La última vez que Lorenzo Quart estuvo en España fue para resolver un extraño crimen perpetrado en una iglesia sevillana. El desenlace del misterio y los métodos de Quart, excesivamente duros y poco complacientes con sus superiores, le valieron un destierro que el sacerdote prefiere a su anterior misión en la Secretaría de Estado del Vaticano. Pero Quart es un hombre valioso y ahora ha recibido como “castigo” una misión en Madrid. Será asesor de Monseñor Aguirre, Legado Permanente en España. Este trabajo burocrático oculta su misión verdadera, que se irá desarrollando a lo largo de los episodios. El primer caso al que se enfrenta Quart es el robo de la Cruz de Caravaca, expuesta en una iglesia madrileña. Quart se instala en la capital, reencontrándose con antiguos conocidos: el inspector Navajo y Macarena Bruner. Con ellos colaboró en la resolución del caso de Nuestra Señora de las Lágrimas; ‘la iglesia que asesinaba para defenderse’. Aprovechando su presencia en Madrid, el Vaticano le encarga la investigación de crímenes, desapariciones y robos que, de algún modo, están relacionados con enigmas de la historia, la mayor parte de ellos vitales para la Iglesia Católica. Cuando Quart inicia sus pesquisas en la capital española, retoma el contacto con Navajo y Macarena. Además de estos personajes conocerá a Alicia, la restauradora que trabaja para Macarena; y a Pedro Sangro, el actual novio de la sevillana. En su primer caso también entablará una singular relación con el padre Campos, erudito, filósofo y heterodoxo; una enciclopedia viviente de la Iglesia, su historia, su arte y sus misterios. Judas, un joven que estudia en el seminario, se convertirá asimismo en compañero inseparable de Quart al que tendrá como modelo a seguir, provocando las iras de su tío, el mismísimo Aguirr
Quart viaja a Santiago de Compostela para investigar la muerte de un sacerdote en extrañas circunstancias. Una vez en Galicia, sus pesquisas le llevan a descubrir que el asesinato tiene relación con los misterios de la Catedral de Santiago. Durante su estancia en la ciudad, otras personas son asesinadas de manera misteriosa. Con la ayuda de la teniente Iria de Toro, Quart consigue averiguar que todas las víctimas tienen algo en común. Pero cuando está a punto de descubrir la identidad del asesino, el padre Quart comienza a sentirse mal...
Una familia es asesinada por un grupo de encapuchados. El único superviviente que logra huir es Daniel, el hijo pequeño de la familia. Quart acude para ayudar a Navajo en la investigación. En el chalet aparece una capilla secreta en la que se encuentra la lanza que asestó el golpe de gracia a Jesucristo en el monte del Calvario, La Lanza de Longinos. Quart descubre que la familia asesinada pertenece a una sociedad secreta refugiada en España a finales de la Segunda Guerra Mundial y que Daniel es una pieza clave en la resolución del caso. En la investigación, Quart reclama la inestimable ayuda de Macarena pero la restauradora sufre un accidente que la deja entre la vida y la muerte.
Andrés y Javier son dos arqueólogos que inspeccionan el sótano de un antiguo palacio por orden de monseñor Aguirre. En sus celdas se han encontrado los restos de un monje que tuvo relación con las Profecías de San Malaquías, en las que está muy interesado monseñor. El techo del palacio se derrumba durante la excavación y el cuerpo del monje desaparece. Javier, que se ve acosado por los hombres de Aguirre, pide ayuda al Padre Campos, al que conoce de su época de estudiante. Quart colabora en la investigación del extraño suceso y descubre que en las Profecías de San Malaquías se esconde la razón del interés de monseñor Aguirre.
Pedro Sangro entra en un convento de monjas de clausura para robar el dedo incorrupto de San Vicente Ferrer. A la mañana siguiente, se descubre el robo de la reliquia y el cadáver de una estudiante que vivía en el convento. La joven preparaba una tesis utilizando la colección de objetos de la familia Borgia. Cuando Quart comienza a investigar el caso, sus sospechas se dirigen a otras estudiantes que también viven en el convento. Mientras, Sangro trafica con la reliquia de San Vicente Ferrer. Necesita dinero para conseguir la libertad de un antiguo compañero que se encuentra encarcelado en una prisión tailandesa. El comprador de la reliquia, un famoso traficante de obras de arte, no está dispuesto a pagar el precio acordado. Aguirre se enfrenta a un grave problema: recibe chantajes de alguien que le amenaza con dar a conocer su gran secreto.
Aguirre le encomienda a Quart la investigación de la profanación de una iglesia en Toledo y el ataque a su párroco. El nuncio piensa que detrás del suceso se esconde un grupo satánico. Judas le acompaña y retoma la relación con una prima suya, Rocío, un amor de juventud que vive en la ciudad del Tajo. El sacerdote y el seminarista descubren que en la iglesia profanada hay dibujado un extraño símbolo: una runa nórdica cruzada por rayos. El joven se sorprende al ver el dibujo ya que es exactamente igual a la portada del grupo de Black Metal de Rocío. Mientras, Judas desaparece. Ha sido secuestrado en extrañas circunstancias. En el transcurso de la investigación, aparecen los cadáveres de los padres de Toño, bajista del grupo Black Metal. Macarena ayuda a Quart con las runas y descubren que la iglesia fue un antiguo lugar de culto vikingo. El sacerdote y la restauradora sienten una especial atracción el uno por el otro. Ambos buscarán al seminarista.
