A family secret is revealed when Lieutenant Kazou Saki arrives from Japan to arrest his brother Oroku Saki, who turns out to be the Turtles' greatest enemy. Shredder and Krang send the Technodrome from Dimension X to Earth, but Donatello re-programs it to crash in the Arctic.
Shredder irrumpe en el Salón de la Fama Ninja y roba el diario de los infames Hermanos Kojima. Sin embargo, deja sus huellas digitales por todas partes, y un teniente Saki las encuentra: ¡el hermano de Shredder! Cargado con el pasado y los pecados presentes de su hermano malvado. El teniente Saki promete traer a su hermano y viaja a América para localizarlo. Se encuentra con las tortugas por accidente en el reactor de fusión nuclear. Donde están protegiendo un nuevo súper imán, que sospechan que podría ser el próximo objetivo de Shredder. Pero todas las posibilidades de una alianza entre las dos fuerzas pronto se ven obstaculizadas por lt. La obsesión de Saki por hacer las cosas "" por el libro "", evitando que la máquina verde viole la ley en un esfuerzo por detener la trituradora. Shredder crea hologramas de los hermanos Kojima, y los programa con "" los mayores secretos de los tres grandes maestros ninja de todos los tiempos "".