土佐藩と手を結び海援隊として龍馬（福山雅治）たちは再出発。新たな脱藩浪士が加わり、小曽根乾堂（本田博太郎）が用意した離れで土佐藩の庇護のもと、船を使って新たなビジネスを展開し、大政奉還を目指すという目標をかかげる。 龍馬を追う長崎奉行・朝比奈（石橋凌）には、後藤象二郎（青木崇高）が、龍馬は土佐藩士であり詮議は無用と押し切る。しかし龍馬は身の危険を感じ、お龍（真木よう子）を三吉慎蔵（筧利夫）に預けるため下関へ向かう。そこでは高杉（伊勢谷友介）が死の床についていた。高杉と木戸（谷原章介）に会った龍馬は、土佐藩が大政奉還の策に乗ったことを伝え、長州も戦わずして幕府を倒そうと説得するが、木戸は納得しない。龍馬は高杉と身分など関係ない新しい国の形を語り合い、道半ばで命つきようとしている高杉の夢を引き継いでいく決心をする。 長崎に戻ってきた龍馬を中岡（上川隆也）が待っていた。そして自分は陸援隊を作り武力討幕を目指すと宣言する。一方、弥太郎は才覚を発揮し始めていた。いろは丸を大洲藩から借り受けることに成功。龍馬たちは海援隊の初仕事としていろは丸で大坂に向け出港する。そして高杉は下関で最期を迎えようとしていた。