ソウカイヤから追っ手を差し向けられ逃亡の日々を送るヤモト・コキは、 流れ着いた教会の中で「ジェノサイド」と名乗る恐ろしいニンジャに出会う。 聞くと、彼はここに来るまでの記憶がほとんどないという。 実は彼は、ラオモトの下で働くマッドサイエンティスト「リー先生」に作られたゾンビーニンジャであり、 自我に目覚め、リー先生のラボから逃亡したのだった。 教会で束の間の休息を取るヤモトとジェノサイドのもとへ、 リー先生の助手フブキ・ナハタが作った最新バイオニンジャ「マンティコア」が、 さらにヤモトを追うソウカイヤの刺客「グレネディア」、ふたりの刺客が送りこまれた！ ナムアミダブツ！ 共闘を決めたヤモトとジェノサイドの運命やいかに！？