Reiji, jeune étudiant nippon parti aux Etats-Unis pour y poursuivre ses études, assiste à un assassinat opéré par Ein, une jeune fille de son âge, communément appelée "Phantom", et échappe de peu à la mort. Celle-ci arrive à le rattraper mais un homme intervient et stoppe son bras. Ils le ramènent alors à leur base où il subira un lavage de cerveau. Reiji apprendra alors la raison pour laquelle il est encore en vie : les employeurs de Phantom veulent en faire, tout comme Ein, un second "Phantom"...