ニンジャスレイヤーは数々のトラップを超え、破竹の勢いでトコロザワ・ピラー内を突き進む。 フォレスト・サワタリとの一時的共闘により、 悪夢のごときニンジャロボ兵器「モータードクロ」部隊をも蹴散らしたニンジャスレイヤー。 だが彼らの前にソウカイヤ最強の刺客ダークニンジャ……フジオ・カタクラが立ちはだかる。 この男こそは、フジキド・ケンジの妻子を、そして師匠ドラゴン・ゲンドーソーをも殺めた宿敵！ ニンジャスレイヤーの怒りのカラテが燃え上がる！ 果たしてナンシー・リーは無事なのか！？ ダークニンジャとの決着の行方は！？