伊賀の里で修行を積んだ忍者、ハットリくんが東京に修行の場を移し、ひょんなことから三葉家の居候になることから物語りは始まる。三葉家のひとり息子の“ケンイチ”とその友達、さらに正体を隠しケンイチと同じ小学校に通うライバルの甲賀忍者“ケムマキ”たちと毎回、様々な事件に巻き込まれてしまう。今回はどんな忍術が飛び出すのか！！
遊びすぎて宿題をするのを忘れてしまったケン一。先生に怒られるのをこわがるケン一を見てハットリくんは、先生を悪者の敵と勘違いしてしまう。学校でケン一が怒られるのを見ると先生にお仕置きをしてしまった。
模型機関車が欲しいケン一。家の手伝いをしておこづかいをためようとするが、ハットリくんがケン一よりも先に用事を済ませてしまう。怒ったケン一に追い出されてしまうハットリくんだが、ケン一のためにそば屋でアルバイトを始める。
伊賀からハットリくんを求めて、忍者犬「獅子丸」がやってきた。食いしん坊で礼儀知らずの獅子丸。迷惑をかけたくないハットリくんは伊賀に追い返そうとするが、居残りたい獅子丸はパパとママに必至にアピールする。
学校のテストで100点をとると宣言したケン一は猛勉強を開始した。遊びの誘惑に負けそうになるところをハットリくんが見張り、徹夜で勉強をやり遂げたケン一。はたしてテストの結果は?
今日はパパとママの結婚記念日。ハットリくんとケン一は内緒で豪華な料理を用意する。そうとも知らない獅子丸は、自分の歓迎パーティだと勘違いして、夢子ちゃん達を勝手に自宅に招待する。
野球の試合を前に自信の無いケン一は、ハットリくんに弟子入りする。しかし、試合当日、ケン一は仮病で行こうとしない。そんなケン一に代わり、ハットリくんが変装して打席に向かう。
ケン一のクラスに転校生ケムマキがやってきた。みんなの前ではおとなしい子を演じるケムマキだが、その正体は甲賀流の忍者。ケン一の家に来るとライバルである伊賀流の忍者ハットリくんと戦いを開始する。
ハットリくんを慕う、弟のシンゾウが伊賀から上京してきた。ハットリくんとケムマキが戦っているところに登場。助太刀するのだが、見習い忍者のシンゾウはすぐに倒されてしまう。そこで繰り出されたシンゾウの強烈な必殺技とは?
今日は先生が家庭訪問で家にやって来る日。以前、先生を悪者の敵と勘違いしてしまい、お仕置きしてしまったハットリくんは、名誉ばんかいのチャンスと、先生にサービスしようとするのだが、裏目に出てしまう。
どうしてもお使いに行きたいシンゾウは、心配するみんなをよそに一人買い物に出かけた。道もわからないシンゾウのためにハットリくんは獅子丸を連れて、こっそりお使いの手伝いをする。
パパの幼なじみという男が家にやってきた。あまりはっきり覚えていないパパだがお酒と料理でもてなして、この日は家に泊めることになった。だがしかし、この男の正体は指名手配中の泥棒だった。
明日は秋の大運動会。足がおそくて運動が苦手なケン一は運動会に行きたくない。しかし、当日のお弁当を楽しみにしているシンゾウはケン一のために特訓を開始。むかえた当日、はたしてケン一の結果はいかに?
柿泥棒の疑いをかけられたケン一。真犯人を捕まえるためにカメラマンになってハットリくんと張り込みを開始。柿を食べようとするカラスの写真を撮ったのだが、そこに写っていたのは…。
ケムマキに意地悪をされるのが嫌なケン一は、仮病をつかって学校を休んでいた。仮病に気づいたママはハットリくんに医者に変装してもらい、怠け病をなおそうとするのだが、そこにケムマキがあらわれる。
学級新聞にのせる写真をとるため神社に行ったケン一。そこで偶然、UFOらしきものを撮影し、学校で話題になる。先生や夢子ちゃん達と再度UFOを撮影しに行くのだが、そこで見たものとは?
相手の動きを一瞬で止める金縛りの術を習得したいケン一はハットリくんから修業を受ける。忍法を身につけたと勘違いしてしまうケン一は、あらゆる場所で金縛りの術を使うのだが…。
作文の宿題のテーマは「お父さん」。なかなか宿題に集中出来ないケン一はそのまま朝をむかえてしまう。学校で作文を発表する時間になってケン一が読み始めたのは、なんとハットリくんが書いた作文だった。
お使いに出かけたシンゾウが帰ってこない。みんなが心配していると誘拐犯と思われる男から電話が来た。ハットリくんとケン一はシンゾウを助けるために、手掛かりを追い、公園で男とシンゾウを見つけるが…。
学芸会で主役の侍を演じることになったケン一。成功して夢子ちゃんにほめられたいケン一は、剣術を習いたいのだが、ハットリくんは教えてくれない。そこで獅子丸に剣術を教えてもらうことになるのだが…。
栗が食べたいケン一だが、ママはなかなか買ってくれない。そこで、ハットリくんが栗をひろえる場所を探し出し、みんなで栗ひろいに行くのだが、そこにはケムマキと影千代が先回りしていた。
自分の部屋にハットリくんとシンゾウがいるので、勉強に集中出来ないケン一。ついにはハットリくん達を追い出そうとしてしまう。ケン一の邪魔にならないように、ハットリくんは材木を集めて夜中になにやら作り始めた。
家族みんなで楽しく動物園に出かけたケン一達だが、ライオンに憧れる獅子丸は自分の力の無さを気にして、すっかり元気が無くなってしまった。思いつめた獅子丸はライオンに弟子入りすると言い残して姿を消してしまう。
学校の授業で秋の風景をスケッチしに公園へやって来たケン一。なかなか良い風景を見つけられないケン一のためにハットリくんが忍法で木を紅葉させるが、ケムマキが邪魔をしてきてスケッチすることが出来ない。
学校のハイキングについていきたいハットリくんは、ケムマキと喧嘩しないことを約束に参加することになった。そうとは知らないケムマキは次から次へとハットリくんに攻撃を仕掛けてくる。
ケン一とケムマキは同時に夢子ちゃんを映画に誘う。迷った夢子ちゃんはどっちと行くかを考えることにした。お互いに二人で行かせたくないケン一とケムマキはハットリくんも巻き込み喧嘩をはじめる。はたして夢子ちゃんは誰と映画に行くのか?
けんしょうの当選品がどうしても欲しい夢子ちゃんのために、ケン一はおこづかいを全部使いハガキを出した。とうとう最後のハガキ1枚で1等の人形が当たり、夢子ちゃんにプレゼントしに行くのだが…。
みんなで釣りに出かけたケン一達。しかし、ケン一とハットリくんが釣るのはゴミとガラクタばかり。ハットリくんが池の中を調べると、それは影千代の仕業だった。影千代を退治した後に、ケン一は池で釣れるはずのないタイを釣りあげるのだが…。
クラスの落とし物すべての持ち主を探すよう、先生に言いつけられたケン一。困ったケン一はハットリくんに助けを求める。ハットリくんは獅子丸に匂いで落とし主を探させるのだが、最後の一つだけ落とし主が見つからない。
毎晩パパの帰りが遅くて悲しむママ。ケン一はパパが早く帰ってこれるようにハットリくんにお願いする。残業やお酒の誘いをハットリくんの活躍で素早く済ませたパパは早く家に帰るのだが…。
ハットリくんがいないと何も出来ないとケムマキに馬鹿にされるケン一。反抗して、ハットリくんと行動を別にするが、相変わらずケムマキに意地悪ばかりされてしまう。見かねたハットリくんがケムマキをこらしめようとするのだが、ケムマキの意外な一面を目にする。
パパがゴルフコンペの景品でたくさんのじゃがいもをもらってきた。喜ぶママは毎日じゃがいも料理を作るのだが、ケン一とシンゾウは飽きてしまい、じゃがいもを庭に埋めてしまう。
ケン一が忘れた教科書を届けるために学校へ向かったハットリくんとシンゾウ。先生にばれずに教科書を渡そうとするが、ケムマキに見つかり、ハットリくんと決闘が始まってしまう。その隙にシンゾウが教科書をケン一に渡そうとするのだが…。
太りすぎてズボンのおしりが破けてしまったパパは減量することに決めた。ハットリくんのすすめで断食作戦を行うのだが、我慢できないパパは人間が食べ物に見えてしまう。はたしてパパの減量作戦は成功するのか?
