이성계는 개경에서 온 어명을 받고 뜻을 전하기 위해 백근수를 개경으로 보내려 한다. 이때 어린 방원은 본인도 가겠다며 떼를 부리고 결국 조영규, 백근수와 함게 개경으로 향한다. 한편 개경에서는 엄마를 찾기 위해 올라온 어린 분이와 어린 땅새가 밥을 얻어먹기 위해 거지소굴에 들어가 대장이 시키는 일을 하는데...
연희 패거리들의 소품 수레에 몰래 숨어 창고에서 빠져나온 어린 분이와 땅새는 산길 일각에 도착한다. 수레에서 빠져나온 땅새는 누군가에게 잡혀하고 분이는 어린 방원에게 도움을 요청한다. 한편 정도전은 사대부들에 의해 창고에 감금되고 마침 땅새를 구하러 온 방원과 이인겸을 막아주겠다 약조하는데...
어린 방원은 진압 상황이 끝날 때쯤 지쳐 쓰러져 있는 유생들 사이에서 정도전의 제자인 허강과 마주한다. 방원은 정도전처럼 되고 싶으면 성균관에 들어오라는 허강의 말을 듣고 이성계에서 함주로 떠나지 않겠다 말한다. 한편 어린 분이와 땅새는 유배를 떠나는 정도전에게 장평문에서 부른 노래에 대해 묻는데...
살해된 백윤을 발견한 한구영은 홍인방에게 이 사실을 전하고 우학주와 함께 길태미를 의심한다. 이방원은 백윤의 죽음에 대해 얘기하는 길태미와 유생의 대화를 듣고 까치 독사를 알게 된다. 한편 분이를 찾아간 정도전은 그간 마을에서 일어난 얘기를 전해 듣고 목각 병사를 내주며 자신을 찾아오라 말하는데...
“벌레를 토해내시라는 전갈입니다...” 방원은 무명의 세 가지 기반과 핵심 인물을 제거할 준비를 하고, 무명 역시 연회 자리를 열어 방원이를 칠 준비를 한다. 무기고를 숨겨준 사실이 들통난 묘상은 반촌민들에게 미움을 사고, 무휼은 묘상을 생각해 방원의 곁을 떠나려 한다. 분이 역시 방원에게 반촌민들을 살려달라 말하며 떠나겠다 말하고, 방원이는 분이를 잡으려 혼인하자 말한다. 한편, 마지막 인사를 하기 위해 분이를 찾아온 척사광은 자신은 할 일이 있다며 같이 떠나자는 분이의 제안을 거절하는데...
“백성들의 꿈... 그것만은 잊지 마세요.” 방원을 지키기 위해 돌아온 무휼은 길선미와 겨루고, 스스로 정한 다섯의 죄인을 죽이기 위해 나타난 척사광은 방지와 죽을 듯이 겨루게 된다. 육산은 연향이 방지가 자신의 자식임을 알고 있는 모습을 보고 죽이려 하고, 분이는 방원이에게 마지막 인사를 전한 채 섬으로 떠나는데... 한편, 2년 후 방원은 방과에게 선위를 받아 왕의 자리에 오르는데...