Der radikale Umweltaktivist Max Scully, der seinen Tod vorgetäuscht hatte, taucht wieder auf. Er wurde trotz seiner mörderischen Verbrechen von der Regierung begnadigt und soll nun in der Unterwasser-Kolonie Ökotopia leben. Captain Hudson soll Scully mit der seaQuest dorthin bringen. Doch Scully schmiedet wieder finstere Pläne: Er will die seaQuest in seine Gewalt bringen und alles Leben auf der Erde zerstören.
After faking his own death a second time, radical enviromentalist, Max Scully, returns and is pardoned for his murderous crimes, and Captain Hudson is ordered to escort him to an undersea ecological utopia, unaware of Scully's true intentions.
L'Ambassadeur Scully est un militant écologiste extrémiste qui a, autrefois, tué 300 personnes en voulant couler un baleinier. Il parvient lors d'un voyage sur le Seaquest à enregistrer des données qui lui permettent de prendre le contrôle du bateau depuis Ecotopia, sa colonie écologiste sous-marine.
Dopo aver scoperto un'epidemia virale causata da una missione di salvataggio montato dal originale SEAQUEST più di dieci anni prima, Lucas si sviluppa un metodo per contrastare l'agente. Tuttavia, quando il capitano Bridger arriva sulla scena e si propone di lasciare che il patogeno rompere naturalmente verso il basso, SEAQUEST trova presto in sé bloccati in un combattimento mortale con il suo ex capitano.
После фальсификации собственной смерти эколог-радикал Макс Скалли еще раз сталкивается с «Сиквестом» и планирует использовать лазерные модули судна, чтобы взорвать подводный запас ядерного оружия и уничтожить человеческий род, кроме немногих избранных для его экологического рая Экотопии.