대한민국이 사랑하는 남자가 죽었다! 한국을 비롯해 일본, 중국, 동남아 각지에서 몰려온 3만여팬들의 엄청난 환호성속에서 한류를 이끄는 최고의 4인조 아이돌그룹, 보이스 (Voice)의 콘서트가 진행중이다. 리더 윤형, 주노, 미수, 제이. 조각같은 미남들이 짐승같은 매력으로 각자 장기를 펼치는 개인무대로 이어지면서 무대의 열기는 더욱 뜨거워지는데, 팟!하는 불꽃과 함께 마지막 하이라이트를 장식할 리더 윤형이 튀어 올라야 할 차례가 오지만, 핀 조명이 비춰지는 윤형이 나타나야 할 무대 위는 텅 비어 있다. 그때, 무대 뒤편 분장실에서 들려오는 비명소리!!!! 현장보존은 엉망, 초동수사는 빵점, 용의자는 넘쳐나는데 증거는 없다! 남은 건, 단 하나 죽은 윤형의 사체뿐이다.
적막이 감도는 부검실 안. 지훈은 서윤형의 사체를 빠르게 훑어보고, 다경은 그런 지훈을 돕는다. 우진은 경비실장에게 마스터키를 받아 빠른 걸음으로 특수부검실로 향하고 참관실에서 지훈과 다경을 지켜보고 있던 명한에게 마스터키를 건넨다. 서윤형의 시체를 보며 깊은 고민에 빠져있던 지훈은 순간 뭔가 발견한 듯 메스를 들어 서윤형의 기도를 가르고 결정적인 단서를 찾아내는데. 그 때, ‘띠리리’ 소리와 함께 반짝이는 초록 등. 특수부검실의 문이 열리며 이명한과 주인혁이 들어선다! 명한은 지훈에게 메스를 내려놓으라고 소리치고 지훈은 기도 안에서 찾아낸 푸른색 미세한 섬유를 포셉으로 들어보이며 서윤형의 사인을 말하는데...
정병도, 원장직을 내려놓다! 이명한은 정병도에게 20년전의 사건을 꺼내며, 정병도가 절대 밝힐 수 없는 비밀을 가지고 있다는 걸 세상이 알게되면 어떻게 되겠는지 결정은 본인이 하라고 하며 돌아선다. 마침내 부검이 시작되고 서윤형을 내려다보며 잠시 머뭇거리던 정병도, 드디어 결심한 듯 메스를 들어 절개를 시작한다! 부검을 마친 정병도는 이명한의 말을 지지하며 자신이 모든 책임을 지고 원장직에서 물러날 것을 통보하고, 지훈은 이 모든 일이 믿기지 않는 듯 망연자실하는데. 결국, 원장직에서 물러난 정병도는 짐을 싸 국과수를 나서고 허무한듯 자신을 바라보는 지훈에게 좋은 법의관이 될 것을 당부한다.
1년 후, 서부분소에서 다시 만난 지훈과 다경. 다경은 신참 법의관이 되어 서부분소로 발령되어 내려오고 가뜩이나 인력이 부족한 서부분소에 신입부검의를 내려보냈다는 사실에 열 받는 지훈은 본소 주인혁에게 항의해 보지만, 어쩔 수가 없다. 본소에는 이명한의 세력으로 가득 차 있다. 가뜩이나 바쁜 와중에 다경같은 초짜 부검의를 훈련시킬 여력은 없다. 다경은 오랜만의 만남에 지훈이 반갑지만, 지훈은 괜히 다경에게 분풀이를 하다가 말다툼을 하게 되고, 다경은 얼결에 여관방 살해사건의 담당부검의가 된다. 아무것도 모른채로 절개를 시작하고 이것저것 살펴보는데 타살이 분명하지만 왼손잡이도, 오른손 잡이도 아닌 것 같은 상흔과, 변사자의 손에 남은 상처가 의문이다.
