A történet főhőse Misi, aki egy mókus. Az első nap, amikor iskolába megy, még nem akar felkelni. A testvérei megmosakodnak, amíg Misi alszik. Misit is felébresztik a szülei, és az anyukája megfürdeti. A gyerekek közösen megreggeliznek, utána pedig Mókus Apó készít egy fényképet róluk. Ekkor Szajkó néni, a szaglászó szomszéd észreveszi, hogy Misinek fekete a farka és ezen mindenki elcsodálkozik. Mókus Minyó azt mondja, hogy fessék be Misi farkát, de Szajkónéni azt javasolja, hogy inkább vágják le. Misi erre megijed, és világgá megy. A testvérei utána mennek, hogy hazahozzák Misit. Misi barangol az erdőben, és felmászik egy magas fa tetejére. Ekkor a testvérei lehívják, és megvigasztalják Misit, majd együtt elindulnak az iskolába.
Amíg iskolában vannak, addig Mókus Minyó levelet ír Rókusnak a tudós mókusnak, hogy jöjjön el, és vizsgálja meg Misi farkát. Rókusnak elmesélik, hogy mi történt, ő pedig megmondja az igazságot Misiről: Misit ugyanúgy kell szeretni, mint a többieket, még akkor is ha fekete a farka. Ezzel nincsen semmi baj sem, mert bárkinek akadhat valami önálló jellegzetessége. Misi szülei erre megnyugodnak. A gyerekek négy osztálytársukkal az iskolában tanulnak. Az iskolában a Mókus tanár úr egy fontos tananyagról beszél, amit egy ennivalóval szemléltet. Azt mondja a gyerekeknek, ezt nem szabad megenni, de Misi nem fogad szót, és mégis megeszi...
A szülei, és a testvérei aggódnak érte, hogy elcsavargott otthonról. Anyukájuk ír egy levelet a rendőrkutyának, hogy keresse meg Misit, és hozza haza. Misi sétál a városban, és egy fán lapul meg egy zöldséges standja felett. Ellop egy citromot és megkóstolja, de nem ízlik neki, ezért ledobja, pont a fa alatt ülő öregasszony fejére esik. Az kihívja a parkőrt. hogy nézzen utána, mi is történt. Egy éles szemű fiú, észreveszi Misit, az arra járó madarász pedig elkapja egy merítőhálóval, és autóval elviszi a boltba, a csomagtartóba rakva.
Másnap a boltba érkezik egy vásárló a fiával. A fiú azt kéri apukájától, hogy vegyen meg neki egy mókust. Ez meg is történik, és hazaviszik Misit. Este benyit hozzá a fiú, és játszani akar vele, de felbosszantja Misit, és ő erre megharapja az ujját. Misit büntetésből felviszik a padlásra, ő azonban kirágja a kalitkája alját, és szétnéz a padláson. Megjelenik ott egy kandúr, és meg akarja enni Misit, de sikerül elmenekülnie előle. Kiugrik egy ruhadarabbal az ablakon, és lassan leereszkedik. A rendőrkutya a rendőrkocsijával éppen arra jár, de elhajt a kocsival, mielőtt Misit észrevenné. Misi pedig a következő teherautóba esik.
Másnap reggelre az autó kiér Misivel a kikötőbe. Ő egy ládában felkerül a hajóra, ahol találkozik egy kandúrral. A kandúr Misit, mint potyautast kinevezi másodfedélköz-mókusnak, és ad neki egy kis munkát, meg egy kapitánysapkát. Misi felmászik az árbocra, ahol találkozik Dániellel az albatrosszal, aki elrepíti a sivatagba.
A sivatagban találkoznak Sámuellel, a tevével, és Ottmárral, az őslénykutatóval. Misi elmondja, hogy az örökké termő fát keresi. Ekkor Ottmár ad neki egy világjáró esernyőt, és megmutatja neki az utat, merre menjen tovább. A dzsungelbe érve találkozik Bumbával, a majommal, aki Elmeséli Misinek, hogy neki az a feladata, hogy itt őrködjön egy tárcsával a kezében, hogy ne menjen erre tovább senki se. Mert aki erre megy, azt Krokó, a krokodil megeszi. Éppen ekkor megjelenik Krokó, aki meg akarja enni Misit. Ő azonban Krokó szájába rakja Bumba tárcsáját, és csak akkor hajlandó kivenni, ha Krokó megígéri, hogy ezentúl csak halat eszik. Krokó betartja az ígéretét, majd megmutatja Misinek, merre menjen tovább az örökké termő fa felé.
