事故・災害・事件の現場へと駆けつけて、患者を救命するために発足した"TOKYO MER"。救命救急チーム"TOKYO MER"のメンバーは7人。チーフドクターの喜多見幸太(鈴木亮平)、研修医・弦巻比奈(中条あやみ)、看護師・蔵前夏梅(菜々緒)とベトナム人看護師・ホアン・ラン・ミン(フォンチー)、麻酔科医・冬木治朗(小手伸也)、臨床工学技士・徳丸元一(佐野勇斗)。そして、厚生労働省の官僚であり医師の音羽尚(賀来賢人)。その誰もが救命医療のスペシャリストたちだ。そんな"TOKYO MER"発足記念式典の最中、バス事故が起こる。重篤患者が出ているとの通報を受け、チームは現場へと急行。そこには、何人もの命の危機にひんした患者が待ち受けていた!複数の患者を危険極まりない事故現場でオペをするという前代未聞のミッションに挑む喜多見たち。だが、医師の常識を超越した喜多見の救命行為は、厚生労働省で問題視されてしまう。発足早々に解散の危機を迎えた"TOKYO MER"に、工場爆発というさらなる試練が待ち受けていた…!喜多見とメンバーに難しい決断が迫られる!
最愛の妹・喜多見涼香(佐藤栞里)を亡くし、失意のどん底にいた喜多見幸太(鈴木亮平)は"TOKYO MER"脱退を告げる。一方、都知事の赤塚梓(石田ゆり子)は意識不明のまま生死の境をさまよっていた。そして、音羽尚(賀来賢人)は大物政治家・天沼夕源(桂文珍)に逆らえないまま、ついに"TOKYO MER"解散が決定しようとしていた…。そんな中、エリオット・椿(城田優)による連続爆破テロで東京中が炎上!多くの負傷者が出るが、喜多見も音羽も出動せず、ERカーの使用も禁じられてしまう!最大のピンチを迎えたメンバー。しかし、その時…喜多見の心を震わせる「言葉」が響いた。"TOKYO MER"の最後の出動の物語。
隅田川で大型水上バスと屋形船の衝突事故が発生。多数の負傷者を乗せたまま、コントロールを失った屋形船は暴走。現場に急行したMERのメンバーたちだが、接舷できないため乗り込むことさえできない。さらに船底内部での燃料漏れにより、多くの患者を乗せたまま爆発する可能性が発覚!喜多見たちは取り残された人々の救助のため、予想外の作戦に出る。それはまさに、決死の挑戦だった・・・。