マトリクサーが支配する地球で目覚めた人間の少女ヤクモの苦難の旅がはじまる!六大将軍の力を取り込み、悪魔と化したサタンマシュランボーとの死闘までを描く第1部!人類とマトリクサーの最終戦争が勃発。 さらに宇宙から巨大隕石が衝突する。最終的には人類が滅びるが、神童博士は娘の ヤクモをハクバー内に300年後に目覚める様、コールドスリープ(冷凍睡眠)させ、望みを託す。マトリクサーのみの世界で荒れ果てている。目覚めたヤクモは人類唯一の生き残りとなる。 マトリクサーにとって人間は300年前に滅亡したはずの伝説の悪魔として言い伝えられているため、ヤクモは普通のマトリクサーからも迫害される。