Wieder vereint, kommen Mulder und Scully einem von den USA gedeckten Naziwissenschaftler auf die Spur, der vor 50 Jahren zusammen mit Mulders Vater an einem streng geheimen Projekt gearbeitet hat. Bei der Durchsicht alter Geheimakten kommt Mulder ein furchtbarer Verdacht, der ein neues Licht auf das Verschwinden seiner Schwester werfen könnte. Er fürchtet, dass seine Schwester damals mit Zustimmung ihres eigenen Vaters von Außerirdischen entführt worden ist ...
A.D. Skinner and Scully are at a standoff when Mulder bursts in and discovers that Skinner has the digital tape. Reunited, Mulder and Scully travel to a secret vault inside a mine and find an elaborate filing system of medical records which reveals that Mulder's sister may not have been the first choice for abduction. Meanwhile, Skinner deals with the Cigarette-Smoking Man for their safety.
Huippusalaisten tiedostojen ajojahti päättyy.
Mulder recherche l'assassin de son père avec Scully et Skinner, qui détient désormais la disquette tant recherchée. Ils rencontrent Victor Klemper, un ancien collègue de son père qui leur révèle l'existence de l'opération Presse Papier : les Etats-Unis protégeaient des criminels de guerre en échange de leurs connaissances scientifiques. Guidés vers une mine contenant des milliers de dossiers et d'échantillons, ils en apprennent un peu plus sur ce fameux projet secret...
... ( az előző rész folytatása ) a Mulder lakásának ajtaján kilépő alak azonban nem más, mint maga Fox Mulder. Skinner leereszti a fegyvert és előveszi a mindenki által régóta keresett számítógép-kazettát. Elmondja, hogy ez a kazetta az egyetlen esélyük, hogy bíróság elé állíthassák William Mulder gyilkosait. Skinner ragaszkodik ahhoz, hogy a kazetta továbbra is nála legyen.
Mentre lo stallo tra Scully e Skinner (dall'episodio precedente) continua.... Mulder irrompe dalla porta di entrata del suo appartamento ed ordina a Skinner di lasciar cadere la propria arma. Skinner accetta, ed esibisce il disco per computer che contiene i file top secret del Dipartimento della Difesa sulla vita extraterrestre. Comprendendo che il disco è la sola prova che il trio ha per poter consegnare l'assassino del Sig. Mulder alla giustizia, insiste per custodirlo lui stesso. Mulder e Scully esaminano un insieme di vecchie fotografie del Sig. Mulder com i suoi collegi statali. Con l'aiuto dei Guerrieri Solitari, Mulder e Scully identificano un uomo di nome Victor Klemper. Klemper è un criminale di guerra nazista ed un partecipante dell'Operazione Paper Clip, un'operazione del governo degli Stati Uniti finalizzata a garantire un luogo sicuro ai criminali di guerra in cambio delle loro conoscenze scientifiche. Prima di intervistare Klemper, Scully viene a sapere che sua sorella Melissa è in condizioni critiche in un vicino ospedale. Ma temendo un'imboscata dei sicari, Scully si unisce a Mulder nella ricerca di Klemper.
Gli agenti riecono a far ricordare all'anziano Klemper alcune informazioni, tra cui che la foto di gruppo è stata fatta alla Strughold Mining Company nella Virginia dell'ovest, ed un suo riferimento alla costante di Nepero, la base di tutti i logaritmi naturali.
Quando gli agenti visitano la sgangherata miniera, scoprono delle pesanti porte di metallo costruite sul roccioso lato della montagna. Gli agenti riescono ad avere accesso digitando la costante di Nepero in un tastierino numerico. All'interno, trovano dei corridoi apparentemente senza fine di archivi contenenti documenti e campioni di tessuto di centinaia di cittadini americani. La loro ricerca viene interrotta quando un U.F.O. scende dal cielo. Nello stesso istante una squadra del governo circonda l'edificio. I soldati sparano contro Mulder che cerca di rifugiarsi. Lui e Scully tro
Mulder en Scully doorzoeken een mysterieuze foto van de samenzwering van de Syndicate, waar Mulder's vader bij betrokken was. Hun onderzoek leidt naar Strughold Mining Facility waar een mysterieus geheim wacht om ontrafeld te worden...
Mulder i Scully docierają do starszego naukowca, który pracował dla faszystowskich Niemiec. Agenci rozwiązują zagadkę operacji Paper Clip.
Novamente reunidos, Scully e Mulder descobrem um terrível segredo que envolve registros médicos e fugitivos nazistas. Enquanto isso Skinner tenta garantir a segurança de seus agentes enfrentando o Canceroso.
Правительственная группа спецназа окружает агентов, в то время как Малдер пытается найти ключ к участию своего отца в секретном проекте.
Mientras intenta desvelar un plan del gobierno para crear híbridos humanos y alienígenas, Mulder descubre más sobre la abducción de su hermana.
Mulder stormar in till Scully och Skinner, och upptäcker att Skinner har digitalbandet. Mulder och Scully är återförenade och beger sig till ett hemligt valv i en gruva, medan Skinner handskas med Cigarette Smoking Man.
M和S找到一个二战时期为美国政府工作过的纳粹科学家,根据他提供的线索找到了一个已经荒废的矿物开发公司。在那里,秘密地保存着几十年来全美所有接种过天花疫苗的人的医疗档案。M发现自己的档案被做过手脚,而S的档案在最近被更新过。M目击了巨大的UFO升空,S在隐约中看到了little gray man。SKINNER大叔作为谈判筹码的磁带被小克抢走了,跟此事有关的人陆续被灭口,小克也差点死掉,自此他和CSM卯上了。SKINNER大叔最后谈判成功,帮助M和S恢复了公职,此事遂告一段落。
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