パパとママは用事があって新幹線で京都に行くことになった。新幹線に乗りたいケン一達は内緒で乗りこみ、パパ達に見つからないよう、京都観光をするのだが、映画村で忍者の格好をした俳優と間違えられてしまい大騒ぎに。
ハットリくんは居候しているお礼として、宿代を払おうとするが、ママは受け取ってくれない。そこで小判に価値があると知ったハットリくんは、庭から小判が見つかったことにしようとするのだが…。
今日は待ちに待ったパパの給料日なのでママもごきげん。しかし、なんとパパは帰り道で給料袋をスラれてしまった。忍法でスリ師を見つけ出したハットリくんは、パパの給料袋を取り返すためにスリ師と対決する。
忍法「人操り」をハットリくんから習ったケン一。学校で先生に「人操り」が成功したと勘違いして、ケムマキにも術をかけようとするが、逆に操られてしまったケン一は猫にさせられてしまう。
ドッヂボールでケムマキにやられたい放題。挙句の果てには夢子ちゃんにも馬鹿にされるケン一。ハットリくんにお願いして獅子丸をドッヂボールのボールに変身させて活躍するのだが、ある言葉を聞いて獅子丸がさらに変身してしまう。
ママに頼まれて知り合いの家の2歳の女の子を1日子守りすることになったケン一達。わがままで自由きままに遊ぶ女の子に、さすがのハットリくんも振り回されっぱなしで困ってしまう。
新作の映画「宇宙の旅」を観に行ったと夢子ちゃんとケムマキに嘘をついたケン一。話をあわせるためにどうしても映画を観に行きたいのだが、おこづかいが無い。そこでハットリくんに内緒で忍法「もぐり影」を使って、映画館に忍び込もうとする。
テレビ局の番組「犬猫大競争」で獅子丸と影千代が対決することになった。途中、ケムマキが獅子丸の走りを妨害しようとするが、ハットリくんがそれを許さない。お互いのプライドをかけた一騎打ちを制するのは?
今日はケン一と夢子ちゃんのデートの日。絶対について来るなと言われたハットリくんだが、心配であとをつけることにした。案の定、ケムマキがデートの邪魔をしようと攻撃するのだが、ついて来ているのが内緒のハットリくんは見つからないようにケン一を守る。
道路工事の揺れを地震と勘違いして大慌てのパパとママ。このままでは心配だと、家族みんなで防災訓練をすることにした。それぞれ大事な物を持って逃げてきたのだが、そこでヘソクリを隠しているのがお互いばれて喧嘩になってしまう。
学級新聞にのせる記事がなく困っている夢子ちゃん。ケン一は夢子ちゃんを助けるため、特ダネを探すがなかなか見つけることが出来ない。そこで、ハットリくんの協力で水の上を歩くことにしたのだが、ケムマキが邪魔をしてきた。
ケムマキはケン一にスケートボードで町一周のレース対決を申し込む。まったく自信のないケン一だったが、ハットリくんの助けでなんとかケムマキについていく。はたして夢子ちゃんの待つゴールに先に着くのは?
獅子丸が3億円のダイヤモンドを間違って食べてしまった。警察からの連絡で、そのダイヤモンドを届ければ300万円がもらえると知ったケン一達は、必死に獅子丸のおなかの中からダイヤモンドを取り出そうとする。
歯をまったく磨かないケン一は、ある日、虫歯がひどくなり我慢できなくなってしまった。それでも歯医者に行きたくないケン一のためにハットリくんが歯を抜こうとするのだが、うまく抜くことができない。
学校で先生に怒られたケン一は、公園で先生の悪口を言っていると先生に見つかってしまう。大声でもっと先生の悪口を言ってすっきりしたいケン一は、ハットリくんの忍法「声とりもち」を使って、声を筒の中に閉じ込めるのだが、図画こうさくの宿題を入れた筒と間違えて学校に「声とりもち」の筒を持っていってしまう。
結婚式に出席するパパとママに留守番を頼まれたケン一達。そこへ、泥棒がパパの知り合いを装いやってきた。そうとは知らずに、ケン一達はパパの知り合いを家でもてなそうとするのだが…。
残業で遅くなるパパの代わりに、夜回りの火の用心に出かけたシンゾウと獅子丸。アイロンをつけっぱなしで出かけてしまった家があることを知り、駆けつけるシンゾウだが、はたして間に合うのか?
夢子ちゃん、ケムマキと3人でかくれんぼをしていたケン一だが、ケムマキに意地悪をされてうまく隠れることができない。そこで、ハットリくんの忍法「かくれみの」を使って、ケムマキに仕返しをしようとする。
夢子ちゃんの誕生日にプレゼントをあげたいと思ったケン一だが、お金がなくてほしいぬいぐるみが買えない。シンゾウに相談してぬいぐるみを手に入れるが、実はその正体は獅子丸だった。
風邪をひいて学校を休んでいたケン一だが、夢子ちゃんに借りたノートを返さなければいけない事を思い出す。ハットリくんが忍法を使い、ケン一に成り代わって学校に行くのだが、あやしんだケムマキが正体をあばこうとして…。
ハットリくんが大のカエル嫌いと知ったケムマキ。ある日ケン一が逃がしてしまったクラスで飼っているカエルを捕まえて、ハットリくんに決闘を申し込む。カエルを使って攻撃を仕掛けるケムマキとの勝負の行方ははたして。
学校のテストで20点をとってしまったケン一。そのテスト用紙を風で飛ばされてしまう。それを見ていたケムマキは影千代を使ってテスト用紙を奪った。ケン一とハットリくんはケムマキからテスト用紙を取り返すことは出来るのか?
じゃんけんにどうしても勝てないシンゾウ。たまたま公園でじゃんけんに勝った小池先生を見つけ、じゃんけん名人と思いこみ、たくさんの人とのじゃんけん勝負に町じゅう先生を連れ回す。
ケムマキのラジコン飛行機に対抗して、ハットリくんの作った人力飛行機に乗るため特訓を重ねるケン一。いよいよ飛行に挑戦するが、なかなかうまく飛ぶことが出来ない。そこでハットリくんは秘策を考え出す。
遠くで人が話している内容が気になるケン一。遠くからでも声が聞こえる耳をハットリくんに頼みこんで手に入れた。ウサギの特性を生かして人間の10倍以上耳が聞こえるようになる忍法なのだが、この忍法には副作用があった。
学校の宿題の絵をシンゾウ、獅子丸と描きにいったケン一。学校に間違って獅子丸が描いためちゃくちゃな絵をもっていってしまう。しかし、それを見た先生が天才的な絵だと評価し、調子にのった獅子丸は展覧会に出展する大作を描くのだが。
学級新聞にのせる決定的瞬間を写真におさめたいケン一。池の鳥を撮影しに行くが、なかなかうまく撮ることが出来ない。そこでハットリくんが手助けをするのだが、ケン一は果たしてうまく決定的瞬間をおさめることが出来るのか。
サーカスのトラ2頭が町に逃げ出した。それを知らないケン一達は公園で野良猫を拾い、家に連れて帰るのだが実は野良猫はトラの子供だった。子供を探す親のトラはにおいをかぎつけケン一の家にたどりつく。
ケン一の家にデパートからおくりものが届いた。中身のカステラをママに内緒でケン一とシンゾウは食べてしまうのだが、おくりものはとなりの家に届けられるはずのまちがいだった。
ある晩、パパが帰り道に人がいないはずの屋敷からこわい声を聞いた。そこでケン一はシンゾウ、獅子丸と屋敷の探検に出る。それを知ったケムマキがいたずらをしかけるのだが、果たして本当のこわい声の正体は?
ケン一はたまごをヒヨコにかえそうと家で実験していた。そこへ影千代が忍びこみ食べようとしてしまうが、ハットリくんが忍法で自分が親鳥と思いこませ、影千代にたまごをあたためさせる。
今日は年末の大掃除の日。役にたたないシンゾウは相手にされず、いじけてゴミに埋もれて漫画を読んでいたが寝てしまう。やがてゴミの回収が来てシンゾウの姿は見えなくなってしまう。その行方は果たして?
パパは連日お酒の飲みすぎで、きまって二日酔い。なんとかパパがお酒を嫌いになるように、ハットリくん、シンゾウ、獅子丸はあらゆる手を使う。パパは大好きなお酒を飲まずにいられるのか。
ハワイ旅行が当たる宝くじの当選券を拾ったケン一。パパとママはすっかりその気でハワイに行けると大喜び。しかし実は、ハワイの当選券はケムマキのいたずらの仕業だった。
朝起きるとあたり一面雪景色。大喜びのケン一達は雪遊びを楽しんでいた。そこへやって来たケムマキはハットリくん達が作ったケンイチと夢子ちゃんの雪だるまを見つける。怒ったケムマキは雪だるまをこわし、雪を使って攻撃してきた。
ママがおやつに作ったチーズケーキをネズミが食べてしまうが、気づかないママはケン一達が食べたと勘違いしてしまう。いたずらを繰り返すネズミをつかまえようとするがなかなかつかまらない。そこでハットリくんが秘策を思いつく。
スキーが苦手なケン一はスキー教室にむけて、近所の砂山でハットリくんと特訓を開始する。なんとかすべれるようになったケン一だが、ケムマキと影千代がうまくすべれないようにスキー場で邪魔をする。
ケン一はおこづかい節約のために本屋で立ち読みをしようとする。しかし、本屋のこわいおじさんに叱られてなかなか読むことが出来ない。なんとかハットリくんの手助けで本を読むことが出来たケン一だが、おこづかいがたまると思いがけない行動に出る。
夢子ちゃんに気に入られたいケン一とケムマキ。ケン一は早速、近所で評判の床屋に行くが、店主がいない間にケムマキが店に来る。床屋に変装したケン一がケムマキの髪を切るのだが…。
大きな水たまりを渡り、夢子ちゃんにいいところを見せようとしたケン一だが、足の長さが足りず失敗してしまう。どうしても足を長くしたいケン一は、シンゾウと獅子丸の協力で様々な方法を試す。
夢子ちゃんとのデートに出かけようとするケン一だがママに買い物を頼まれる。ハットリくんの忍法「こころがわり」でママの気を変えひと安心。しかし、調子にのって忍法で使う煙玉を自分の都合のいいようにばかりケン一は使ってしまう。
クリスマスにサンタクロースがプレゼントを運んでくれると信じるシンゾウ。サンタがプレゼントを持ってくるのを見張り、来年のプレゼントをお願いしようとサンタを捕まえようとするのだが…。
家族みんなでお出かけの日に留守番を頼まれた獅子丸。そこにあらわれた泥棒を見事に捕まえた。すっかり有名になった獅子丸に主人のケン一は鼻が高い。それを知った影千代は主人のケムマキのために手柄をあげようとするが空回りばかりで…。
ハットリくんから習った金縛りの術に挑戦するシンゾウ。しかし、なかなかうまく使うことが出来ない。それをケムマキに馬鹿にされたシンゾウは、自転車に乗ったケン一にも金縛りの術をかけるが、これが成功してしまう。
ママのお茶会に招待されたケムマキは、ママがいない隙に大切にしていた茶碗を割ってしまう。そこでケン一が割ったことのように仕向け、ケン一がママに怒られてしまう。ハットリくんはケムマキに白状させることが出来るのか。
餅つき大会でママは大切な結婚指輪をなくしてしまう。配られた鏡餅の中に入っていると思ったケン一達は町中の餅を回収するが見つからない。はたして無事にママの結婚指輪は見つかるのか?
