Der Film spielt ein Jahr nach den Geschehnissen der Serie. Okabe Rintarou ist durch mehrere Zeitlinien gereist und endlich in der Weltlinie Steins;Gate gelandet. In dieser muss keiner seiner Freunde sterben, da die Zukunft nicht durch eine Zeitmaschine bestimmt wird. Jedoch spürt Rintarou immer wieder Nebenwirkungen von seinen Zeitreisen. Ohne weitere Vorwarnungen verschwindet er plötzlich und es scheint, als hätte er niemals existiert. Nun liegt es an Kurisu Makise, die sich aufgrund eines Déjà Vus an ihn erinnert, einen Weg zu finden, ihn wieder zurückzubekommen.
The film takes place one year after the events of the anime series. After going through a painstaking journey across multiple 'World Lines' due to the invention of 'D-Mail', text messages that can be sent to the past, Rintarō Okabe has assumedly landed in the "Steins Gate" World Line, in which none of his friends would have to die and a future ruled by SERN due to the invention of a time machine no longer exists. However, Rintarō soon starts feeling the side effects of his constant time travelling across multiple World Lines, which soon builds up and causes Rintarō to suddenly vanish from existence, with only Kurisu Makise, the girl who he had saved thanks to his efforts, remembering him through déjà vu. It is now up to Kurisu to find a way to get Rintarō back.
Un an est passé depuis que Rintarou a rejoint la ligne Steins;Gate. Malheureusement, les anciennes lignes d'univers qu'il a visitées refont encore surface dans son esprit, ce qui a tendance à le tourmenter de plus en plus. Alors que Kurisu vient passer quelques jours au Japon, elle se rendra compte du mal-être du savant fou et décidera de lui venir en aide lorsque la roue aura déjà tourné pour lui...
광기의 매드 사이언티스트를 자칭하는 오카베 린타로와 그의 라보멤 동료들은 우연히 과거로 보낼 수 있는 메일 “D메일”을 발명하게 된다. 그러나 과거를 몇 번이고 바꿔도 동료의 죽음을 막지 못하는 어두운 미래만이 있고 오카베 린타로는 절망하게 된다. 그런 그가 찾아낸 한줄기 빛은 누구도 죽지 않는 미래 즉 슈타인즈 게이트라고 불리는 세계선. 시간축을 뛰어넘어 얽혀있는 문제를 풀어내 드디어 슈타인즈 게이트에 도달하게 되지만 몇 개의 세계선을 넘어다닌 오카베의 뇌에 거대한 부하가 걸리기 시작하고 만다.
Después de pasar por un camino arduo a través de múltiples líneas de tiempo debido a la invención de los "D-Mails", es decir, los mensajes de texto que se pueden enviar al pasado, Rintaro Okabe ha aterrizado, según las informaciones de la "Steins Gate", en una línea de tiempo en la que ninguno de sus amigos tendrían que morir y en la que no existe un futuro gobernado por SERN debido a que no se produjo la invención de una máquina del tiempo. Sin embargo, Okabe pronto comienza a sentir los efectos secundarios de los constantes viajes a través del tiempo por múltiples líneas de tiempo, que pronto se acumula y ocasiona que Okabe desaparezca de repente de la existencia, con sólo Kurisu Makise, la chica que él había salvado gracias a sus esfuerzos, recordándolo a través de un déjà vu. Ahora es el turno de Kurisu para encontrar una manera de conseguir que Okabe regrese a la línea de tiempo.
自称为“狂妄的疯狂科学家”,至今仍是中二病的大学生‧冈部伦太郎。他与他的同伴偶然发明了能送往过去的邮件D-MAIL。由此所引起的,是即使多次过去改变(世界线移动)也会到访的、同伴死去的未来……在绝望的冈部面前出现的曙光,是不论谁也不会死亡的未来,称为“命运石之门”的世界线。跨越时间轴解开各种谜团,冈部终于到达了“命运石之门”。可是,跨越了众多世界线的冈部的脑袋,开始出现了庞大的”负荷”……
Действие фильма происходит через год после событий аниме-сериала. Пройдя через кропотливое путешествие по нескольким "Мировым линиям" благодаря изобретению "D-Mail", текстовых сообщений, которые можно отправлять в прошлое, Ринтаро Окабе предположительно приземлился на мировой линии "Steins Gate", в которой никому из его друзей не придется умирать, и будущее управляемое ЦЕРНОМ из-за изобретения машины времени больше не существует. Однако вскоре Ринтаро начинает ощущать побочные эффекты своих постоянных путешествий во времени по нескольким Мировым линиям, которые вскоре накапливаются и приводят к тому, что Ринтаро внезапно исчезает из существования, и только Курису Макисе, девушка, которую он спас благодаря своим усилиям, помнит его через дежавю. Теперь Курису должна найти способ вернуть Ринтаро.