Wer aufgrund des niedlichen Charadesigns unserer Heldinnen eine sanfte Story erwartet, sieht sich alsbald getäuscht: voller hintergründiger Ironie und actiongeladen Kämpfen die SM-Girls - nicht immer unblutig - gegen StarFace, der es auf die königliche Familie Romana´s abgesehen hat und dem jedes Mittel recht ist, um an sein Ziel zu gelangen, auch wenn dies bedeutet die halbe Stadt zu vernichten. Fiebert mit unseren niedlichen, doch durchaus fähigen SM Girls, die nichts unversucht lassen, StarFace und seinen Sexadolls das Handwerk zu legen. Zumal es dabei auch um das leibliche Wohl Juniors, dem letzten Spross der königlichen Familie, geht...
Saber Marionette R takes place many years after the events in J. The three marionettes, Cherry, Lime and Bloodberry, now accompany Junior, the heir to the throne of Romana. However, a criminal known as Face is freed from prison by three marionettes of his own called the Sexadolls, named Edge, Brid and Kyanny. Face threatens the future of Romana by killing the king and forcing everyone to search for Junior and arrest him. Cherry, Lime and Bloodberry must destroy Face's Sexadolls, protect Junior and help Romana become peaceful once more.
La storia si svolge centinaia di anni dopo gli eventi raccontati in Saber Marionette J ed ha per protagonisti tre nuove marionette, che però hanno gli stessi nomi e le stesse personalità di quelle protagoniste delle serie J e J to X, ma con un aspetto leggermente differente, più simile a quello di tre bambine. La storia si svolge nella città-stato di Romana, simile ad un'Italia medievale. Le tre marionette, Cherry, Lime e Bloodberry sono le accompagnatrici di Junior, erede al trono di Romana. Tuttavia, un criminale conosciuto come "Face" è riuscito ad evadere dalla prigione grazie alla complicità di tre marionette, le Sexadolls: Edge, Brid e Kyanny. Face minaccia il futuro di Romana, uccidendo il re ed usurpando il trono a Junior, che diventa un ricercato. Cherry, Lime e Bloodberry avranno il compito di sconfiggere le Sexadolls, proteggere Junior ed aiutare Romana a ritornare ad essere uno stato pacifico.
Saber Marionette R es la primera parte de la saga Saber Marionette en aparecer en forma de OVA que cuenta la historia de 3 marionetas (マリオネット) llamadas Lima (Lime), Cereza (Cherry) y Zarzamora (Bloodberry) (son versiones del futuro, de las que tiene Otaru) que cuentan con Circuitos Vírgenes, y le pertenecen a Junior, hijo del virrey de Romana, que será heredero al trono. Su hermano, Mascara, tiene otras tres marionettes llamadas "Sexadolls" las cuales lo ayudarán en su intento por tomar el poder de Romana.
女性復活達成後、それまで「女性を模したもの」であるマリオネットの存続意義の揺らぐ中、小樽への恋心を確たるものにしたライム、チェリー、ブラッドベリーの「3人で一人」であることへの疑念、人間でないことへの葛藤などが描かれている。最終回は3人が人間として転生する（3人は爆発に巻き込まれて亡くなり、その時3人の性格が地上に送信され、それを元にして遺伝子が作られた）という衝撃的な結末であった。
故事發生地點在羅馬娜城，男主人公為王儲美麗二世（今井由香）。他本來與三位機械人偶生活在和平寧靜的羅馬娜城，但叛黨星臉大人卻發動政變，目標直指這位未來的最高執行官。為了保護二世，三位銀河醒目女萊姆、櫻桃和紅莓決定不顧一切地投入戰鬥。
세이버 마리오넷 시리즈 첫 작품으로 후속작들보다 200년 이후의 세계를 배경으로 한다.
