Yamoto Koki, a girl possessed by the Ninja Soul of Shi Ninja, uses her powers to save herself and her friend Asari from a gang attack. Shogo, a transfer student, is bailed out of jail and given an ultimatum.
キョート共和国から転校してきた女子高生、ヤモト・コキ。
一見すると平凡な女子高生だが、彼女にはアーチ級ニンジャソウル「シ・ニンジャ」の力が宿っていた。
彼女はいかにしてその力を得たのか？
そのカギを握るのはアフロヘアーの男子転校生、ショーゴー・マグチにあった。
謎めいたジツによりヤンクを始末するショーゴー……彼もまたニンジャソウル憑依者だったのだ！