Misi találkozik Kával, a kígyóval, aki meg akarja enni. Közben utoléri a munkáját vesztett Bumba is. Mindketten menekülni próbálnak a kígyó elől, de nem sikerül. Bumba egy matematikai feladványt ad Kának, amely lekötei annyira, hogy el tudjanak osonni. Bumba az Apa-pirra-soka-tir nevű nagy bölcs biztos tudja, hogy merre kell mennie Misinek, de a bölcs lakhelyét csak Kacifánt az elefánt ismeri. Mikor találkoznak, Kacifánttal az Misit is majomnak nézi, és nem akarja elhinni, hogy ő másféle állat. Fogadnak száz banánban azzal a feltétellel, hogy a bölcset kérik fel döntnöknek, így Kacifánt elviszi őket a barlangjához.
Misi előremegy, és elmagyarázza a bölcsnek, hogy mi a különbség a majom és a mókus között. Így az egyértelmű választ ad Kacifántnak, aki így elveszti a fogadást. Misi a száz banánt a bölcsnek ajánlja fel, majd megkérdezi tőle, merre van az örökké termő fa. Válaszként azt kapja, hogy jó úton jár, a barlangból eredő a folyón egyenesen oda jut. Innen tavirózsa leveléből készült csónakban megy tovább Bumbával együtt.
Misi és Bumba ismét találkozik Ottmáral és Sámuellel. Hogy a vízesést elkerüljék, az éneklő sárkányok barlangján keresztül mennek. Sámuel nem tart velük a barlangba, így a többiek Misi tavirózsa-hajóján folytatják az utat. A sárkányokról kiderül, hogy békák, akik kórusban és kánonban is eléneklik nekik a "Száraz tónak nedves partján" dalocskát. Misi az esernyőt hajóként használva külön megy tovább a barlangból az örökké termő fa szigetére.
Misi ráül a vízen egy kőre, amiről kiderül, hogy valójában egy Aladár nevű víziló. Ő viszi el a szigetre, ahol tényleg sikerül megtalálnia az örökké termő fát. A fa tövében három-négy kövér mókus is tanyázik, akiknek minden mozgás nehezére esik, még a darazsakat sem tudják elhessegetni. Misi kergeti el azokat, de ekkor kiderül, hogy a kövér mókusok bundája igen poros. Misi ezért megtanítja őket tisztálkodni, és arra is, hogyan védjék meg magukat, de a látványtól megrettenve és megundorodva inkább elhagyja a szigetet a víziló hátán.
Misi elindul hazafelé, és útközben találkozik egy struccal, akinek egy óra akadt a torkán, de Misi segít rajta. Utána újra találkozik Bumbával, Ottmárral, és Sámuellel, akiknek a strucc számos tárgyukat lenyelte. Ezeket most visszakapják, miközben Misi nekik is élménybeszámolót tart. Ottmár a sivatagban végre megtalálja azt a koponyát, amit a jeti ősének hisz.
Hazafelé tartva elérnek a kikötőbe. Ottmár észreveszi, hogy nincs pénzük a hajójegyre, mert a strucc azt is bekapta. Sámuel elmegy a teveszervizbe, a többiek pedig elmennek a cirkuszba, ahol a póznamászó bajnok legyőzésével pénzt keresnek. Ezt a feladatot Misi könnyedén teljesíti, de nem akar a cirkuszban maradni új bajnokként, helyette Bumbát javasolja erre a szerepre. Bumba így újra állást nyer, és ő lesz az új cirkuszi világszám. Ottmár és Misi megveszik a jegyet a hajóra, ahol Misi ismét találkozik a kandúrral. A kandúr elmondta Misinek, hogy jól végezte a munkáját a hajón, és a sapkáját is megtalálta amit ott hagyott. A záró jelenetben bemutatja Misinek a csapatát, amelyhez, egy egér is csatlakozna, de folyton elhajtják.
Misi felmászik az árbocra, ahol ismét Dániellel találkozik. Megkéri, hogy vigye őt haza, majd elköszönt Ottmártól. A hazaút közben elmeséli aztán esernyőjével szállt le Misi az erdőben. Először Szajkó nénivel találkozik, aki elmeséli, hogy Misinek a rendőrkutya kereste, de nem talált rá. Misi Szajkó néninek is elmesélte kalandját, aki válaszként azt mondja, menjen menjen mielőbb haza, mert a szülei már várják. Misi először az iskolába megy, ahol éppen az osztálytársát, Mókus Makit pellengérezik ki, mert ő is megette a tanyanyagot. Maki Misit tekinti példaképének - még a farkát is befestette feketére - de Misi ekkor felfedi magát, hogy ő már megváltozott. Elmeséli az út tanulságát, majd testvéreivel hazatér. A szülei örömmel fogadják, akiknek szintén beszámol a kalandjairól. A nap egy tortával és egy közös családi fényképpel ér véget, majd a mókusgyerekek lefekszenek aludni.
