ここは新宿歌舞伎町。NPO法人「Not Alone」の新宿エリア代表・南舞（橋本愛）が海外向けに歌舞伎町の魅力をアピールする動画を撮影していると、泥酔している女性と遭遇する。 歌舞伎町の路地にひっそりと建つ『聖まごころ病院』には、美容皮膚科医・高峰享（仲野太賀）をはじめ、個性豊かな医師たちが働いている。 そこへ外科医不在の中、他病院での受け入れ拒否により、額から流血しているホストのマモルがやってくる。さらに急性アルコール中毒で、先ほどの泥酔女性 ヨウコ・ニシ・フリーマン（小池栄子）と付き添いの南も同じくして病院に搬送されてきた。 マモルは無事処置が終わり、ヨウコは翌朝診療費を払わず帰っていたが、後日再度病院に訪れる。彼女は海外医師免許があり、元アメリカ軍医として働いていたという。しかし、日本での医師免許がないため医療行為をすることができなかった。 そんな中、南から病院に電話が入る。 銃で撃たれ出血している中東系の男性・ムハマドを処置してほしいと懇願するが、享は外科がいないので対応できないと拒否。しかし難民申請が通っていないムハマドは他の病院行くとそのまま強制送還されてしまう旨を南が伝える。そのムハマド達の様子を見ていたヨウコは彼を抱え、聖まごころ病院へ連れていく。動揺している病院の医師たちを横目に、ヨウコは処置を進める。 果たしてヨウコは、ムハマドを無事救うことができるのか…！？
ここは新宿歌舞伎町。聖まごころ病院の医師として働くことになったヨウコ・ニシ・フリーマン（小池栄子）。病院として求めていた“外科医”が入ってくれて順風満帆に見えたが、美容皮膚科医・高峰享（仲野太賀）は悶々と悩みを抱えていた。 「私にとって、社会は平等じゃないから、虚しくないんです」 。 NPO法人「Not Alone」の新宿エリア代表・南舞（橋本愛）に言われた言葉がずっと引っかかっていたのだ。南が“平等じゃない”ことを良い言葉として捉えていることに納得がいかず、自問自答の末、答えを見つけるために「Not Alone」の活動に参加することに。 一方その頃、聖まごころ病院では鎮痛剤を大量に摂取し、トー横キッズで赤い髪の少女・マユ（伊東 蒼）や、鼻の奥にワイヤレスイヤホンが詰まってしまった10歳の男の子が搬送されてくる。イヤホンは無事取り出すことに成功し、マユも翌日、母親のカヨと共に帰っていったのだったが、彼女はある悩みを抱えていた…。 さらに『歌舞伎町顔面偏差値テストの結果発表！』で聖まごころ病院の性感染症内科医・田島琢己（馬場 徹）が選出され、それがきっかけで一人の女性を巡りトラブルに発展するが…。
ここは新宿歌舞伎町。美容皮膚科医・高峰享（仲野太賀）はNPO法人「Not Alone」の新宿エリア代表・南舞（橋本愛）に想いを寄せている。しかしその気持ちに気づいた南は、告白する前に享を振ってしまうが、それによって二人の距離が縮まったと感じ、逆にニヤニヤが止まらない享。 そんな中、聖まごころ病院では、ヨウコ・ニシ・フリーマン（小池栄子）が働き始めたことで、お金の有り無しに関わらず、患者を優先し、今までのような働き方ができなくなったことに葛藤していた経理担当・白木愛（高畑淳子）が、“休みが欲しい”と院長・高峰啓介（柄本明）に懇願する。 そのことが功を奏し、日曜休診、月曜は救急のみの対応となったが、啓介の弟であり不動産コンサルタントの高峰啓三（生瀬勝久）が、息子の享と共に、月曜限定でビューティークリニックを開業することに。啓三は、クリニックの宣伝活動に大金をつぎ込み、謎の美容系インフルエンサー、イ・オンナ（余貴美子）がSNSで呟いたことからクリニックの予約が殺到する。病院前に長蛇の列が出来るほどに人気となっていったが、啓三が最先端の高額美容機器を購入したことがきっかけで、啓介と喧嘩に発展してしまう。そんな中、南は、警察官の岡本勇太（濱田岳）から聖まごころ病院に保護されている少女・マユ（伊東蒼）が万引きで捕まった知らせを受けるのだが…。
