Watari, Kunugi und Futugami kehren gemeinsam zu Nirai Kanai zurück. Unterdessen schließt sich das Alpha Squad Elvy an, um deren verletzte Kameraden zu ersetzen.
Watari and Kunugi are coming back to Nirai Kanai, with an Yamato Communcations reporter, Futagami. While coming to Terra is the Alpha Squad, who join with Elvy to take the place of her killed/wounded colleagues. Meanwhile, Futagami goes to Rikudo's place, to find information for Ayato. And when Alpha Squad and RahXephon attack a giant Dolem, it releases smaller dolems. And Ayato must defeat it and does.
Watari, Kunugi et Isshiki rentrent sur Nirai-Kanai avec un passager singulier : le journaliste Futagami ! Le directeur de TERRA a décidé de confier l'exclusivité d'un reporte à cet envoyé de l'Alliance pour apaiser les tentions entre les deux institutions. Dans la salle de commandes, Ayato teste l'Abaque, un téléporteur trouvé dans les ruines de Neriya. Celui-ci fonctionne avec succès, et emmène le jeune homme directement dans RahXephon. Au même moment, Elvy retrouve ses coéquipiers d'il y a deux ans, et forme l'escadrille Alpha. Isshiki ne manque d'ailleurs pas d'ironiser sur le fait qu'elle soit la seule survivante de l'opération Overlord. Watari, quant à lui, offre une ribambelle de cadeaux du continent au personnel de TERRA !
エルフィたち4人のパイロットがTERRA航空団α小隊として着任し、地球連合からは監察官の一色が送り込まれてきた。綾人はラーゼフォンでドーレムを迎撃してＤ１アリアに苦しむエルフィを救うが、それと引き替えにプラズマ発生雲に覆われて電撃を受ける。異常高温に包まれた奏者の座で、苦しむ綾人が見たものは…。
Watari y Kunugi regresan a Nirai Kanai, con un reportero de Comunicaciones de Yamato, Futagami. Al llegar a Terra está el Alpha Squad, que se une a Elvy para tomar el lugar de sus colegas muertos / heridos. Mientras tanto, Futagami va a la casa de Rikudo para buscar información sobre Ayato. Y cuando Alpha Squad y RahXephon atacan a un Dolem gigante, libera dolems más pequeños. Y Ayato debe derrotarlo y lo hace.
