Bei ihrer Tauchfahrt mit dem Minifin haben Jason und Winston mit Neris Hilfe unterhalb des Kontinentalsockels eine Pyramide entdeckt. Sie wollen das Geheimnis zunächst für sich behalten und Winston versucht, die Diskette aus der Blackbox des Minifins vor dem stellvertretenden Commander Danton zu verbergen. Aber dieser nimmt ihnen die Diskette ab. Seltsamerweise wurde der Inhalt der Diskette gelöscht. Die Pyramide bewahrt ihr Geheimnis. Inzwischen ist Dianne an Land gegangen, um sich mit dem Oberkommando der Marine um den Posten des Commanders von ORCA zu bewerben. Die Entscheidung darüber liegt zu ihrer größten Überraschung bei ihrem Ex-Ehemann Paul, dem Vater von Jason und Brett. Er ist jetzt Oberkommandierender von ORCA Pacific. In Ägypten sind Malakat und Shersheba dem Geheimnis der Pyramiden auf der Spur. Auch die beiden Geheimagenten Shelby und Hauser versuchen dort die Empfangsstation aufzuspüren, die anscheinend Radiosignale aus dem All empfängt. Jason und Brett ignorieren das Verbot des Vizecommanders und tauchen mit dem Minifin ein zweites Mal zu der Pyramide in der Tiefsee. Neri findet den Eingang zur Pyramide. Drinnen können die beiden Jungen das Minifin verlassen und atmen, als ob sie an Land seien. Im Inneren der Pyramide befindet sich eine Statue von Shalamorn. Diese erwacht für kurze Zeit zum Leben und spricht zu Neri. Dann werden Neri, Brett und Jason in einen Strudel gezogen. Als sie wieder zu sich kommen, befinden sie sich offensichtlich in einer anderen Pyramide. Über einen Kanal und einen Brunnen finden sie den Ausweg ins Freie. Dort machen sie eine erstaunliche Entdeckung.
Dianne is at ORCA Pacific headquarters for her interview, she is surprised to discover her exhusband in the role of interviewer and more surprised to learn the job is hers if she wants it. A return visit is made to the pyramid by Neri, Jason, and Brett. Neri finds a way in and the boys follow in the minifin. Exploring the pyramids interior, Neri activates a holographic recording which relays a cryptic message about a quest. A doorway is opened revealing a swirling vortex which pulls the trio in. They reemerge in another pyramid, and upon exiting, discover that they are in Egypt! Agents Shelby and Hauser begin their search for the receivers of the alien transmissions while Malakat and Shersheba continue their own search.
