ショッピングモールへやってきた響と奏。ところが気づけば現実世界と妖精の世界が合体し大混乱。かつてプリキュアたちを苦しめた強敵たちが世界をつなぐプリズムフラワーを狙い、全てを暗黒の世界にしようというのだ。この危機にプリキュア全員が立ち向かう。
