Elliot og J.D. indser, at deres forhold har ændret sig radikalt. Dr. Cox overvejer sin nye jobtitel, da Ted nægter at lave det meste af hans arbejde. Pedellen gør krav på dr. Kelsos ledige kontor.
Nach Kelsos Abgang wird Dr. Cox vorübergehend zum ärztlichen Leiter des Sacred Heart ernannt und besteht darauf, nur noch mit "Chef Dr. Cox" angesprochen zu werden. Seine Aufgaben nimmt er jedoch nicht wirklich wahr. Turk kämpft währenddessen mit privaten Sorgen, denn Carla wünscht sich unbedingt ein zweites Kind. Und der Hausmeister besetzt Kelsos Büro und gründet mit Ted, Todd und Doug den "Brain Trust"-Club. Die erste Sitzung verläuft aber nicht nach seinen Vorstellungen...
Elliot and J.D. discover a major change in their relationship, when they spend time together looking for a former patient.
Dr. Cox contemplates his new job title, when Ted refuses to do the majority of his work, whilst Carla and Turk talk about the possibility of a second baby. Meanwhile, the Janitor claims Dr. Kelso's abandoned office for the brain trust.
J.D. ja Elliot viettävät taas aikaa yhdessä tutustumalla toisiinsa. Ted saa itseluottamustaan takaisin eikä halua alistua ryhmän tahtoon.
Elliot et JD découvrent un changement majeur dans leurs relations, alors qu'ils passent du temps ensemble à rechercher un patient. Dr. COx profite de son nouveau titre de chef de médecine, pendant que Ted se met à refuser de faire le moindre travail pour les autres. Turk & Carla parlent de la possibilité d'avoir un second enfant, et le Janitor prend possession du bureau de Kelso pour le "Brain Trust".
Il dottor Cox è il nuovo primario del Sacro Cuore dopo che Kelso ha deciso di andarsene in pensione, ed è ora sommerso da mille problemi, ma adora il suo nuovo titolo. La figlia di Cox, Jennifer, intanto, è costretta a un'operazione allo shunt cardiaco e quindi Perry non ha il tempo di fare altro. JD e Elliot prendono un appuntamento con un vecchio paziente di Elliot per un rimborso da parte della Plomox, nell'attesa fanno uno scherzo a un fast-food e l'impiegato viene poi rapito. Ted, grazie all'inserviente, finalmente capisce che è ora di iniziare a pensare con la propria testa. L'inserviente decide inoltre di spostare nell'ex-ufficio di Kelso la sede del suo "Club dei Cervelloni" (BrainTrust) ma il nuovo Ted comincia a dargli problemi e dopo un'insurrezione forma i "Cervelloni Bollenti" (BrainBounch) assieme al Todd e comincia una lite tra i due gruppi, JD assistendo allo scontro parla a Sammy chiedendosi cosa succederebbe se Ted e l'inserviente avessero un figlio loro e da li nasce una sit-com nella testa di JD: i "Custodi Legali" (Legal Custodian) Turk, ancora ai problemi con il fatto di avere solo un testicolo rischia di perdere anche l'altro a causa di una bottiglia di champagne, Carla, preoccupata dal fatto che Turk potesse rimanere per sempre senza testicoli, decide di avere un altro figlio, ma Turk non è dello stesso parere.
Кокса назначают временным главврачом, но он не уверен, что сможет справиться с новой должностью. ДжейДи и Эллиот разыскивают пациента Эллиот чтобы отдать ему компенсацию за предписание Пломокса
El Dr. Cox ama su nuevo puesto de Director Médico. Mientras tanto, el Conserje anima a Ted a ser más asertivo frente al Dr. Cox, pero pronto encuentra que su autoridad está siendo desafiada. Turk quiere ponerse un implante después de que le quitaran un testículo. Carla se acerca a él con la idea de tener otro bebé, y Elliot le dice a J.D. que puede ser bromista como Turk mientras buscan a un antiguo paciente
Elliot och JD inser att något har förändrats i deras förhållande. Dr Cox funderar över sin nya jobbtitel. Vaktmästaren vill använda Kelsos övergivna kontor till Hjärnförbundet.
Eski bir hastayı araştırırmak için beraber zaman geçirmeye başlayan Elliot ve J.D. aralarındaki ilişkinin büyük bir değişim geçirdiğini fark eder. Bu arada Ted’in işin yükünü omuzlamayı reddetmesi üzerine Dr. Cox yeni görevini tekrar gözden geçirmeye karar verir. Carla ve Turk ise ikinci bir bebek yapmayı düşünmektedir.