ここは新宿歌舞伎町。聖まごころ病院では、大柄の米国人 マイケルの侵入により、ヨウコ・ニシ・フリーマン（小池栄子）が死闘を繰り広げていた。その様子を見かけてしまった美容皮膚科医・高峰享（仲野太賀）。 ヨウコが危機一髪の中、マユ（伊東蒼）は、享が食べようとしていたペヤングの熱湯をマイケルにかけ、ヨウコを救い、無事マイケルは警察へ逮捕されるのだった。 そしてヨウコは自分が襲われた理由を享に話した。当時、米国でヨウコが売人の薬物を奪って燃やした過去があり、それがきっかけで、ヨウコは売人から命を狙われており、日本に逃げてきたという経緯を明かす。 警察の事情聴取を終えた、ヨウコと享だったが、その目線の先にはかつて享が枕営業をしかけた謎の美容系インフルエンサー、イ・オンナの姿が。しかし本当の正体は、ヨウコの実の母 リツコ・ニシ・フリーマン（余貴美子）だったのだ。 リツコは、聖まごころ病院の面々と挨拶を交わしたが、院長・高峰啓介（柄本明）は、リツコとは40年以上も前からの知り合いだと語った。経理担当・白木愛（高畑淳子）は何やらリツコに対して災いをもたらす女特有の禍々しさをひとり感じていたのだったが、その災いは現実となり…。 一方で、NPO法人「Not Alone」では、南舞（橋本愛）がDV被害を受けている少女・マユの母親・カヨ（臼田あさ美）と面談を行っていた。 そんな中、新宿歌舞伎町の風俗店で、男の立てこもり事件が発生するが…。
ここは新宿歌舞伎町。ヨウコ・ニシ・フリーマン（小池栄子）が院長・高峰啓介(柄本 明)とリツコ・ニシ・フリーマ ン(余 貴美子)との間に生まれた娘であることを知り、動揺を隠しきれない高峰はずき(平岩 紙)。同じくして、マユ(伊東 蒼)を探しにDVをしている母親の彼氏・シンゴ(趙 珉和)が聖まごころ病院に押し入ってくるが、マユはシンゴに対して刑事告訴をし、接近禁止命令が出されて事なきを得たのだった。 そんな中、自分が啓介の娘と知らないヨウコは、様子がおかしいはずきが気になっていた。 事情を知っている啓介とリツコ、そしてはずきと白木愛（高畑淳子）は院長室で、今後のことを話す。 啓介はヨウコに病院を継いでもらいたいと話すが、それを聞いたはずきは大反対。リツコは、ヨウコがとても優秀な医者であることを語る。それを聞いて、医者ではない自分とヨウコを比べ、たまらなくなったはずきは、病院を飛び出してしまう。 マユも母親のカヨ（臼田あさ美）と今後の生活について話し合っていたが、やり直したいと思うカヨの気持ちとは裏腹に自分の感情をぶつけてしまう。それに立ち会っていた高峰享（仲野太賀）と南舞（橋本 愛）。その帰り道、突然、南に手を握られてテンションが上がる享だった。 そして、聖まごころ病院では夏になると涼みに来るホームレスのシゲさん（新井康弘）という人物がいることを聞き、興味津々のヨウコだったのだが…。
ここは新宿歌舞伎町。ヨウコ・ニシ・フリーマン（小池栄子）が日本の医師免許を持っていないことを知った高峰啓三（生瀬勝久）が高峰啓介（柄本 明）を問い詰める。そして、その火の粉は聖まごころ病院の医師たちにも飛び火するが、高峰享（仲野太賀）は今までたくさんの命を救ってきたヨウコを必死で庇い、最終的にはヨウコに惚れていることを打ち明ける。 ここは新宿歌舞伎町。ヨウコ・ニシ・フリーマン（小池栄子）が日本の医師免許を持っていないことを知った高峰啓三（生瀬勝久）が高峰啓介（柄本 明）を問い詰める。そして、その火の粉は聖まごころ病院の医師たちにも飛び火するが、高峰享（仲野太賀）は今までたくさんの命を救ってきたヨウコを必死で庇い、最終的にはヨウコに惚れていることを打ち明ける。 一方その頃、岡本勇太（濱田 岳）から南舞（橋本 愛）がSM風俗店に勤務していることを伝えられた享は色々な感情が渦巻きながらも、そのSM風俗店にて南を指名してしまい、予約を入れてしまうのだが…。
ここは新宿歌舞伎町。多くの高齢患者が聖まごころ病院へ診察に訪れる。 そんな中、岡本勇太（濱田 岳）は通報を受け、とあるマンションの一室に訪れていた。部屋の中には80代独居老人・田辺が倒れていて、すぐに聖まごころ病院に緊急搬送された。ヨウコ・ニシ・フリーマン（小池栄子）、高峰享（仲野太賀）たちはなんとか処置に当たろうとするが、高峰啓介（柄本 明）はすでに手遅れと判断して、“死亡確認も大事な役目だ”と伝え、その場で仏さんに一礼をするのだった。その後、田辺は娘や老婆・トラさんをはじめ、他の老人たちに見送られるのだった。 そんな中、横山勝幸（岡部たかし）は堀井しのぶ（塚地武雅）のある姿を見て、今まで自分が勘違いをしていたことを聖まごころ病院の医師たちに話すが、横山以外はその話を聞いても全く動揺せず受け入れる。そして、自転車に乗っていた高齢者と子供の事故をきっかけに、堀井はとある悩みを抱えていたことが明らかになっていく。 一方で高峰はずき(平岩 紙)と享は、南舞（橋本 愛）が所属するNPO法人『Not Alone』と『聖まごころ病院』がタッグを組んで見回り医療サービスを行うのはどうかと提案するのだったが…。
