1998年8月、観布子市では少女による飛び降り自殺が多発していた。自殺した少女たちの関連性は不明で、場所はきまって巫条ビルという取り壊しの決まった高層ビルだった。両儀式はその巫条ビルの上空に浮遊する少女たちを目撃する。そんな中、式の友人である黒桐幹也が巫条ビルに近づいたのを機に昏睡状態に陥ってしまう。暦が9月に差し掛かろうとする頃、式は幹也を取り戻すため、夜の巫条ビルに赴く。
1995年3月、黒桐幹也は街で一人の少女と出会った。透徹した不思議な眼差しを持った少女に、幹也は一目で心を奪われてしまう。翌4月、観上高等学園の入学式で幹也はその少女と再会する。少女は「両儀式」と名乗り、人を寄せ付けない性格であったが、幹也には少しずつ心を開いていく。ある日、幹也は式のもう一つの人格である「織」と面識を持つことになる。自分は殺人者だと言う織に戸惑う幹也。そんな中、観布子市内では連続猟奇殺人事件が発生し、街は重苦しい雰囲気に包まれていた。
1998年7月、複数のねじ切られたような変死体が見つかるという、人間の仕業とは思えない猟奇殺人事件が発生する。そんな中、工房「伽藍の堂」の所長である蒼崎橙子に一件の依頼が飛び込んできた。依頼内容は事件の犯人の保護、あるいは殺害。犯人の名前は浅上藤乃。殺された被害者たちに陵辱されていた少女だった。両儀式は藤乃の暴走を止めるため、行動を開始する。
1998年6月、約2年間の昏睡状態から両儀式は奇跡的に回復する。しかし、目を開けた直後に見えたのは「死の線」。それが何なのかを理解してしまった式は、とっさに自らの目を潰そうとする。そんな中、一人の女性が式を訪ねてくる。その女性は蒼崎橙子と名乗り、「死の線」が見える眼の使い方を教えるといい、そして、式の別人格である「織」がいなくなっていることを指摘する。生の実感を喪失した式は抜け殻のような日々を送るが、その式の病室に毎夜さまよってくるモノがあった。それは、織がいなくなった隙間に入り込もうとする病院にいる悪霊達だった。（式が頼んでいないのに張られた）橙子の結界で悪霊を凌いでいたが、ある日、悪霊は霊安室にあった遺体を使って結界を物理的に破壊し、式に襲い掛かって来た。橙子から投げ渡されたナイフを使った応戦で「生きている死体」は殺したが、悪霊は今度は式の中に入り込む。しかし、それは彼女の計算の内であり、式は自らの中に入った悪霊だけを殺した。
1998年10月、両儀式はふとしたことから臙条巴という自称人殺しの家出少年と知り合う。巴に助けを求められた式は、彼に自室を隠れ家として提供し、奇妙な共同生活を送り始める。しばらくの後、巴は自分の親殺しの罪を告白する。奇しくも蒼崎橙子から似たような事件の詳細を聞いていた式は、巴と共に臙条家のある小川マンションへ向かう。
1999年1月、魔術師見習いである黒桐鮮花は、師である蒼崎橙子にある事件の調査を命じられる。それは鮮花の母校である礼園女学院で、生徒の記憶が妖精に奪われているというものだった。妖精を視ることができる両儀式を連れて学院に戻った鮮花は、さっそく調査を開始する。
1999年2月。両儀式は黒桐幹也の前から姿を消した。そして、それに合わせるように再発する連続猟奇殺人事件。3年前、自らを人殺しと称した式。信じ続けると誓った幹也。幹也は式の無実を証明するため、殺人事件の捜査を始める。そんな中、幹也はある麻薬事件をきっかけに、高校時代の先輩・白純里緒と再会する。
1999年3月、雪の降る夜。黒桐幹也は4年前と同じ場所で、『両儀式』に再会する。
1998年8月、倉密メルカを追ってきた両儀式は爆発に巻き込まれる。メルカは爆弾魔で未来をあらかじめ見ることができる能力を持っていた。同じころ、礼園女学院の生徒、瀬尾静音は黒桐幹也に出会う。自分の話したことを信用してくれた幹也に心惹（ひ）かれた静音は、長い間悩み続けてきた自分の能力を打ち明け…。
「キミに、幸あれ―」 1998年8月。両儀式は黒桐幹也に頼まれ、一定の期間、黒い猫を預かることになり……。
