While the Turtles work on using fragments of the Vortex Crystal to stabilize their mutations, Lord Dregg plans to use the fragments to create another Vortex Crystal to power his Vortex Transporter. Meanwhile, Dregg's second-in-command, HiTech, is blasted into space, to be replaced by Dregg's top scientist, Mung, as his new second-in-command.
Las Tortugas están trabajando de una vez por todas para deshacerse de sus mutaciones, Donatello utiliza un Programa de Realidad Virtual para probar los efectos de una posible cura que ha creado usando los Cristales de Vórtice. En su mundo natal, Dregg planea regresar a la Tierra, su principal científico, Mungg le presenta al villano microbichos capaces de crear maquinaria avanzada en segundos en lugar de días o meses, así como rastrear los Cristales de Vórtice que se usan actualmente en tierra. De vuelta en la tierra, Donatello prueba su cura tanto en sí mismo como en el resto del TMNT de verdad. Funciona, bueno, al menos en la MAYORÍA de la máquina verde, uno de los microbichos que Dregg envió a la Tierra para encontrar los cristales de vórtice, ha localizado la fuente en la guarida. Invisible, roba uno de los cristales justo cuando Leonardo recibe tratamiento para su propia mutación.