Die Aizawa-Schwestern betreiben das Lokal "Lemon", in dem sie Strandbesucher bedienen. Eines Tages taucht ein merkwürdiges Mädchen vor Eiko, der jüngeren Schwester, auf. Es nennt sich Kalmarmädchen und behauptet, eine Botin des Meeres zu sein, die gekommen ist, um die Menschheit zu unterdrücken. Eiko nimmt sie nicht ernst und entfesselt dadurch ihren Zorn.
Angered by the pollution in the seas, a squid girl named Ika Musume comes from the sea and declares the invasion of Earth at a nearby yakisoba stand, but isn't taken seriously due to her small stature. When she goes to plead her case, she is mistaken for a waitress, which puts the responsibility of invading the world into perspective. When she breaks a hole in the store with her tentacles trying to hit a mosquito, the store manager, Eiko Aizawa, puts her to work in order to pay for the damages. Later, Ika meets Eiko's little brother, Takeru, who goes to great lengths to pretend to be a squid-person so he can be Ika's comrade. During a rainy day where there are few customers, Ika takes the opportunity to try and take over the stand, but is overpowered by the eldest sister, Chizuru. As punishment, Ika is forced to use her own ink to make Squid Ink Spaghetti, which becomes popular.
海水浴客で賑わう海の家れもんを切り盛りする相沢姉妹。そんな忙しない最中、次女の栄子の前に奇妙な格好の少女が現れる。三角帽子にウネウネした水色の髪の毛、真っ白なワンピース。自らをイカ娘と名乗る少女は人類を侵略するためにやってきた海の使者だという。
現実感の無い言葉に取り合おうとしない栄子だったが、その態度がイカ娘の逆鱗に触れて!
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海の家れもんでアルバイトをするはめになったイカ娘。
こき使われ意気消沈していると、背後から忍び寄る影が。その影から逃げること適わず、触手を捕まれてしまうイカ娘。振り返ると、そこには好奇心に目を輝かせた少年の姿が…。
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雨降りで閑散としているれもん。
肌寒さにくしゃみをしたイカ娘の口から、真っ黒な液体が長女の千鶴を襲う。その物体を千鶴が舐めると…旨み成分満点のイカ墨だった。人間がイカ墨をスパゲティにからめて食べることを知ったイカ娘は…。
Llega desde el mar la Chica Calamar, una chica con extraños poderes de calamar que viene a conquistar a la humanidad para así evitar que sigan contaminando los mares. Para eso empezará su invasión en un restaurante playero, Limón, aunque no todo será tan fácil como ella cree.