ星人は、地球人と友好を結びにやって来たという。怪獣を連れてきたのはメビウスの攻撃に備えてのことだと。そして彼は、30年前に地球を訪れた罪も無いメイツ星人が、宇宙人であるという理由だけで人間に殺されてしまった事件について語り始めた―。
テッペイが一目ぼれしたミサは、フェミゴンに取り憑かれていた。時々パニックを起こし、その度に周囲に炎が上がるという。フェミゴンを倒せばミサも死んでしまうかもしれない。ミサを助けたいテッペイは、フェミゴンに光線を撃とうとしたミライと対立する。
メビウスは、リフレクト星人に光線技が効かず敗れてしまう。そんなメビウスを呼び出したのは、ウルトラマンレオだった。レオは、星人に勝てなければ今後メビウスには地球を託せないと宣告する。特訓を力に変えたレオの過去の戦いに学び、ミライは一人修行に励む。
突然ハンターナイトツルギが現れ、街を破壊した。人々は青いウルトラマンを敵だと思い始める。GUYSは帰ってきたセリザワを拘束するが、全てはババルウ星人の陰謀だった。ウルトラマンヒカリはババルウ星人を倒し、青いウルトラマンとして人々の信頼を得る事ができるのか？
ミライの妹を名乗る少女のカコは、超能力でいたずらを繰り返している宇宙を放浪するサイコキノ星人だった。歓迎するGUYSクルーだったが、宇宙人を怖れたトリヤマ補佐官は彼女を捕らえようとする。怒ったカコは、怪獣アングロスを暴れさせた！
今日は「ウルトラの父降臨祭」。何度か地球で奇跡を起こしたウルトラの父を称える日だ。GUYSもパーティーを開くことになり、これにミライもウルトラマンとして大喜び。そこに怪獣ジャシュラインが現れる。迎え撃つメビウスだったが、何と体を黄金像に変えられてしまった！
凄まじい飛行能力をもつアリゲラが地球に侵入した。苦戦するGUYSとメビウスを救ったのは、GUYSオーシャンのエリート、勇魚（イサナ）。GUYSジャパンは共同戦線をはってアリゲラに挑む。果たして、驚異のスピードをもつアリゲラを捕らえることができるのか!?
GUYSの基地フェニックスネストの食堂で働く日ノ出サユリは、交通事故で命を落とす。子供達に未練があったサユリは、病室に現れたサーペント星人との同化の申し出を承諾し、甦る。しかしサーペント星人の狙いは、地球侵略の為の潜入だったのだ！
ある日、ミライは孤独な女子高生ナオコと出会う。一人になりたくないために意地悪な友達でも一緒にいるナオコを見て、ミライは人間の寂しさへの恐怖を思う。その頃、人間の寂しい心に付け入る怪獣ソリチュラが地球に侵入。美しい青年に化けた植物怪人が、ナオコに接近する！
ウルトラマン80＝矢的猛は、かつて中学校で教師をしながら、地球の平和を守っていた。その当時の生徒たちが統廃合される母校で同窓会を計画していることをミライは知る。彼は80にこの事を伝えるが、別れも告げずに学校を去った80は、教え子に再会する事を躊躇っていた。
多々良島にレッドキングが出現。メビウスに倒された直後、ゴモラへと姿を変え復活する！その頃、突然GUYS総本部からタケナカ最高総議長がやってきた。サコミズ隊長と密室で語らう２人。そこで驚くべき事実が語られる！それはサコミズ隊長とゾフィーとの出会いであった！
怪獣を呼び寄せる時空波の発信源が判明したという情報が入った。連絡の取れないミライを残してGUYSはフェニックスネストで発進する。その頃ミライはヤプールが生み出したメビウスキラーの挑戦を受けていた。自分とまったく同じ力を持つ敵にどう立ち向かう？
崩壊した世界にミライたちを閉じ込め、人間に失望させようと姑息な作戦を遂行するヤプール。その頃、隊員たちが乗るフェニックスネストは月面でルナチクスに襲われ、危機に陥っていた。その時マリナが不思議な声を聞いた。声の主は…北斗星司！ウルトラマンエース!!
GUYS全員を人質にしたというデスレムのメッセージを託され、一人地球に解放されたジョージ。暴れるデスレムを前に戦うことのできないメビウス。理由を知った市民は、戦わぬメビウスと、生きて人質になったGUYSを非難する。その時、ウルトラマンジャックが帰ってきた！
デスレムを倒しGUYSの隊員たちが戻ったが、暗黒四天王の１人グローザムによってメビウスが凍結されてしまった！GUYSは救出作戦を決行するも、既にチームは満身創痍だ。氷漬けのメビウスを目にし絶望するコノミの前に、モロボシ・ダン＝ウルトラセブンが姿を現した！
ミライが不気味な夢から覚めると、世界はメビウスとメフィラス星人の存在が逆転していた。全人類から侵略者と呼ばれたミライは、真実を思い出させようと必死で説得するが、GUYSはメビウスを攻撃する！その時、宿敵・メフィラス星人の謀略にウルトラマンが立ちあがった！
突如、インぺライザーの大軍団が襲来。激闘の連続でミライは倒れてしまう。その時エンペラ星人の声が世界に響き、潜伏しているウルトラマンメビウスを差し出すことを要求した。ミライの身柄引き渡しを要求する政府に、サコミズ隊長は遂に自分の正体を告白する！
インぺライザーの大軍団の攻撃で壊滅寸前のフェニックスネスト。戦い続け傷ついたメビウスとヒカリには、もはや戦う力は残っていない。絶体絶命の危機を、これまで出会ってきた宇宙人のライバル、そして友達が救う。怒るエンペラ星人はついにその姿を現し、空を暗雲に包んだ！