Accompagné par Mgr Delaquis, le Padre arrive à l'église Sainte-Trinité à Saint-Boniface. Celle-ci est dans un piètre état. Durant la nuit, un jeune homme s'introduit dans l'église. Le Padre doit le confronter et essayer de comprendre.
Soeur Sophie et Padre essaient de mettre un peu d'ordre dans l'église. Un homme d'affaires d'origine italienne, Matéo, entre dans l'église et désire se confesser. Bien malgré lui, le Padre l'écoute se confier sur sa vie parfaite. Et pourtant...
Catherine Dieujuste, jeune journaliste locale, se réfugie dans l'église pour se réchauffer. S'ensuit une confession hors norme au cours de laquelle Catherine essaie de charmer le Padre.
Les souvenirs du Padre viennent le hanter, les conversations avec son psychiatre ne semblent pas l'aider. Géraldine, ex-conjointe de Matéo, vient confronter le Padre. Un peu malgré elle, elle raconte son histoire jusqu'à révéler son terrible secret.
Daniel, un professeur au secondaire, révèle qu' il entretient une relation avec une élève. Le Padre lui explique les dommages que cela peut causer à cette jeune fille, mais Daniel quitte brusquement. Découragé, le Padre croit qu'il a échoué.
Mgr Delaquis demande au Padre de rencontrer une pénitente discrètement. Celle-ci accepte de s'ouvrir et explique sa détresse. En pleine nuit, un homme s'introduit dans l'église et confesse ses péchés abominables.
Soeur Sophie tente de convaincre le Padre de rouvrir l'église. Norman, un ex-policier, vient confronter le Padre. Ce dernier l'écoute d'abord, mais la discussion qui s'ensuit ébranle les deux hommes.
Hanté par ses bribes de souvenirs, le Padre est exténué. En pleine nuit, Simon, violeur en série, revient défier le Padre, mais celui-ci est prêt. C'est lui qui mène la discussion. Il parvient à faire parler Simon pour le démasquer.
Mgr Delaquis avise le Padre que Sophie partira bientôt. Marie-Julie, amoureuse de son professeur, vient s'expliquer franchement avec le Padre. Celui-ci l'écoute et lui fait comprendre la réalité de sa relation. Catherine revient parler au Padre.
Matéo et Géraldine se rencontrent pour la première fois depuis longtemps à l'église. Une jeune femme en panique désire se confesser au Padre. Les souvenirs du Padre se font de plus en plus sombres.
Pavel, son ancien complice de la Bratva, a retrouvé le Padre. Il le met face à son passé et évoque un sac d'argent disparu. Le Padre tente d'éloigner Sophie et demande l'aide de Catherine qui essaie de comprendre qui est ce prêtre mystérieux.
Le Padre se prépare au retour de Pavel. Léonie, une jeune étudiante, se cache dans l'église pour faire ses devoirs. Le Padre discute avec elle pour mieux comprendre la situation.
Les souvenirs du Padre sont moins morcelés, il parvient de plus en plus à recoller les morceaux. C'est le moment de confronter Pavel, qui est prêt à tout. Catherine vient parler au Padre pour tenter de comprendre le drame qui vient de se dérouler.