夢子ちゃんにラブレターを書いたケン一だが、影千代に奪われてしまう。それをめちゃくちゃな内容に書き直したケムマキは、ポストに出してしまう。ケン一とハットリくんはラブレターを無事に取り返すことが出来るのか?
無線ラジコン飛行機でいたずらをされたハットリくん達。犯人を突き止めるが、その子が足を怪我をしていてお正月なのに外で遊べないことを知る。凧上げがしたいその子のためにハットリくんがとった方法とは?
初夢で三ツ葉城の若殿になったケン一。いやいや結婚をさせられようとする夢子ちゃん扮する町娘をハットリくんと共にケムマキから助け出す。はたしてケン一と夢子ちゃんは無事に結ばれるのか。
お客がたくさん訪れるお正月。ケン一の家にパパの会社の社長親子がやってきた。社長の子供と一緒に遊ぶケン一だが、社長の子供はわがまま放題。見かねたハットリくんがさからうのだが…。
ある日、ケン一の家に捨て猫がやってきた。ハットリくん達は子猫の親を探すがまったく見つからずに困っていたところ、思いがけず子猫は影千代にすっかりなついてしまう。影千代は育ての親になることを決意するのだが、そこに本物の飼い主があらわれた。
夢子ちゃんとアイススケートに出かけたケムマキ。おもしろくないケン一はスケートの特訓をするがうまくすべれない。どうしても夢子ちゃんと一緒にすべりたいケン一は、ハットリくんの力を借りていいところを見せようとするが…。
パパから結婚式で着るモーニングを会社に持ってきてほしいと連絡があった。その伝言をママに伝えるためにスーパーへ向かうシンゾウ。途中、ケムマキが嘘を伝えようと伝言を引き継ぐのだが、はたして無事、パパにモーニングは届くのか?
学校の席替えで夢子ちゃんの隣ではなくなり、落ちこむケン一。だが、実は先生がサイコロで決めたことがわかり、もう一度席替えを行うことになった。夢子ちゃんの隣をめぐってケムマキとの席とり合戦がはじまる。
学級新聞にのせるスポンサーとして、無料でケーキ屋さんから新作をもらったケムマキ。ケン一は負けじとせんべい屋にスポンサーの話をもちかけ、無料でもらうのだが、スポンサーの話はケムマキの作り話だった。
家の中ではだらしなくてママに怒られてばかりのパパ。そんなパパをケン一は馬鹿にしているが、パパの男らしいところを見せたいハットリくんは、休日に一人で外出するパパをケン一とこっそりつけることにする。
忍法の腕をあげてハットリくんを見返したいシンゾウは、甲賀流の影千代に弟子入りする。伊賀の忍者が甲賀に教わることは掟破りだとハットリくんはしかるのだが、みんなに古くさいと逆に怒られてしまう。
みんなにいいところを見せようと強がり、寒中水泳大会に出ることになったケン一。ハットリくんの協力で順調に泳いでいたが、ケムマキの指示で影千代が水の中から邪魔をしてきた。ケン一は無事に泳ぎきることが出来るのか?
パパからたき火の見張りを頼まれたケン一。しかし、そこへ夢子ちゃんが来て、たき火をほったらかして遊びに出てしまう。すっかり忘れて遊んでいたケン一は家から大きな煙が出ていることに気づき、あわてて家に帰るのだが…。
夢子ちゃんの家で遊んでいたケン一はおじいちゃんが大事にしている、たぬきの置き物をこわしてしまう。困ったケン一達は置き物を直すまで、獅子丸を置き物に似せてごまかすことにした。
学校の父兄参観日。成績が悪いケン一はパパにどうしても来てほしくない。そこでハットリくんに変わり身の術でパパに成り代わってもらうのだが、それを知ったケムマキが本当のパパに父兄参観日のことを教えてしまう。
今日はパパとママがお出かけの日。留守番していたケン一達のところに、突然、知らないおじいさんが家に上がりこんできた。おじいさんは家じゅうの食べ物を食べ尽くすなど好き放題。いったいこのおじいさんの正体は?
家のお風呂がこわれてお風呂屋さんに行く夢子ちゃん。ケン一達もみんなでお風呂屋さんに行くことにするのだが、ケムマキと影千代も来て大騒ぎに。さらに夢子ちゃんがいる女風呂をのぞこうとするケムマキ達をハットリくんは止めようとして…。
トランシーバーを使ってシンゾウと獅子丸に買い物を頼んだケン一。途中、獅子丸はちくわにつられてケムマキにトランシーバーを渡してしまった。ケムマキは嘘を伝えて、こわい犬がいる家にケン一をおびきだす。
寒いのがキライなケン一は体育の授業をずる休みしていた。ケムマキは保健室で夢子ちゃんと遊ぶケン一をこらしめようと医者に変装するのだが、そこに本物の医者があらわれて…。
パパとママの留守中にケン一達は忍者ごっこで大騒ぎ。調子にのってパパとママの大事なものをこわしてしまう。怒られるのが嫌なケン一はハットリくんの忍法でおたがい入れかわり、ケン一になったハットリくんが怒られるのだが…。
ボールに化けた獅子丸で遊んでいたケン一達だが、ボールを飛ばしすぎて、こわいおじいさんの家のガラスを割ってしまう。怒ったおじいさんはボールを取り上げてしまった。ハットリくんは獅子丸を取り返すためにおじいさんの家に向かう。
パパは大好きなタバコをやめることを決めた。節約したタバコ代で寿司をくいたいケン一達は誘惑に負けそうになるパパをなんとか食い止めようとするのだが、はたしてパパの禁煙は無事に成功するのか?
