Ein Ausflug zum Strand endet in einer verzweifelten Suchaktion, als Ayato und Quon plötzlich spurlos verschwinden. Zur selben Zeit versucht Itsuki, den Rahxephon zu steuern.
After Celebrating New Years, it's back to the beach. Quon wanders off, and Ayato follows her. They come up to ruins located in the forest. Apparently Quon and Ayato go missing, and and Haruka starts a search to find them. Quon and Ayato are off somewhere, and Haruka's search was stopped due to the fact they were no where to be found. Haruka ends up back at the ruins, where Quon and Ayato reappear in front of her again.
B-story line: While Ayato and Quon are missing, Itsuki tries to pilot the RahXephon, but fails to do so.
Alors que Futagami enquête toujours de ça de là sur Nirai-Kanai, Ayato essaye de générer le bouclier de RahXephon pendant une séance d'essais avec le docteur Kisaragi. Makoto Isshiki ne manque pas de commenter l'échec retentissant qui en découle en déversant son fiel sur le jeune homme. Il convainc aussi Itsuki d'essayer de pénétrer dans le titan mystique, chose que son ami aurait toujours désirée... La nuit tombée, Quon se présente devant Ayato qui rentrait chez lui ; elle en profite d'ailleurs pour lui souhaiter une bonne et heureuse année, à lui et à Megumi.
異常気象の続く中、暑い正月を迎えた根来島。海で玲香らしい人影を見た綾人は、久遠と共に入った祠の中で失踪してしまう。綾人を捜す遙に、その祠では38 年前に2人の女の子が「逆神隠し」として突如出現したと告げる弐神。1週間後、綾人たちの捜索は打ち切られそうになるが、その頃綾人は祠の中で東京を目撃していた。
Después de Celebrar el Año Nuevo, vuelve a la playa. Quon se aleja y Ayato la sigue. Llegan a unas ruinas ubicadas en el bosque. Al parecer, Quon y Ayato desaparecen y Haruka comienza una búsqueda para encontrarlos. Quon y Ayato están en alguna parte, y la búsqueda de Haruka se detuvo debido al hecho de que no estaban por ningún lado. Haruka termina de regreso en las ruinas, donde Quon y Ayato reaparecen frente a ella nuevamente. Línea de la historia B: Mientras Ayato y Quon están desaparecidos, Itsuki intenta pilotar el RahXephon, pero no lo hace.