열쇄살인? 또 한명의 피해자 발생! 노래방에서 가져온 조명으로 가까스로 자외선 촬영을 시행한 지훈 일행은 조명이 비춰지자 그제서야 가슴부분에 특이한 독수리 모양이 새겨진 엠블렘을 발견한다. 뺑소니 교통사고로 사인을 결론 내린 명한과 달리 지훈은 시체의 다리 쪽에도 희미하지만 같은 엠블렘 자국이 있음을 발견하고, 같은 차량이 며칠 사이를 두고 고의로 피해자를 치었다고 판명한다. 한편, 연쇄방화사건의 증거를 쫓아 서부분소 근처로 내려왔던 이한은 우연히 지훈의 부검 결과를 접하고, 연쇄살인일 가능성을 우진에게 말한다. 그리고 또 한명의 피해자가 발생하는데...
폐농장에서 백골이된 시체가 발견되고, 이 사건이 확실한 연쇄살인이라 판명한 우진은 광역수사대를 구성하게 된다. 그리고 경찰은 사체들이 발견된 농장과 살해도구로 쓰인 트럭의 소유주인 이정범을 긴급 체포한다. 한편, 남부분원 사무실로 돌아와 이한과 얼큰하게 술을 마시며 농장에서의 무용담을 늘어놓던 다경은 자신의 어깨를 잡았던 손을 떠올리고, 곧 그 사람이 이한이 아닌 다른 사람이었다는 사실에 얼굴이 굳는데. 이한은 그 사람이 범인임을 확신하며 급히 다경과 서울로 올라간다. 앞서 우진과 국과수에 간 지훈은 경남에서 발생한 트럭 연쇄살인사건의 국과수팀을 발표하는데...
연쇄살인범 사건의 결말, 지훈의 일본행. 우진은 조사실에서 이정범을 만나 아들의 살인 모습을 보고 두려워 하는게 아니냐며 그를 다그치고 결국 안수현이 있을만한 장소를 자백받는다. 자신을 위협하는 살인마의 트럭을 피해 뛰는 다경, 이미 여기저기 멍이 들고 성한데가 없다. 짙은 안개 때문에 방향성을 상실한채 다리까지 절룩거리는데 점점 다가오는 트럭의 엔진소리! 이를 악물고 뛰는 다경에게 저 멀리 안개 사이로 경찰차의 경광등이 보인다. 하지만 트럭이 바로 다경을 덮칠듯 한데! 위기의 다경! 그리고 연쇄살인범 사건의 결말은? 한편, 일본에서 한국인으로 추정되는 백골사체가 발견되고 지훈은 차관에게 새로운 사건의 부검의로 일본행을 권유받는데...
조직폭력단의 총격전 사망 사건으로 메스컴은 떠들석해지고 강력한 용의자로 추정되는 조직원 김종호의 도주가 크게 보도된다. 이한은 같은 조직원 출신인 동구에게 김종호의 행방을 추궁하다 이 사건이 진범은 따로 있다는 사실을 듣게 되는데! 한편, 일본에서 고군분투 하던 지훈과 다경은 현지 법의학부 조교수인 레이코에게 강서연을 소개받는다. 그녀에게서 무언가 이상한 느낌을 받은 지훈은 어디선가 만난적이 있냐 묻고 서연은 윤지훈에 대해서 잘 안다고 하는데. 대화를 진행할수록 이상한 느낌을 받게 되는 지훈과 다경, 서연은 여유있는 눈빛으로 그들을 바라보다가 천천히 자리에서 일어난다. 그리고 뒤늦게서야 멀어져가는 그녀의 뒷모습에서 무언가 깨달은 두 사람! 서윤형 사건 때 걸쳤던 바로 그 갈색코트다!
부검결과에 의심을 품은 지훈이 직접 총기 사건이 일어난 현장으로 갔다는 소식을 접한 명한은 빨리 김종호를 찾으라고 지시한다. 현장의 혈흔을 토대로 발혈점을 찾아 사건을 재구성 하는 지훈, 김종호가 용의자가 아닌 총상을 입은 피해자임을 직감하게된다. 김종호는 몸안에 증거를 가지고 있는 이 사건의 진실을 밝힐 수 있는 시한폭탄인 거다. 결국 죽음을 맞이한 김종호, 시체안치실에서 김종호의 시체를 확인한 이한과 다경은 실제 용의자의 정체를 밝혀내기 위해 부검을 실시하려 하는데, 유가족의 부검 반대로 인해 영장이 나오지 않았다! 영장 없이 부검을 하는 것은 자살행위라는 것을 알면서도 다경은 메스를 들기로 한다. 진실을 밝히기 위해서!