おいしいステーキを食べるため、三葉家はみんなで協力して暖房費を節約することに。凍えながらもステーキのために必死に寒さをこらえ生活するケン一達。そしてようやく、念願のステーキを食べられることになったのだが…。
ママからケーキのおつかいを頼まれたシンゾウは、途中でお金を落としてしまった。困っていると、そこへ見知らぬやさしいお姉さんがあらわれ、シンゾウの代わりにケーキ屋さんでお金を払ってくれた。しかしお礼を言う間もなく、名前も聞けないままお姉さんは帰ってしまうのであった。
宿題の粘土細工を提出直前にケムマキに壊されてしまったケン一。それを知ったハットリくんは、先生に変装してその作品が素晴らしいものだともちあげることに。ハットリくんの変装だとは気付かずすっかり得意げになったケムマキは、次々と他の生徒の作品にも手をつけていくのだが、そこに本当の先生が現れて…。
結婚式でスピーチを頼まれたパパは、人前で話すのが苦手なため困りはてていた。そこでケン一達は、スピーチの内容をあらかじめカセットテープに吹きこみ、当日はそのテープを流してパパには口パクで合わせてもらうことにした。迎えた当日、準備万端で臨んだパパだがテープを再生する役目の獅子丸が料理に気を取られてしまい…。
いじめっ子に追われている夢子ちゃんを助けようとしたケムマキだったが、夢子ちゃんに忍者だとバレることを避けて逃げ出してしまい、夢子ちゃんに嫌われてしまう。話を聞いたハットリくんは、同じ忍者としてそんなケムマキを哀れに思い、ケムマキに変装し夢子ちゃんの前で名誉挽回を試みることにする。
今日は楽しみにしていた節分の日。仕事の入ってしまったパパに代わって、ケン一達はくじ引きで鬼役を決めることに。獅子丸が鬼に決まるものの、パパでないこともありいまいち盛り上がりに欠けてしまう。そこで、ハットリくんがパパに変身して鬼を引き受けることにする。
家の軒下にツバメちゃんが巣を作りやすいよう巣台を作ったケン一達。すると、見事にツバメちゃんが巣を作りひな鳥達も元気に育っていった。そのツバメちゃんの巣を見て羨ましがる夢子ちゃんにいい所を見せようと、ケムマキがケン一達のツバメちゃんの巣を盗み、夢子ちゃんの家へと持って行ってしまう。
日曜日なのに家で仕事に頭を抱えているパパを見て、シンゾウは善意から獅子丸とともに仕事の書類を捨ててしまう。パパが慌てるのを見て事の重大さに気付いたシンゾウらは、急いで捨てた場所へ戻るものの、書類はすっかり無くなってしまっていた。はたしてパパの書類はどこへいったのか？
映画館にやってきたケン一達だったが、シンゾウと獅子丸は館内ではしゃいでやりたい放題。そのせいで、ケン一達はまったく映画を楽しむことができなくなってしまう。シンゾウに呆れながら帰り道を歩いていると、夢子ちゃんがやってきてシンゾウを映画に誘いたいと言い出す。
ケムマキは様々な知識を披露して夢子ちゃんに褒められた事で気を良くし、今度は調子に乗って獅子丸が持っていた骨をマンモスの骨だと嘘をついた。そんなケムマキをこらしめようと、ハットリくんは歴史学者に変装し「マンモスの残りの骨を掘り出した人が第一発見者として歴史に名を残せる」と伝えると、ケムマキは実在するはずのないマンモスの骨を求めて必死に掘り始める。
ケムマキの勧めで神社にお参りした夢子ちゃんは、その後本当に願いが叶いすっかり神様がいることを信じてしまう。一方、夢子ちゃんから話を聞いたケン一も同じようにお参りをするが、逆に災難ばかり続いてしまう。そこで調査に乗り出したハットリくんは、どうやらケムマキが絡んでいることを突き止める。
おもちゃ屋さんの前で風船を貰ったシンゾウと獅子丸。影千代も貰おうとするがちょうど終わってしまい、貰えず悔しい影千代は獅子丸の風船を割り、シンゾウの風船も割ろうと邪魔をする。残った1つの風船もどこかへ飛んで行ってしまい、シンゾウは獅子丸は必死に追いかけるが…。
ひな祭りに夢子ちゃんの家にお呼ばれしたケン一達。夢子ちゃんから今晩のご馳走の話を聞いて、夕食まで我慢できないケン一達は、遊んでいる最中こっそりと様子を見に行くのだが、ちょっとした拍子に飾ってあるひな人形を壊してしまう。ハットリくん立会いのもと、犯人探しが始まるのだが…。
獅子丸のいびきがうるさくて眠れないケン一達は毎晩頭を悩ませていたが、当本人の獅子丸は何食わぬ顔をしていた。そこでハットリくんは、どれ程自分のいびきがうるさいかを聞かせるため、忍法「こだま返し」で獅子丸に教訓を与える事にした。
ケムマキからアルバイトを紹介されたケン一は、またしてもケムマキにまんまとひっかかり、気付けば近所の飼いブタ・ヒトミちゃんの世話をすることになってしまう。ヒトミちゃんの遊び相手になったケン一はもうヘトヘト。そこへ様子を見にケムマキがやってくる。
うさぎ当番の夢子ちゃんの手伝いをしようとしたケン一は、うっかりうさぎを飼育小屋から逃がしてしまう。困ったケン一は、獅子丸にうさぎに変装してもらいなんとか事態を収めようとするのだが…。
テストの前日、ケン一にラブレターが届いた。そこには、「明日のテストは私の答えを見てね」というカンニングを促す内容が書かれていたのでハットリくんは怪しむが、ケン一は夢子ちゃんからのラブレターだと勘違いして舞い上がってしまう。
夢子ちゃんから本を借りて大喜びのケン一。その日の帰り道、空き地で修業をしていたハットリくん達に誘われてケン一も参加している隙に、夢子ちゃんから借りた本を何者かに盗まれてしまった。責任を感じたハットリくんは、同じ本を見つけるために町じゅうの本屋を探し回っていたが、本を盗んだ犯人のケムマキが空き地に本が落ちていたと嘘をついて、夢子ちゃんに本を返してしまう。
ケン一は夢子ちゃんからバレンタインのチョコをもらえずひどく傷ついてしまう。なにか訳があると思ったハットリくんは、忍法「声うつし」を使ってこっそりと夢子ちゃんから話を聞き出す。影千代が絡んでいることを突き止めたハットリくんは、ケムマキのもとへと向かう。
最近、生徒たちが先生の言う事を聞かないため、馬鹿にされないようにわざと怖い表情をして笑わなくなってしまった。昔の先生に戻ってもらいたいケン一達は、あの手この手で先生を笑わそうとするのだが…。
夢子ちゃんから泣ける映画があると勧められたケン一はハットリくん達と観に行くことにする。久々の映画に大はしゃぎのシンゾウだったが、ケン一はシンゾウの「涙パワー」を懸念し、ハットリくんと協力してなんとかシンゾウを映画館に連れて行かずに済む方法を考える。
テレビで見たお花畑に憧れたシンゾウは、家の庭にお花畑を作ろうとするもママに止められてしまう。そこで、花を植えられそうな場所を探しに出掛けるのだが、やみくもに土を掘り返すシンゾウを見ていられないハットリくんは、空き地にシンゾウを誘導し花壇を作らせてあげることにする。
ハットリくんが忍法を教えてくれないことに不満なケン一。そこにケムマキから忍法を教えてあげると話をもちかけられる。ケムマキのいじわるとは知らずに偽の忍法修行をしたケン一は、自分にも忍法が使えるようになったと勘違いしてしまう。
町内の大福大喰い競争を明日に控え、ケン一とシンゾウは晩ご飯を抜いて準備万端。しかし夜に降った雨のせいで大会は中止だと思い込んだ二人は、昨夜からの空腹もあり朝ご飯を目一杯食べてしまう。ところがその後天気が回復し大会が開催されることになって困り果てる二人。代役を務めることになったハットリくんは、ケムマキと壮絶な大喰いバトルを繰り広げる。
町で迷子の男の子に出くわしたハットリくんは、その子の母親が見つかるまで面倒をみることに。公園で遊んでいるさなか、目を離した隙に男の子がいなくなってしまいハットリくんは大慌て。無事に男の子を探し出すことができるのか？
ケムマキが一輪車に乗れるのを見て、ケン一は自分なら一週間でできると意地を張ってしまう。一週間後に対決することになり、ケン一は猛練習を開始する。そして対決の日、はたしてケン一はケムマキとの一輪車対決に勝利することができるのか？
最近機嫌の悪いママは何かあるとすぐに怒りだす。そこでケン一達は、ママの機嫌を良くしようとパパに頼んでネックレスのプレゼントを贈ることに。ところが、ママは「安物なんかほしくない」とまたも怒ってしまう。それにカチンときたパパも怒って、ついには夫婦ゲンカに発展してしまい…。
ケムマキが夢子ちゃんに明けの明星の写真を自慢しているのを見て、ケン一も対抗意識を燃やす。しかし早起きが苦手なケン一は、ハットリくんに協力してもらうことに。ハットリくんの忍法「操り人形」によってなんとか明けの明星をカメラに収めていると、そこにケムマキが邪魔をしに現れる。
家族のみんなでお花見に行くことが決まり大喜びのケン一達。しかしあいにくの強風で桜は散ってしまう。このままではお花見ができなくなってしまうと嘆くケン一達のために、ハットリくんが一肌脱ぐことに。はたして、散ってしまった桜を再び元に戻す秘策とは？
ニンジンとトマトが大嫌いなケン一。ハットリくんは好き嫌いがなくなるよう忍法を使ってなんとかしようと試みるが、まったく効果がない。そこで、最後の手段として夢子ちゃんにニンジンとトマトのミックスジュースを作ってもらうことにした。
