30世紀の未来で宇宙戦艦に乗って戦っていた東綾瀬高校1年生の山本洋子は、事故で未来の記憶を失ってしまっていた。開かずの間と呼ばれる用具室で、人影が目撃されるという事件の調査に乗り出した洋子は、30世紀へと転送される。そして記憶を失ったまま、宇宙戦艦のパイロットとしてミッションに臨むことになるが…。