영장 없이 부검을 행한 다경은 국과수 해고를 통보 받고, 부검을 통해 찾아낸 증거물 파라블럼탄은 검찰에 압수된다. 미군이 개입된 총기사고라는 것을 밝혀냈지만, 더이상 아무것도 손을 쓸수 없게된 다경은 지훈이 진실을 꼭 밝혀줄거라 믿고 국과수를 떠난다. 한편, 이한은 우진과 함께 자신의 아버지인 대검 검찰본부 과장 최중섭을 찾아가 이 사건의 담당 박영준 검사가 총기사고를 은폐하려고 한다 밝히고 도움을 요청한다. 이 사건을 그냥 덮어두길 바란 최중섭이지만 단호한 우진의 눈빛에 양정수와 김종호를 죽인 미군의 이름, 계급, 소속을 알아오면 박영준 대신 우진에게 사건을 넘겨주겠다 말하는데...
거실에 둘러앉아서 차를 마시는 다경과 정병도, 지훈. 어느 새 매우 친해진 듯 분위기가 화기애애하다. 정병도는 문득 20년전 자신과 이명한, 강치현이 열악한 환경 속에서도 열정적으로 부검에 임했던 서로에게 신뢰와 애정이 묻어나던 모습을 떠올린다. 한편, 지훈은 자신의 사무실 앞에 발신인 없이 국과수 윤지훈 법의관 앞’이라고 적힌 우편물을 발견한다. 편지 속엔 미궁속으로 빠졌던 사건 ‘국내 굴지 대기업 중견간부들의 죽음‘이란 헤드라인의 1991년 신문 기사가 오려져 있는데...
갑작스런 정병도의 죽음에 지훈은 큰 충격을 받고 도무지 그가 자살을 선택한 이유를 알수 없어 허탈하기만 하다. 결국 지훈은 이명한을 찾아가 원장님을 만나 무슨 이야기를 한거냐 다그치고, 이명한은 절대 들추지 말아야할 비밀도 있다며 지훈에게 경고하는데. 지훈은 반드시 그 비밀을 밝혀내겠다는 굳은 결심을 한다. 한영그룹에서 또다시 일어난 20년전과 비슷한 연속 의문사 사건, 마지막 피해자인 한태주의 사인을 밝혀내기 위해 지훈은 비장한 각오로 부검실에 들어서고 다경은 그를 돕는데...
지훈이 한태주의 사인을 급성내인사로 밝히자 장내에 가득찬 방청객들은 술렁인다. 믿을 수 없는 듯 허탈한 눈빛으로 지훈을 바라보는 다경, 우진, 이한. 그리고 씨익 미소짓는 이명한과 정차영. 결국 불기소처분을 받은 정차영은 자신에게 쏟아지는 기자들의 질문 공세를 여유있는 미소로 답하며 멀어지고, 그 모습을 지켜볼 수밖에 없는 다경은 답답한 마음을 참을 수 없다. 우진은 불기소처분은 확정력이 없으니 다시 새로운 증거를 찾아내서 공소를 제기하자고 하는데... 한편, 정병도의 묘를 찾은 지훈. 슬픔으로 정병도의 묘를 바라보다 천천히 뒤로 돌아서는데 지훈의 시선이 닿은 곳, 이명한이 서 있다.
다경의 비명 소리에 열린 안방문으로 급하게 뛰어 들어오는 지훈. 지훈은 장롱 안에 후레쉬를 비추다가 깜짝 놀라고 마는데. 그때, 뒤쪽에서 들려오는 음산한 할아버지의 목소리. 민박집 할아버지 송씨다. 안방문 너머로 송씨가 서서 다경과 지훈을 바라보고 있다. 그런 송씨의 주변으로 천천히 하나둘씩 모여드는 마을 주민들. 해맑던 인상은 온데간데 없다. 한편, 이수정이 샤워실에서 누군가에 의해 습격을 당해 쓰러지고, 이한은 사건 당시 자신이 들어올 때 샤워실 밖 복도에서 자신을 스쳐 지나 갔던 여자 재소자를 떠올리는데...