甲賀に住む叔父さんの所へ行く事になったケムマキに、叔父さんが猫嫌いだからという理由で置いて行かれてしまった影千代。ひとりぼっちで寂しい影千代は、ケン一の家に居着くがイタズラばかり。そこでハットリくんは、影千代を人質にとったというニセの手紙をケムマキに送ることにした。
学校でいつも掃除をさぼっているケン一は先生から生活態度の悪さを注意され、家庭訪問でママに報告されることになってしまった。ママに怒られたくないケン一は、ハットリくん達に頼み家庭訪問に来た先生を追い返そうとするのだが…。
イカダを作ったと自慢気なケムマキに対し、負けじとケン一もイカダを作ろうとするが肝心の材木がない。そこでハットリくんは代わりに空きカンで作ることを提案し、シンゾウらと協力して、町に落ちている空きカンを拾い集めてイカダを作ることにする。
またしても宿題をやり忘れてしまったケン一。それを見かねたハットリくんは、忍法「速書き」で漢字書き取りの宿題提出をなんとか間に合わせる。これに味をしめたケン一は、ハットリくんに再び出された書き取りの宿題を押し付けようとする。困ったハットリくんは、ケン一に速書きができるよう暗示をかける。
ひょんなことから迷子子ブタに懐かれてしまった獅子丸は、仕方なく子ブタの世話をすることに。一方、ハットリくん達は忍法「こだま散らし」で子ブタの母親を探すことにする。そして見つかった母親ブタは獅子丸にそっくりで…。
今日は少年非行化防止デー。一日署長を務めることになって上機嫌のケン一は、スピーチも冴えわたる。しかし、近所に泥棒が潜んでいるという通報で、式典は中止に。肩を落とすケン一だったが、ハットリくんの提案でみんなで泥棒を捕まえることになる。
ケン一と宮本武蔵の映画を観に行ったハットリくんは、感動から自らも剣豪小説を書いてみようと思い立つ。屋根裏部屋にこもりひたすら思いを巡らすハットリくん。するとそこに、話を聞きつけたケムマキが小説を盗んでやろうといたずらを仕掛ける。
「ジャンボラーメンを5分以内に食べきれば無料」というラーメン屋さんに挑戦したケン一とシンゾウ。想像以上に量が多く、食べきれなかった二人はお金を持っていなかったため、出前のアルバイトをすることになってしまう。
宇宙博覧会にやってきたケン一達だったが、どこもものすごい人だかりのため、ひとまずお昼ご飯を食べることに。シンゾウの分のハンバーガーをふいに隠してしまったケン一はばれないように振舞うが、その後訪れた無重力実験コーナーで、隠していたハンバーガーがうっかり飛び出してしまう。
学校のマラソン中、喉が渇き、公園の水飲み場で水を飲もうとしたケン一は、ケムマキのいじわるによって水飲み場の蛇口を壊してしまい水が止まらなくなってしまった。水道工事屋さんが到着するまで、先生や生徒達と溢れる水を飲んで待っていることにしたのだが…。
女子生徒の間でブロマイド写真をお守り代わりに持つことが流行っていた。そこでケン一は、自分のブロマイド写真を夢子ちゃんに渡そうと写真を撮るが、ケムマキに邪魔ばかりされてしまう。そんなケムマキにケン一は仕返しを企てるが…。
獅子丸がみんなのお昼ご飯を食べてしまったため、遊びに来た夢子ちゃんがスパゲティを作ってくれることになり大喜びのケン一だったが、それを聞きつけたケムマキに邪魔をされてしまう。ケン一はハットリくんに頼んで、なんとか追い返そうとするが…。
流れ星に願いをかけるシンゾウと獅子丸をケン一は馬鹿にしていたが、なんと願い事が叶った。翌日、夢子ちゃんが風邪で学校を休んでいたため、ケン一は「夢子ちゃんの風邪が治りますように」と流れ星にお願いをする。
パパとママがケンカをしてしまった。なんとかしたいケン一はハットリくんに相談をもちかける。忍法「変わり身」でパパに変身したハットリくんは、食事の支度をしているママのもとに仲直りしに行くが、そこに本物のパパが帰ってきてしまい、かえって二人を険悪にしてしまう。
ジョギングを始めると意気込んでいたパパだったが、せっかく早起きして始めたのも束の間、すぐに諦めてしまう。なんとかジョギングを続けさせるため、ハットリくんは泥棒に変装してパパの前に現れ、追いかけさせることにするのだった。
ママが小説家を目指すということで、家族みんなで応援することに。しかし上手く書けず早くも煮詰まってしまうママを見て、ハットリくんは忍法「ひらひらひらめき」を使って手助けをする。そしてようやく小説が完成し、みんなで読むことになるが…。
シンゾウと獅子丸に夢子ちゃんを好きなことをからかわれたケン一は、つい反動で夢子ちゃんなんか大嫌いだと嘘をついてしまう。真に受けたシンゾウらは夢子ちゃんにそのことを伝えてしまい、ケン一は夢子ちゃんに嫌われてしまう。見かねたハットリくんは二人を仲直りさせる場を用意するのだが…。
サーカスに出掛けたケン一、シンゾウ、獅子丸だったが、獅子丸だけ入場を断られてしまった。なんとか会場に潜り込んだ獅子丸は、ひょんなことからサーカスの人気者に。噂を聞きつけ面白くないケムマキは、影千代とともにサーカスに潜入し、獅子丸をスターの座から降ろそうとする。
野球でケムマキに負けてばかりのケン一は、勝つためにハットリくんとチームを組んで試合を申し込む。ケムマキに対し苦戦するケン一をよそに、ハットリくんは大活躍を見せる。しかしあまりにも夢中になりすぎたハットリくんは、チームでプレーしていることをすっかり忘れてしまうのだった。
夢子ちゃんが校庭できれいな蝶々を見たとみんなに話していると、蝶々が大好きな小池先生は大興奮！ある日、夢子ちゃんが見たものと同じ蝶を発見したケン一達は捕まえようと、先生やケムマキと一緒に蝶を追いかけるが…。
お腹をすかせたケン一達のために、ハットリくんがお寿司をご馳走してくれることになった。ところが、お寿司屋さんがお休みでみんなはがっかり。そこでハットリくんは、忍者特製ののり巻き「ニンニン寿司」を作ることにしたのだが…。
ヘビを恐がるシンゾウに修行が足りないと言うハットリくんを見て、ケン一はそれならばとカエルを使ってハットリくんにいたずらすることにする。いたずらを受けてまだまだ修行が足りないと感じたハットリくんは、カエル嫌いを克服するためさらに修行をするが、そこに再びケン一がいたずらしようとやってくる。
今日はエイプリルフール。ケムマキに易々とだまされて不機嫌なケン一は、お巡りさんの勘違いで道端に落ちている空き缶を拾い集めるよう言いつけられてしまう。そこでケン一は、「空き缶を集めて公園に持っていくとお菓子がもらえる」という嘘を思いつくのだが、その噂は瞬く間に町中に広がっていって…。
ケン一が撮影した沼の写真に、偶然大きな魚の影が写っていた。そこで、ハットリくんや夢子ちゃん達と巨大魚を捕獲しに行くことにした。早速、捕獲を試みるが魚はなかなか姿をあらわさない。とうとう夕方になってしまい、みんなが諦めかけたその時…。
公園に捨てられている子犬を見つけたケン一達は、ママに内緒で飼うことにする。小獅子丸と名付けかわいがっていた矢先、ママに見つかり困り果てるケン一達。その様子を気の毒に思ったハットリくんは、忍法を使って小獅子丸を家に置いておける手助けをする。
天気予報が偶然あたった獅子丸は、天気を予知できる犬としてみんなからチヤホヤされていた。そんな獅子丸に恥をかかせようとケムマキは、獅子丸に地震の予知能力もあると嘘を広めてしまう。
公園で相撲をとっていたケン一とケムマキ。ケムマキに一度も勝てず悔しいケン一は、太れば勝てると思い、夕飯にちゃんこ鍋を食べてお相撲さんのようになろうとする。再び、ケムマキと相撲を取ることになり、今度こそ勝とうとするケン一だが…。
獅子丸が道を歩いていると、ひょんなことから骨付き肉を盗んだ泥棒犬に間違われてしまう。ハットリくんは真犯人を見つけるべく、骨付き肉を持ったケン一をおとりにして後をつけることに。そして再び泥棒犬が現れたところを捕まえてみると、それはなんと近所の飼い犬のジョンであった。
夜中に騒ぎまわる暴走族のせいでケン一達はここのところ寝不足状態。そこでケン一はハットリくんに暴走族をこらしめてもらうようお願いする。そこでハットリくんはシンゾウ、獅子丸と協力して暴走族退治に乗り出す。
テレビが大好きなケン一とシンゾウは、お互いの観たいチャンネルでいつもケンカばかり。あきれたパパは、テレビを禁止にしてハットリくんに監視をさせることに。それでも目を盗んではテレビを観ようとするケン一達に、ハットリくんは忍法でこらしめようとする。
ケン一は食事も忘れて、借りてきたコンピューターゲームに夢中になっていた。怒ったパパが呼びに行くと、なんとパパも一緒にゲームを始めてしまう。すっかりあきれてしまうママだが、やっとゲームから離れ、ケン一達が外で竹馬に挑戦していると今度は…。
どうにも獅子丸の様子がおかしいと感じたハットリくん。どうやらメリーという犬に恋をしてしまったようだったが、そんな獅子丸の頑張りも空しく振られてしまう。傷心の獅子丸を元気づけるため、ハットリくんは一肌脱ぐことにする。
暗闇で驚く仕掛けが満載のアトラクション、ドッキリハウスに夢子ちゃんを誘うケムマキ。それを見たケン一は、暗闇が苦手なくせに自分も行くと言い出してしまう。そこでハットリくんから、忍法「猫眼鏡」を教えてもらうが、実はケン一に自信を持たせるための嘘なのだった。
ここ一週間毎日学校に遅刻しているケン一は、先生から次回遅刻したら校庭十周するよう言い渡されてしまう。そこで遅刻せずに済む方法を考えたケン一は、徹夜で起きていることに。ハットリくん達の協力もありなんとか遅刻せずに済んだケン一だったが、授業中に眠ってしまい結局先生に叱られてしまうのだった。
