The planet Latis is under attack by the Space Dragon Salamander and it's war planet, the Bacterian horde destroying everything in sight, their defenses ineffective and losing all hope, three heroes from the planet Gradius join Lord British in defense of his beloved planet.
惑星ラティスで建設中の神殿から、ラティスの衛星軌道上にはるか昔から存在するモアイ型のスペースオベリスクと全く同型の石碑が発見される。司祭ドロモはラティスの王子ロード・ブリティッシュに神殿建設中止を進言するが、王子は全く聞き入れず、事故により石碑を破壊してしまう。そしてそれに呼応しスペースオベリスクも突如消失。
途端にラティスを襲う天変地異、そして伝説にラティスを滅びに導くと記された遊星サラマンダがラティスに接近し始めた。調査に向かったラティス軍はサラマンダ星のバクテリアン軍と交戦するが全滅。サラマンダ星はラティスの衛星軌道に入り瘴気を地上に振りまき、ラティスは滅亡の危機に瀕していた。この危機に際し、ドロモは惑星グラディウスよりバクテリアンとの戦いでグラディウスを勝利に導いたダーン、ステファニィ、エディを招聘するのだった。
だが、エディはサラマンダ星への総攻撃を前にしてグラディウスへ帰ってしまう。残った2人と王子はサラマンダ星へ出撃、その中枢にたどり着くが火竜に阻まれてピンチに陥る。その窮地を救ったのは駆けつけたエディであった。
Der Planet Latis wird von einer außerirdischen Lebensform namens »Bakterian« angegriffen. Der junge Prinz British sieht sich außer Stande, etwas gegen die Angreifer zu unternehmen. Doch dann erfährt er von drei jungen Helden des Planeten Gradius, die es geschafft haben, den Bakterian Einhalt zu gewähren. Die drei Jugendlichen eilen dem Nachbarplaneten zu Hilfe, jedoch stellt sich das Verhältnis zwischen Latis und Gradius als äußerst kompliziert heraus.
