The story catches up on the Sky Girls' lives six months after the WORMs were defeated.
ワームとの戦いが終了して半年あまりが過ぎ、再び人類は平和な日々を送りつつあった。スカイガールズは解散され、 音羽をたち四人はそれぞれに新たな日々を送っていた。 そんなある日、ソニックダイバー隊・元隊員あてに追浜基地より手紙が届く。 スカイガールズには、まだ最後の仕事が残されていたのだった。