些細なことからパパとママが夫婦ゲンカをしてしまい、そのせいでケン一達もなんとも気まずい雰囲気に。二人に仲直りしてほしいケン一達は、あの手この手を尽くしてみるが二人の仲はなかなか元に戻らない。そこでケン一は、思い切って家出することを思いつくが…。
ケーキ屋さんのご主人から店番を頼まれたケン一達。店番中、作りかけのデコレーションケーキを誤って獅子丸が食べてしまったことに慌てたケン一達は、代わりに獅子丸をケーキに変装させることでその場をしのぐことに。そんな中、帰ってきたご主人は何も知らずに獅子丸ケーキを仕上げ、配達に行ってしまう。
ある日、ハットリくんの幼馴染で伊賀流女忍者の「ツバメちゃん」がやって来た。ハットリくんを慕い将来の許嫁を名乗るツバメちゃんだが、すっかりお嫁さん気取りで積極的に尽くしてくるため、ハットリくんは戸惑ってしまう。そんなツバメちゃんは、三葉家に居候をしようとしていた。
ケン一は、勝手に居候しているツバメちゃんに毎朝無理矢理起こされ、ツバメちゃんを煙たがっていた。ある日、買い物を頼まれたツバメちゃんの邪魔をして追い出そうとするが、邪魔者扱いをされている事に気づいたツバメちゃんは手紙を残して突然いなくなってしまう。
食いしん坊の獅子丸は、忍法「大食い」で家にあるほとんどの食料を食べてしまう。案の定お腹を壊してしまった獅子丸に、ハットリくんは三日間の絶食を約束させる。しかし獅子丸が約束を守り通せるか心配なハットリくんは、仕掛けを作り獅子丸を監視することにする。
誕生日に８ミリカメラをもらったケン一は大喜び。早速カメラを使って自分が主演の忍者映画を作ることにする。しかし忍者の動きを到底真似できないケン一は、主役をハットリくんに変更して撮影を続けるのだが、ハットリくんはカメラを意識しすぎて上手く立ち振る舞えなくなってしまう。
パパのために新聞配達を始めることにしたケン一。そんなケン一の親孝行ぶりに感心したハットリくん達は喜んで協力をする。夢子ちゃんにも応援されますます張りきるケン一に対し、その様子を面白く思わないケムマキは、影千代と共に邪魔をしてやろうと企む。
家族みんなでドライブに出掛けた三葉家。ところが、渋滞に巻き込まれたり、タイヤがパンクしたりで災難続き。ハットリくんが機転をきかせ、トラブルを切り抜けていたが、ついには山道でエンジンが故障してしまう。お腹も空いて途方に暮れていたところ、ハットリくんがどこからともなくおにぎりを持ってくる。
道端で千円を拾ったケン一は、交番に届けずに欲しかったプラモデルを買ってしまう。その帰り道、千円を拾った場所に戻ると、お金を落としたという夢子ちゃんが泣いていた。拾ったお金を使ってしまったとは言えないケン一は…。
将来の夢についての作文を宿題に出されたケン一は、夢が思い浮かばず悩んでいた。パイロットになる自分を妄想してみるが散々な結果に。そこで家族みんなに将来の夢について相談し、その夜、ケン一は真剣に作文を書き始める。その姿を見てハットリくんは、翌日、作文の発表を聞きに学校へ行ってみるが、その内容はとんでもないもので…。
子供の遊びに飽きてしまったケン一は、ハットリくんに一日だけ大人になってみたいとお願いをする。ハットリくんに協力してもらい、パパの服を借り変装をしたケン一はこっそりと家を抜け出し、町に出て大人の遊び場を覗いてみる。
ママにおこづかいの値上げをしてもらおうとあの手この手で交渉するケン一だが、なかなか上げてもらえない。諦めきれないケン一は買い物へ出掛けたママのへそくりを探していると、そこへ財布を忘れたママが家に戻ってきてしまい…。
パパのへそくりが入った雑誌をちり紙交換に出してしまったケン一。急いで近所を探してみるものの、目当てのちり紙交換車をなかなか見つけることができない。そんな時、「車輪見え薬」を完成させたハットリくんが駆けつけ、その見え薬を使ってちり紙交換車の車輪の跡を追うことにする。
ハットリくんのもとにまたしてもツバメちゃんがやってくる。どうしてもツバメちゃんのことが苦手なハットリくんは、ケン一に任せて隠れることに。一方、ハットリくんの居場所が知りたいツバメちゃんはケン一の後に付いて回る。ところが不運にも、一緒にいるところを夢子ちゃんに見られたケン一は、すっかり誤解されてしまう。
雷の影響で停電になってしまった三葉家。電気が使えず、宿題やお手伝いをやらなくて済むとケン一やシンゾウは大喜びしていた。そこでハットリくんはろうそくを家じゅうに配置し、停電対策をとるが…。
夢子ちゃんのピアノ発表会のために張り切るケン一は、発表会当日に花束を渡すことにする。本番の日を迎え、演奏前の夢子ちゃんに花束を渡そうとした矢先、ケムマキがケン一へのいたずらのつもりで仕込んだハチが夢子ちゃんの手を刺してしまう。怪我をしてしまい肩を落とす夢子ちゃんに対し、ハットリくんはある策を思いつくのだった。
ハットリくんの人気が気に食わないケムマキは、ハットリくんに変装して悪さをすることで、ハットリくんの評判を落とすことに。町のあちこちで悪さをしているのが実はケムマキであるとは気付かない人々は、何も知らないハットリくんを捕まえて木に吊るし上げてしまう。
ケン一は、いつも見ているテレビのクイズ番組に出場することになった。あがり症のケン一はハットリくんに一緒に来てもらおうとするが、スタジオには本人しか入ることが出来ない。そこで、ハットリくんは忍法「虫変化」でキリギリスに変身してついて行く事にするのだが…。
隣町のお城のような家に住む小説家から、ハットリくんにとある招待状が届いた。小説家は忍者を題材にした本を書くため、屋敷じゅうに仕掛けを施し、それに対してどんな行動をとるのか観察しようとしていた。そうとは知らずにハットリくん達が屋敷の中に入っていくと…。
ケン一達はケムマキ、夢子ちゃんを誘って田舎のおばあちゃんの家に遊びに行く。おばあちゃんのために田植えを手伝うことになったケン一は、ケムマキにそそのかされどちらが早く田植えができるか競争することに。順調に田植えを進めるケン一だったが、ケムマキがそれを見過ごすはずもなく…。
夢子ちゃんをケムマキに取られたくないケン一は、ハットリくんに協力してもらい告白の練習をする。しかし、いざ夢子ちゃんを目の前にするとケン一はあがっていまい、全く練習通りに話をすることができない。そこでハットリくんが忍法「声うつし」を使って手助けをしようとしたのだが…。
学校の身体検査を恥ずかしがって受けたがらないケムマキ。何か秘密があるようだがケン一達には一切教えようとしない。恥ずかしい理由は出ベソだからではないかと予想したケン一達は、ケムマキを銭湯に行かせるように仕向け、確認することにした。
シンゾウとおつかいに出ていた獅子丸は、行方不明犬の貼り紙を目にする。その矢先、獅子丸は何者かに連れ去られてしまい、シンゾウは慌ててハットリくんに助けを求める。一方で、倉庫に連れてこられた獅子丸は、そこで行方不明になっていた犬たちと出会う。
ポラロイドカメラを手に入れたケムマキにみっともない姿を撮られてしまったケン一。許せないケン一は、写真を取り返してほしいとハットリくんにお願いするも、なかなか動いてもらえない。そんな中、ケムマキは今度はハットリくんのみっともない写真を撮ってやろうと企んでいた。
歴史の本を読んでいたケン一は、学校も宿題もない原始時代を羨ましがる。ハットリくんは、原始時代は今より大変で皆必死で生きていた事を話すが、ケン一は納得しない。そこでハットリくんは忍法で、原始時代の厳しさを夢の中で体感させる事にした。
ロボットを作れると夢子ちゃんに見栄を張ってしまったケン一は、シンゾウの助けを借りてなんとか夢子ちゃんに動くロボットを見せる。しかしほっとしたのも束の間、夢子ちゃんにロボットを貸すことになりケン一は大慌て。さらに夢子ちゃんはロボットをケムマキにも見せると言い出して…。
夢子ちゃんにもらったチケットでプロ野球を観に行くことになったケン一とケムマキ。二人はお礼にホームランボールを持ってくると約束するが、あいにく試合ではホームランが出なかった。そこで、二人はニセのホームランボールを夢子ちゃんに渡すのだが…。
みんなで出掛けた神社のお祭り。ケン一は夢子ちゃんのために金魚すくいや輪投げで景品を取ろうとするが、ケムマキに邪魔をされてうまくいかない。見かねたハットリくんがケン一の助太刀をするのだが、夢中になってしまったハットリくんは我を忘れてしまい…。
夢子ちゃんに男らしいところを見せたいケン一だったが、近所のガキ大将を前に身体がすくんでしまい情けない結果になってしまう。そこで、ケン一は強くなるために柔道や空手の型を練習してみるものの、思うように動けず落ち込んでしまう。そんなケン一の身を案じたハットリくんは、ケン一が寝ている間に暗示をかけることにする。
ハットリくんの前に久々に現れたツバメちゃんは、修行の成果を見せると言って突然忍法「恋火花」をハットリくんにかけようとする。ハットリくんはとっさにはね返したものの、代わりにシンゾウに術がかかってしまう。さらに、ふとした拍子に今度はケン一が術にかかってしまい…。
