あいかわらず講義でぼーっとして、教官の如月沙也華にペナルティのランニングをさせられている美風。彩雲は、そんな彼女に「素質はあるんだから、やる気にさえなれば……」といって励まそうとする。 そんなある日、地球に彗星が接近し、オービタルステーションよりコメットブラスターが出撃。地上でも、美風たちメテオスイーパーが出撃待機の状態となった。 今回もコメットブラスターだけで迎撃は終了し、自分たちに出番はまわってこないとたかをくくっていた美風だが、コメットブラスターは彗星を完全に破壊することができなかった。そのため、彗星の破片が地球に落下してくる。 その彗星の破片を破壊するため、下地島基地よりメテオスイーパーの岩崎和馬たちが離陸。だが彼らは、機体が鳥と激突してしまったため、任務を中止して緊急着陸せざるをえなくなった。こうして、３番待機だった美風たちに迎撃任務がまわってきたのである。