Madoka learns from Kyuubee, whose real identity is Incubator, that his species makes contracts to make girls into magical girls that inevitably become witches in order to use the energy that spawns from their despair to counter entropy in the universe. Kyouko, hoping for a chance that Sayaka can be made human again, takes Madoka with her to try and reach her humanity. This ultimately fails, with Kyouko choosing to sacrifice herself to destroy Sayaka with her. Meanwhile, it is revealed that Homura comes from another timeline, having relived the same month several times in the hope of saving Madoka from a grim fate at the hands of the ultimate witch, Walpurgisnacht. Homura attempts to face Walpurgisnacht, but is ultimately defeated and draws close to despair, feeling her efforts have become pointless. Just then, Madoka appears and uses the built up energy from several timelines to become a powerful magical girl capable of eliminating witches before they are born.
キュゥべえの正体はインキュベーターと呼ばれる地球外生命体の端末であり、魔法少女が最終的に魔女となることは彼らによって仕組まれたことであった。その真意を問いただすまどかに対し、キュゥべえは自分たちの種族の目的が宇宙の寿命を延ばすことにあると説明し、そのために魔法少女たちが希望から絶望へ相転移し魔女となる際に発生する、熱力学第二法則に縛られない莫大な感情エネルギーを回収しているのだと語る。まどかはキュゥべえへの不信を露わにし、真意を伏せて少女たちと契約を結んできたことを「騙してきた」と非難するが、感情を理解しないキュゥべえは、見解の相違によって生じた齟齬について、一方的に責められることのほうがそもそも理不尽であるとし、地球人を含む宇宙全体の公益のため、まどかの自己犠牲を期待する旨を告げて去る。
キュゥべえの言い分に納得できない杏子は、さやかを元に戻そうと結界内にまどかを連れて潜入する。魔女化したさやかに、まどかと共に必死に呼び掛けるも思い叶わず、魔女化したさやかと共に命を落とす。その一方、見滝原には大災害をもたらす最強の魔女「ワルプルギスの夜」が迫りつつあり、キュゥべえは3人の魔法少女が戦死した今、高い素質を持つまどかが魔法少女にならない限り見滝原を救うことができない、と予見する。
一方、それまでは謎に包まれてきたほむらの素性や目的も明らかにされる。彼女は異なる時間軸からやってきた時間遡行者であり、元の時間軸において初めて得た友人でありながら「ワルプルギスの夜」と戦うも死亡してしまったまどかを救うべく、未来への道筋を求
마법소녀의 충격적인 진실이 드러나고, 설상가상 최강의 마녀 ‘발프르기스의 밤’이 강림하려 한다. ‘큐베’와 ‘마도카’의 계약을 그토록 막았던 ‘호무라’의 놀라운 비밀, ‘큐베’의 숨겨진 정체, 그리고 마침내 마법소녀가 된 ‘마도카’. 싸움과 죽음의 운명을 받아들이면서까지 이루고 싶은 소원은 무엇일까?
Madoka aprende de Kyuubee, cuya verdadera identidad es Incubator, que su especie hace contratos para convertir a las niñas en chicas mágicas que inevitablemente se convierten en brujas para usar la energía que genera su desesperación para contrarrestar la entropía en el universo. Kyouko, con la esperanza de que Sayaka pueda volverse humana nuevamente, se lleva a Madoka con ella para tratar de alcanzar su humanidad.
抱持着帮助他人而化身魔法少女，与此同时却必须背负着残酷的命运。在接二连三的战斗中，善良的美树沙耶加（喜多村英梨 配音）彻底耗尽自己的生命。当她的尸体被晓美焰（斋藤千和 配音）和佐仓杏子（野中蓝 配音）带回时，令她的好友鹿目圆（悠木碧 配音）感受到前所未有的悲伤与痛苦。而从丘比（加藤英美里 配音）那里听说到魔法少女的宿命之说，不禁让她受到前所未有的触动。在杏子的建议下，小圆决定救助沙耶加，而她们即将与最强的魔女之夜（水桥香织 配音）碰面。有关魔女的前途与生命，她们走上一条凶险非常的道路……
本片为魔法少女的剧场版，分三部上映，由TV版12话重新编集而成。
Der zweite Film der Madoka Triologie. Es besteht aus einer Zusammenfassung der letzten vier episoden der Serie.
Il secondo dei tre lungometraggi dedicati a Madoka Magica. Il film riassume gli ultimi quattro episodi della serie da cui è tratta. La storia prosegue dal punto in cui si era interrotta con il primo film, quindi dalla rivelazione, da parte di Kyubei, del vero motivo per cui vengono reclutate le maghe e dall'apparizione della strega Oktavia von Seckendorff.
Второй фильм из тетралогии. Является дополненным пересказом последних 4 эпизодов сериала.
Мадока Канамэ узнает правду о личности своего наставника Кюбэя и сталкивается с опасностью вселенского масштаба.