小池先生からママに渡すようにと手紙を渡されたケン一。何か良くないことが書かれていると思ったケン一は、ママに手紙のことを隠しておこうとするものの、ケムマキのお節介でバレてしまう。手紙には、ママに学校に来てほしい旨が書いてあったようで、おそれたケン一はあの手この手でママが学校に行くのを阻止しようとする。
ハットリくんの修行の厳しさにすっかり自信をなくしてしまったシンゾウは、忍法修行を諦めて伊賀の里に帰ることにする。しかしその道中、忍法でピンチをうまく切り抜けたことでシンゾウは徐々に自信を取り戻していくのだが、実は裏でハットリくんがシンゾウに自信を付けさせようと手助けをしていたのだった。
小池先生がケン一の家でお見合いをすることになった。何も知らないケン一は、家にやって来る先生にてっきり怒られると思い、公園で先生を引き留めることにする。一方、ケン一に頼まれて先生に変装したハットリくんはお見合いをするはめになってしまい…。
泳げないケン一はシンゾウ達にバカにされ、今年こそは泳げるようになってみせると宣言！ そこでハットリくんに泳ぎの特訓をしてもらうが、いっこうに上達しない。ついには忍法「移し身」でカエルにしてもらい、泳げるようになったケン一だが…。
今日はママの誕生日。ケン一達は日頃の感謝を込めて、ママにゆっくり羽を伸ばしに行ってもらうことにする。その間、ママの代わりに家事をこなすことにしたケン一達は、改めてママの偉大さを痛感する。
ケムマキとお互いの持っているカエルを競争させて、負けたら夢子ちゃんと口をきかないというとんでもない約束をしたケン一。ケン一はハットリくんの忍法に頼って勝とうとするのだが、カエルが大の苦手なハットリくんはいつもの力が発揮できない。
西部劇牧場に遠足にきたケン一達。ケン一とケムマキはここでもお互いにいい所を見せようと張り合う。暴れ牛を華麗に乗りこなすケムマキに挑発され、ケン一も意地になって暴れ牛に乗るものの、またしてもケムマキの策略にまんまとはまってしまう。
趣味の日曜大工が失敗続きですっかり自信をなくしてしまったパパ。見かねたハットリくんはパパに自信を取り戻してもらおうと、パパが寝ている間に忍法を使い、壊れてしまった棚や椅子を直してあげることにする。
小池先生のお見合いが今度こそ成功ほしいと思うケン一達は、ハットリくんの忍法「声うつし」で先生が上手く喋れる手伝いをすることに。しかし緊張しいの先生は、それでもあがったままで、お見合い相手を前になかなか話題を広げることができない。そんな中、獅子丸の活躍で上手く距離を縮められたかと思われた先生だったが…。
今日は父の日だというのに誰にも相手にされず、ふてくされたパパは家を飛び出してしまう。夜になっても一向に帰る気配のないパパを心配したハットリくんは、焼き鳥屋さんに扮し、家に帰ろうとしないパパの話を聞いてあげることにする。
沼へやってきたケン一達が釣りを楽しんでいると、獅子丸がスッポンに尻尾を噛みつかれてしまう、皆でなんとかして引き離したのも束の間、次はシンゾウ、次はケン一と次々にスッポンに噛みつかれてしまうのであった。
指名手配中の犯人を逃がしてしまい自信をなくしてしまったお巡りさん。そこでハットリくんが一肌脱ぐことに。犯人に変装したハットリくんは、お巡りさんの前に現れ捕まえさせようとするのだが、どこまでも間抜けなお巡りさんはなかなか捕まえてくれず、ハットリくんも困ってしまう。
「大好きなミーコちゃんの婿になりたい」という影千代の夢を応援するべく、ケン一達は婿入りのための審査会に参加する。しかしその様子を快く思わないケムマキは、影千代を強引に失格にさせてしまう。落胆する影千代を見てあまりにも可哀想に思ったハットリくん達は、協力して影千代を再び審査会へと送り出す。
またしてもケン一はケムマキにそそのかされ、ハットリくんなら超高層ビルのゼブラホテルを登りきることができると宣言してしまう。ケン一の面目を立てるため、仕方なくゼブラホテルに挑戦することになったハットリくんは、ケムマキに邪魔されながらも果敢にビルのてっぺんを目指す。
ケン一と夢子ちゃんの仲を裂いてやりたいケムマキは、ケン一にインチキの貝占いをして「ケーキ難の相が出ている」と嘘をつく。ケムマキの策に引っかかりまんまと信じ込まされてしまったケン一は、夢子ちゃんお手製のケーキを見て怖がって逃げ出してしまう。
学校のバザーに出品したカッパの人形をケムマキに散々からかわれたケン一は、悔しくてハットリくんに仕返しの方法を相談する。そこでハットリくんは、家にあるものを使って仕掛け人形に作り直してケムマキを懲らしめることにしたのだが、ケムマキはその仕掛けをあっさり見破ってしまう。
伊賀流女忍者のツバメちゃんが再びハットリくんの元へやって来た。ハットリくんの気持ちを自分に向かせたいツバメちゃんは、ハットリくんが苦手なカエルを忍法で操り、強引に「ずっと一緒にいる」と約束させようとする。カエルが苦手なハットリくんは言いなりになってしまい…。
ケン一のクラスに転校生つむじまがりくんがやってきた。名前の通り、性格がひねくれてしまっているつむじまがりくんは誰とも打ち解けようとせず、早くも孤立してしまう。そんな中、つむじまがりくんの過去を知って気の毒に思ったケン一は、獅子丸に協力してもらい彼と仲良くなる作戦を決行することにする。
クラスで一日一善の課題を出されたケン一達。夢子ちゃんとケムマキは早速課題をクリアし、残されたケン一は焦ってしまう。気持ちが急いているケン一は、躍起になって人助けをしようとするが、どうにも空回りしてしまい肩を落とす。そうした中、夜中に不審者を見つけたケン一は、最後のチャンスだと意気込んで不審者撃退に向かうことにする。
近所の森林公園にザリガニ釣りにやってきたケン一達。釣り糸に餌を付けてザリガニがかかるのを待ってみるが、糸を切られてしまうために一向に釣れる気配がない。そこでハットリくんは、釣り糸を切れないピアノ線に替えての忍法「ザリガニ釣り」を披露する。
ハットリくんの無敵パワー「ニンニン馬力」の秘密を暴こうとするケムマキやケン一。食事に秘密があるとにらみ、ハットリくんにいろんなものを食べさせ、ニンジンを食べてパワーが倍増したのを見ると、ケムマキは町じゅうのニンジンを買い占めて食べ始めるのだった。
時間の正確なデジタル時計をケムマキに自慢されたケン一は、負けじと時間に正確であることをアピールするために規則正しい生活を送ってやろうと意気込む。しかしかえって時間に振り回されてしまうことになったケン一は、ハットリくんに相談して時間に振り回されずに済む秘策を教えてもらうことにする。
夢の中で雷小僧から「ヘソパワー」の出し方を教えてもらったというシンゾウ。偶然、「ヘソパワー！」と叫ぶと同時に勝手にドアが開き、すっかりシンゾウはその気になってしまう。そんなある日、ケムマキの投げる魔球をヘソで打ち返すと豪語したシンゾウだったが…。
公園で遊んでいたケン一達は、口うるさいおばあちゃんに目をつけられてしまう。おばあちゃんはやたら強気で、事あるごとに振り回されっぱなしのケン一達。その上、ハットリくんが忍者だとわかると、自分が稽古をつけてやると言い出して…。
ケン玉を自在に操るケムマキに対抗したいケン一は、自らもケン玉を始めてみるものの全く技が決まらず、すぐに飽きてしまう。そこでハットリくんは、夢子ちゃんに変装してケン玉を披露することで、ケン一にやる気を出させることにする。
夢子ちゃんと星の観察をしたいケン一は、町の福引の景品に天体望遠鏡があるのを知り、張り切って福引に挑むも外してしまう。その後、ケムマキが福引を当ててみせると夢子ちゃんに豪語しているのを聞いたケン一達は、きっと何か裏があるに違いないと思い、急いで福引会場に様子を見に行くことにする。
何でもお見通しのママ。ケン一の答案用紙の隠し場所や、パパが休みの日にこっそり麻雀に行くことを言い当てるのだ。それに驚いたケン一とシンゾウは、ママが甲賀流の忍者ではないかと疑い始める。そこで二人はハットリくんに頼みママの本当の正体を探ってもらうのだが…。
動物園のゴリラがノイローゼになっていると知ったケン一達は、何とかしてあげたいと思い動物園へ向かう。忍法「獣言葉」を使って、檻の外に出たいというゴリラの気持ちを聞き出したハットリくんは、忍法「替え玉」作戦で、ゴリラを外に連れ出してあげることにする。
道端で倒れているお相撲さんを助けてあげたハットリくん達。話を聞くと、稽古についていけず逃げ出してきてしまったのだという。そこでハットリくん達は、お相撲さんに体力をつけてあげるべく、忍者仕込みの体力トレーニングを指導する。
テレビで探偵ドラマを見ていた獅子丸は、名探偵の活躍っぷりに大興奮。寝る時間になっても探偵への憧れが冷めない獅子丸は、気付けば夢の中で探偵獅子丸に。名探偵として、町の事件解決に奔走するのだった。
プロ野球を写真に収めてサインボールを貰おうという企画を知ったケン一は、自身の写真の腕前を見せるチャンスが来たことにおおはしゃぎ。ハットリくん達を連れて急いで球場へと足を運ぶ。なんとしても素晴らしい写真が撮りたいケン一は、ハットリくんにお願いして、あの手この手でシャッターチャンスを狙っていく。
ママの花嫁衣装を着た夢子ちゃんとケン一の仲睦まじい様子を目撃した影千代は、二人が結婚するのだと思い込み、急いでケムマキに知らせに行く。ショックを受けたケムマキは、ケン一と夢子ちゃんを仲違いさせようといたずらを仕掛けるが…。
