キュウレンジャーは２つのチームに分かれた。 ナーガ奪還のため現代に残ったラッキー、ガル、バランス、ハミィ、小太郎。 ドン・アルマゲの秘密を探るために過去へと向かったツルギ、スティンガー、チャンプ、 ラプター、スパーダ、ショウ。 離れ離れになっても心は1つ。 キュウレンジャーの新たな戦いが２つの時間軸で、幕を開ける。 そんな中…。 過去へ向かうタイムホールの中で、オリオン号は大パニックに陥っていた。 オリオン号内に侵入者あり。その正体は複数のインダベー。 早急に、捜索を開始するツルギたちであったが…。