O investigador Raul Fagnani, da agência especializada em achar pessoas desaparecidas, recebe a misteriosa Maria Júlia enquanto investiga o desaparecimento de uma mulher e sua filha pequena.
Raul descobre que Maria Júlia não é a repórter que diz ser e a coloca em uma nova investigação sobre o sumiço de uma garota de 16 anos em busca do pai. Os detetives se embrenham no submundo religioso dos presídios de São Paulo.
O braço direito de Raul pede ajuda à agência para achar o cunhado de um antigo amigo que despareceu após uma briga durante uma rinha de galo. Entretanto, Maria Júlia, cada vez mais inserida na agência, busca Oscar, seu pai desaparecido.
Enquanto Raul e Maria Júlia resolvem um caso de idosos que estão desparecidos, a esperança se acende para Raul em sua busca por sua filha: um antigo parceiro desmantelou uma quadrilha de adoções ilegais.
A equipe se embrenha no submundo dos roubos de carga para desvendar o sumiço do motorista Josley. Paralelamente, Raul esmiúça a quadrilha de adoção e encontra uma pista sobre o caso de sua filha.
A Ausentes investiga o insólito caso de um jovem que desapareceu na imensidão de uma represa. Enquanto as pistas de Oscar e Sofia ficam cada vez mais quentes, Raul reencontra sua ex-esposa e tem uma revelação surpreendente.
Raul e equipe se embrenham no submundo do trabalho informal e dos imigrantes sírios em busca de um jovem desaparecido. Um acontecimento com Maria Júlia estremece a relação de confiança com Raul, que lhe cobra a verdade.
A Ausentes busca por um garoto Japonês que sumiu numa estação de trem e mergulham no submundo dos produtos falsificados. A esperança de Raul agora depende dos resultados do análise da ossada que ele achou enterrada.
A Ausentes investiga o caso do promotor de justiça que pode ter caído nas mãos de uma quadrilha de tráfico de órgãos. Raul descobre uma pista muito quente de Sofia e a busca de Maria Júlia toma um rumo inesperado.
Com uma nova pista, Raul e a equipe da Ausentes mergulham de vez no caso de Sofia. É um intrincado jogo emocional que o levará a uma revelação inesperada. Será que Raul encontrará sua filha desaparecida há tantos anos?