Utena Tenjou is a schoolgirl in the eighth grade of Ohtori Academy. She has the strange memory that, when she was very young, she met a mysterious "prince" and was given a ring with a rose signet. One day, Utena finds guys are making fun of a love letter somebody posted, and she finds it was written by her best friend, Wakaba, for the captain of Kendo Club, Saionji. For the sake of her best friend, Utena challenges Saionji to a duel. Then, Saionji tells her to come to the forest of the Duel Arena.
Saionji, membre du Conseil des élèves, a l'habitude de maltraiter les jeunes filles en général, et Anthy en particulier. Outrée par un tel comportement, Utena le provoque en duel. Bien vite, Saionji s'aperçoit que son adversaire porte une bague que seuls les membres du Conseil possèdent. Il l'entraîne dès lors sur une aire de combat bien mystérieuse...
天上ウテナは幼い頃に助けてくれた王子様に憧れ、王子様になることを決意する。時は流れ、私立校鳳学園中等部で“男装の王子様”としてアイドルになるが、ある事件をきっかけに決闘ゲームに巻き込まれることになる。
鳳學園中學部的天上歐蒂娜，是位威風凜凜又帥氣的男裝少女。在她小的時候，因為相信了給了失意的自己勇氣的「王子」所說的話，所以才活了下來。「如果妳能不喪失那份高尚的心志的話，將來就能再相會」。為了同學若葉的情書被貼在公佈欄上，竟然與劍道社的主將西園寺莢一約定決鬥。她依照約定踏進學園後面的「決鬥之森」，但在裡頭等著她的，是她從未見過、不可思議的世界。巨大的螺旋台階上連接著決鬥廣場，以及天空中逆倒向下聳立著的城堡。然後，西園寺身邊跟著一位稱作「薔薇新娘」的神祕美少女姬宮安希，西園寺手中的閃著寒光。
