Nous sommes à bord du Macross, gigantesque vaisseau colonial terrien, dans un contexte de guerre entre les humains, les zentradiens (sorte d'extraterrestres géants tout vert), et la race des femmes guerrières (tout aussi grande que les zentradiens). Le héros, Ichijo Hikaru, est un pilote de VF (avion de guerre ayant la possibilité se transformer en mécha) dont la mission est de défendre le Macross contre les multiples attaques ennemies.
Sa rencontre avec la sublime chanteuse Lynn Minmay va l'entraîner au cœur du conflit, sans se douter que la voix de celle-ci détient peut être la clé pouvant mettre un terme à la guerre et ainsi assurer la survie de l'Humanité.
在1999年，一艘外星宇宙战舰坠落到了地球，人们用了了十年的时间修复并取名为"MACROSS"。2009年，MACROSS要塞正在举办一场偶像歌星林明美（饭岛真理 配音）的演唱会，突然空袭警报响起，要塞开始了变形。战斗中，一条辉（长谷有洋 配音）驾驶着变形战斗救下一名少女，战机却由于速度过快撞进外层舱室。安定后，辉发现救得是林明美。俩人相识后，为使明美高兴，辉偷开教练机带着明美去兜风。敌人趁机出现，好在朋友这时挺身相救，经过一场混战，辉和早濑未沙（土井美加 配音）醒过来，发现在一个荒芜的星球上。他们了解到，五十万年前，一个叫"普罗多"的古代文明发展到顶盛时，已经可以借遗传密码无性繁殖后代，于是国家分裂为由男性组成的"杰特拉帝"和由女性组成的"赫而特兰帝"开始了长达数万年的战争。在战争中文明急剧衰退了，曾经伟大的文化被遗忘殆尽，退化成了只会战斗的种族，为了维护和平，他们将会采取怎样的行动……
本片在超時空要塞电视动画的基础上精简改编而成。
