Three young girls are recruited to become test pilots for the new Sonic Diver program.
謎の機械細胞群ワームとの戦いが集結してから10年後―――。 島で平和に暮らす桜野音羽、大学院で勉学に励む園宮可憐の前に、緋月と名乗る軍人が尋ねてきた。 緋月は、彼女たちを新兵器のテストパイロットとしてスカウトに来たという。 同じ頃、軍の若きテストパイロットである一条瑛花は、今まで見たこともない新兵器との模擬戦闘で敗北する。