이수정의 죽음과 함께 결백이 드러나고 서윤형 살인사건의 재수사가 시작된다. 우진은 강서연을 소환해 조사하기로 결심하고, 대선이 코앞으로 다가오자 다급해진 장변호사는 이명한에게 윤지훈이 섣불리 움직이지 못하도록 막아줄 것을 당부한다. 국과수 원장실로 찾아간 지훈은 이명한에게 자신의 신분증과 사직서를 내민다. 지훈은 자신은 과학적인 진실을 지키지 못했기에 국과수에 있어선 안되는 사람이며, 이명한 역시 국과수에 있어선 안되는 사람이니 진실을 밝혀내 쓰러트리겠다고 단언하는데...
다경의 책상위에 놓여진 출력된 오상은의 부검소견서를 들고 살펴보고 있는 지훈을 본 다경은 순간 멈칫한다. 지훈은 다경을 보지 않고 계속 오상은의 부검소견서를 보고, 당황한 다경은 애써 자연스럽게 다가와 책상위 오상은의 부검사진들을 정리하며 지훈이 보고 있던 부검소견서도 자연스럽게 지훈의 손에서 빼서 정리한다. 아무렇지 않은 척 밝게 행동 하느라 다경의 행동은 더 부자연 스럽고.. 다경을 남겨 놓고 문쪽으로 다가가던 지훈은 무슨 이윤지 모르겠지만 안 그랬으면 좋겠다는 말을 하며 자신이 느낀 감정을 넌 안 느꼈으면 좋겠다고 하는데...
서윤형 사건의 미세섬유 샘플을 들고 나오다 이명한과 마주친 다경, 이명한은 경찰공무원 신분으로 미세섬유 증거를 빼돌린 것은 증거인멸죄이며 위법행위라고 다경을 다그치고 다경은 지금 자신을 협박하는 것이냐고 반발한다. 다경이 법의관 자리를 내놓는 것도 마다하지 않겠다는 의지를 표명하자, 이명한은 다경에게 병상에 누워있는 동생 이야기를 꺼낸다. 한편, 증거용 봉투에 담긴 파란 쿠션을 경찰차에 싣는 경찰들. 대기하고 있는 차량쪽으로 다가오는 지훈과 우진, 이한. 지훈은 다경에게 전화를 걸어보지만 전화를 받지 않음에 의아해 하는데...
우진 쪽을 향해 빠르게 뛰어오는 이한과 선배형사. 코너를 돌면 저 멀리 쓰러진 우진이 보인다. 머리에 피가 흥건하다. 정신을 잃은 우진을 보자 이성을 잃은 이한은 저 멀리 골목쪽 코너를 돌고 있는 그림자를 보는데. 분노에 찬 눈빛으로 그림자를 따라 뛰는 이한, 결국 이호진 코앞에 총구를 겨눈다. 한편, 늦은밤 중 아무도 없는 학교에서 머리에 피를 흘리면서 죽은 시체가 발견되고 현장으로 달려온 지훈은 이호진의 게임시나리오와 모든 게 일치함을 감지하는데..
국과수 복도에서 이호진을 마주치자 다경은 크게 놀란다. 호진은 지난번 다경이 자신에게 건냈던 말을 떠올리며 인생이란건 다시 되돌리수 없다는 말이 정답이라며, 이제 집으로 돌아가겠다는 말을 건내고 다경을 지나쳐 가는데. 멀어져가는 호진의 뒷모습을 보며 다경은 무언가 이상한 느낌을 받는다. 한편, 우재원의 컴퓨터 파일이 복귀되고 지훈과 다경은 게임시나리오의 초안을 살펴보게된다. 초안에 써있는 살인의 상대들이 지금과 조금씩 다름을 알게되고, 마지막 미션이 눈에 띄자 다경은 크게 멈칫하는데...
마지막 사건의 결말! 그리고 윤지훈! 지훈의 오피스텔 근처로 들어선 다경의 시야에 차안에 타고 있는 강서연의 모습이 순간적으로 스쳐 지난다. 설마 하는 얼굴로 다시 고개를 돌려 보면 시야에서 사라지는 강서연의 차. 다경은 무언가 조급한 마음으로 오피스텔로 향하는데... 한편, 국과수 원장실로 이명한을 찾아간 강서연은 권력을 갖게되면 더이상 겁을 내지 않아도 된다며 서늘한 미소를 보인다.