ここは新宿歌舞伎町。ヨウコ・ニシ・フリーマン（小池栄子）は医師国家試験の勉強に日々奮闘していた。そんな中、白木愛（高畑淳子）は、旦那のスマホの位置情報がいかがわしいお店の中で止まっていることが判明する。白木は怒り心頭で、その場所に向かうが旦那もスマホも見つからなかった。 ある日、コンカフェで働く少女・かえで（田中美久）がストーカー被害に悩んでいるとNPO法人『Not Alone 』へ相談にくる。南舞（橋本 愛）と岡本勇太（濱田 岳）は事情を聴き、犯人捜しと警備を兼ねてかえでの働くコンカフェに高峰享（仲野太賀）たち、聖まごころ病院の医師たちを誘う。 渋々承諾して、潜入する享たち。そこへストーカーをしていると思われる男性・後藤和真（北野秀気）を見つける岡本。さらにそのコンカフェに白木の旦那である白木誠（おかやまはじめ）を発見し、声をかける。誠はいかがわしいお店がある地下と同じビル内にある２Fのコンカフェに通っていたのだった。白木は、そのことを知り、離婚と騒ぐのだが…。
ここは新宿歌舞伎町。岡本勇太（濱田 岳）はラブホテルで半裸の状態で目が覚める。 そこには誰もいなかったが、NPO法人『Not Alone 』で働く南舞（橋本 愛）のエプロンが置かれており、焦る岡本。 一方、聖まごころ病院では、ヨウコ・ニシ・フリーマン（小池栄子）や高峰享（仲野太賀）たちによって生きる希望が湧いてきた堀井しのぶ（塚地武雅）の母・房江（藤田弓子）がホームヘルパーの甲斐と共に退院していくのだった。 その頃、南との関係に複雑な感情を抱えている岡本は、享に何か自分のことを聞いていないか探るが、南とすでに付き合っている気でいる享は、何も状況がわかっておらず…。 岡本はラブホテルのことや今後のことを相談するべく、南と話す場を作るが、南は享とも岡本とも付き合うつもりはないと出て行ってしまい、なんとも言えない感情が岡本を襲うのだった。 そんな中、アメリカのケーブルテレビが聖まごころ病院の取材に来る。そういう日に限って何も起こらない“まごころ”だったが、高峰啓介（柄本明）は、当直の医師が、運ばれて来た患者さんの症状や治療方法を報告して、意見交換し合うカンファレンスを提案し、各医師たちの情報共有を行うのだが…。
ここは新宿歌舞伎町。歌舞伎町のホスト・凌介（戸塚純貴）はアメリカ帰りに、日本人で初めて未知の新種ウイルス・ルミナに感染してしまう。このウイルスは歌舞伎町ウイルスと呼ばれ、ECMOを使用しないケースで、熱が下がらないまま５日以上生き延びたという報告例がないとても危険な感染症。凌介の感染を境に日本国内にルミナの感染が拡大してしまう。 国家資格を取得し、勝どき医療センターの研修医として働いていたヨウコ・ニシ・フリーマン（小池栄子）や、高峰享（仲野太賀）たち聖まごころ病院の医師たちも、それぞれの場所でこの未知なるウイルスに対してどうするかを考えていた。 時を同じくして、外国人の相談をしていたNPO法人『Not Alone』は非難の的となり南舞（橋本 愛）たちの活動も制限をされてしまっていた。 東京都の感染者数が100名を超えた頃、研修中だが二週間休みとなったヨウコが久しぶりに聖まごころ病院に戻ってきた。ルミナウイルス専用の病床をまごころに作るべく戻ってきたヨウコだったが、そんな中、高峰啓三（生瀬勝久）がルミナに感染してしまう。その原因が一緒に生活していた自分にあると感じ、自分を責める享だったのだが…。
ここは東洋一の歓楽街・新宿歌舞伎町。ルミナウイルスに感染してしまった高峰啓三（生瀬勝久）は無事一命を取り留め、生還した。その後、感染者数が10日間連続して減少したことで緊急事態宣言が解除された。ルミナウイルス感染拡大の影響でNPO法人『Not Alone』は解散。南舞（橋本 愛）は消息不明となり、高峰享（仲野太賀）と、岡本勇太（濱田 岳）も連絡が取れなくなってしまっていた。 そんな中、歌舞伎町のクラブでは、『SAYONARAルミナ』と銘打ったパーティーが行われ、フロアの床が抜け落ちる大事故が発生。聖まごころ病院ではヨウコ・ニシ・フリーマン（小池栄子）たちが必死で処置をしていた。そして、その事故が取り上げられ、ヨウコと高峰啓介（柄本 明）はTV出演することとなった。そこには以前、勝どき医療センターでECMOを使用して助かった官房副長官・川島一也（羽場裕一）の姿も。 そこでヨウコは、今後の感染対策に関する話をして、ルミナ感染の第二波が来ることを想定し、補助金とは別に、特別措置として、援助を申し立てる。川島はヨウコの熱意を受け取り、前向きに検討することを約束した。その後、ヨウコの発言通り、第二波がやってきた。そして、メディアがヨウコの活躍を取り上げる中、とある週刊誌がヨウコを狙っていたのだった…。
