Sent to jail after being accused of murdering Getter Robo creator Dr. Saotome, Ryoma Nagare must once again team up with his former comrades and pilot Getter Robo when Saotome returns from the dead and threatens humanity by unleashing his greatest creation - the Shin Dragon. Their efforts, however, are in vain as they fail to stop a nuclear warhead from hitting Shin Dragon, resulting in a massive Getter Ray contamination that wipes out 99% of the planet's population. Thirteen years after this great catastrophe, mankind continues to fight for survival against the Invaders. Out of the remains of the nuclear blast comes Shin Getter, piloted by the artificial human Go. With remnants of the Japanese military by his side, Go - along with co-pilots Kei and Gai - must use Shin Getter to exterminate the Invaders once and for all.
In un futuro imprecisato, l’umanità ha dovuto fronteggiare una terribile minaccia aliena che ha attaccato la Terra e colonizzato la Luna. Dopo una sanguinosa guerra questi esseri mutaforma vengono finalmente sconfitti, grazie soprattutto alle scoperte del dottor Saotome sui raggi Getter ed all’impiego del Getter Robot, alimentato da questa misteriosa forma di energia. Anni dopo il dottor Saotome, creduto morto per mano di Ryoma Nagare, leader del Getter Team, torna con un nuovo modello di Getter robot e questa volta sembra diventato nemico dell’umanità e pieno di rancore anche per la morte di sua figlia Michiru, uccisa nel corso di un misterioso incidente di volo. Lo scienziato lancia un immenso esercito di Getter robot G contro le forze capeggiate dalle Nazioni Unite. Il compito di contrastarlo a bordo di un Getter 1 viene affidato proprio a Ryoma Nagare, fino ad allora imprigionato in un carcere di massima sicurezza perché accusato dell’assassinio di Saotome. Nel corso della battaglia, durante la quale ricompaiono anche gli alieni che si credevano ormai sconfitti, le Getter Machine che compongono l’esercito di Getter G si fondono un un’unica grande entità: lo Shin Dragon. Quale sarà la natura dello Shin Dragon? E chi contiene la misteriosa capsula custodita gelosamente da Saotome? Cosa tramano Stinger e Cowen, gli enigmatici scienziati ai quali le Nazioni Unite si sono affidate?