夢子ちゃん家に遊びに来たケン一達は、軒先で飼われている九官鳥の賢さに感心する。そんな中、皆が家に入った後も九官鳥と戯れていた獅子丸は、ふとした拍子に九官鳥を檻から逃がしてしまう。ハットリくんのおかげで、なんとか無事に捕獲できるかと思われた矢先、ケムマキが邪魔に入る。
スイカ割りを海で楽しむケン一達。夢子ちゃんにいいところを見せたいケン一は、ハットリくんに忍法「見え見え」をかけてもらう。目隠しをしても心の眼でスイカが見えるはずなのだが、ケムマキの声に心を乱されてしまい…。
列車に乗ってハイキングに向かうケン一達。途中で用を足すために下車した獅子丸は、うっかり皆の乗っている列車に乗り損ねてしまう。どうにかして次の列車に乗り込んだ獅子丸だったが、今度は間違えて急行に乗ってしまい、またも目的の駅に降りることができなくなってしまう。
家にある鯛焼き器で鯛焼きを作ることにしたケン一。ハットリくんがこっそりと手助けをしたおかげで、ケン一はうまく鯛焼きができそうだと上機嫌に。すっかり自信をつけたケン一は夢子ちゃんにも食べてもらおうと呼びに行くことにする。しかしその最中、つまみ食いをしようとしたシンゾウと獅子丸が誤って材料をこぼしてしまい…。
家にある砂糖が日に日に減っていくのを不思議に思ったママは、家で犯人探しを始めるものの、なかなか犯人がわからずにいた。そんな時、ケン一が真犯人はアリであることを突き止める。そこで、ケン一はアリが砂糖に集まってこないようにする手段を考えることにする。
勉強嫌いのケン一を心配するママは、テレビで見た「勉強が好きになる」という催眠術をケン一に試すことにした。催眠術はまったく効果が無かったが、ママの気持ちを無駄にしたくないハットリくんが忍法「人操り」でケン一が勉強大好きになるよう暗示をかけるのだが…。
道端で泣いていた子供をあやしていたツバメちゃんだが、母親に誘拐犯と間違われてしまう。それを見ていたハットリくんは、忍法「心変わり」で母親の誤解を解きツバメちゃんのピンチを救った。すると、今まで以上にツバメちゃんから好意を寄せられてしまい…。
恐竜が大好きな四組のつよし君と仲良くなったケン一。学校に飾られているつよし君が作った恐竜の模型をシンゾウ達に見せるため、工作室に行くとなんと模型が壊されていた。そこへ偶然つよし君がやって来て、ケン一は犯人扱いされてしまう。
つい忍法を悪いことに使ってしまった影千代は、そのことをケムマキに見破られ、甲賀忍者の恥だとして破門されてしまう。途方に暮れていると、公園で遊ぶハットリくんたちがうらやましくなり、伊賀の仲間に入れてほしいと懇願する。一方、ケムマキは破門はやり過ぎてしまったと後悔していた。
代理の学級委員を選ぶ選挙でケムマキに勝利したケン一。初仕事は同じ学級委員の夢子ちゃんとクラス代表で公園の掃除。嫉妬したケムマキは夢子ちゃんとの間を邪魔しようと悪巧みをする。
急な雨のために駅で待ちぼうけしているパパを迎えに行ったハットリくんは、迎えに来てくれたお礼にと、近くの喫茶店でパパにご馳走してもらう。その話を聞いたケン一達は羨ましがり、早く次の雨の日が来ないかと心待ちにする。
買ってもらったヘリコプターのラジコンを自慢げに操縦するケン一。それを見たケムマキはリモコン装置を乗っ取ると、ケン一のラジコンを使って町じゅうでいたずらを開始する。何も出来ずにラジコンを追いかけていたケン一は、被害を受けた人達から次々に責められてしまう。
小説家・よらば先生の担当者が公園で溜め息をついていた。原稿を受け取りに行きたがらない理由を聞いて気の毒に思ったハットリくんは、代わりに原稿の受け取りを引き受けることにする。先生の屋敷の様々な仕掛けを乗り越え、ようやく原稿に辿り着いたと思われたハットリくんだったが…。
近頃のママはご近所のママさん友達と長電話するのが日課になっていた。電話の時間は日増しに長くなり、夕飯の時間になっても電話を続けていた。目に余ったケン一達は、ハットリくんの忍法でママにお灸をすえることにした。
忍法「恵比須顔」で見事に町中を笑顔にしていくハットリくん。その噂を聞いたケムマキは、ハットリくんの忍法を打ち破ってやろうと、苦手なカエルを仕込んでハットリくんの前に姿を見せる。果たして、この勝負の行方はいかに？
海で大きなカメを助けたシンゾウと獅子丸。浦島太郎のように竜宮城へ行けると思い、カメが迎えに来るのをずっと待っていた。ところが、カメはいっこうにあらわれず見かねたハットリくんがそのカメを見つけて忍法「亀言葉」で話をしてみると…。
富士山に登りたいケン一は、先生を付き添いにして夢子ちゃんやケムマキ、ハットリくん達と念願の登山を果たす。夢子ちゃんをおんぶしていい所を見せたいケン一とケムマキは、お互いに意地を張り合うのだが…。
影千代がみんなに誕生日を祝ってもらっているのを見た獅子丸は、自分の誕生日がいつかわからない事に気付いた。誕生日が知りたい獅子丸は、なんとかして誕生日を調べようとするがわからずじまい。そこでハットリくんは、生年月日が書かれた獅子丸家のニセ血統書を作成することにした。
家の庭で夢子ちゃんと花火をしていたケン一は、途中でケムマキに夢子ちゃんを横取りされてしまう。夢子ちゃんの気を引きたいケン一は、ハットリくん達に協力してもらい人間打ち上げ花火をするのだが、その様子を見ていたケムマキが負けじと自分も参加すると言い出して…。
夢子ちゃんにカブトムシをプレゼントしたいケン一は、神社の裏手の木に砂糖水を塗り、翌日カブトムシが集まるのを待つことにする。しかしケムマキに邪魔をされてしまい、思うように砂糖水を塗っておくことができない。そこでハットリくんは、木にちょっとした仕掛けを施すのだった。
三葉家のみんなでキャンプにやってきた。自信とは裏腹に、あまりキャンプには慣れていなさそうなパパの様子を見て、ハットリくん達はパパの威厳を保つためにこっそりと力を貸してあげることにする。
夏の真っ只中、家のエアコンが壊れてしまい三葉家のみんなは暑さで参ってしまっていた。そこで、少しでも暑さを紛らわすために、パパの提案で「あつい」と言ってはいけないというルールを作ることに。そんなある日、家庭訪問に訪れた小池先生にも「あつい」禁止ルールを敷いたケン一は、先生と勝負をする。
ケムマキに怖い話を聞かされ腰を抜かしてしまったケン一は、ひどく馬鹿にされてしまう。悔しいケン一は、ケムマキに仕返しをしようと試みるが、あっさり見破られてしまい、全くケムマキを脅かすことができない。そこでハットリくんは、相手を脅かすのではなく自分がお化けに慣れればいいとケン一に勧めるのだが…。
ママの友達を家に招いてリボンフラワーの会をやることになったのだが、エアコンが故障中のため、ママは暑さ対策を心配する。そんなママに協力するべく、ケン一達は様々な手段で涼しさを演出しようとするのだが、どれも裏目に出てしまうのだった。
ハットリくんに忍法「眠りあやつり」を教えてもらったシンゾウは、ハットリくんが留守の間にケン一に試してみることにする。中途半端に術にかかったケン一は、たまたま点いていたテレビの主人公「白馬の王子」を、自分だと思い込んでしまい…。
運転免許を取って上機嫌のママは、ケン一やハットリくん達を車に乗せて出掛けることにした。ところが、ママの運転は危なっかしく、ケン一やシンゾウは「危険だから降りたい」と言い出してしまう。焦ってうまく運転できずイライラしていたママは、とうとう車をほっぽりだして帰ってしまう。
伊賀の山育ちのツバメちゃんは海へ行くのが夢だった。ある日公園で、海まで交通費は無料といって配られていた券を貰い上機嫌のツバメちゃんだったが、ケムマキにその券を騙し取られてしまう。しかし実のところ、その券は海の清掃ボランティアの参加券だった。
およそ300年前、「お犬様」として犬達が人間よりも大事に扱われた時代があったと、パパから教えてもらった獅子丸。いつも怒られてばかりで肩身の狭い獅子丸は、自分が殿様のようになれる昔の時代に夢の中でタイムスリップするのだった。
家に押し売りがやってきて、ママは無理矢理に物を買わされそうになる。困っているママを助けるためハットリくんは押し売りに変装し、忍法「お化け鏡」を使って見事押し売りを撃退する。しかし、急いで変装したため押し売りの姿がなかなか解けずにいると、お巡りさんがやってきて手配中の押し売りと勘違いされてしまう。
クイズを当てて西部劇の舞台となっている場所へ行こう、というチラシを読んで夢を膨らませるケン一。西部劇の主人公になり、荒野を勇ましく駆け抜け悪者をやっつける、そんな憧れのストーリーを思い描いているはずだったのだが…。
パパのシャツを再利用してケン一のカッターシャツを作っていたママ。ハットリくんは新しい足袋が欲しいのだが、へそくりを使うわけにいかず買うのを躊躇していた。そこで、ママから余った布をもらいそれを再利用して足袋を作ろうと思いつき、ママの裁縫の様子を天井から伺っていたのだが…。
ケン一と夢子ちゃんの仲が気に入らないケムマキ。影千代のアドバイスで、ケン一を浮気者に仕立て上げようと悪だくみをする。一方、ケン一のもとに見知らぬ美少女からラブレターが届く。ケムマキが変装しているとは知らず、美少女にメロメロのケン一。そんなところに夢子ちゃんが通りかかってしまい…。
獅子丸はマリーちゃんとのデート中、ちくわは食べないと見栄を張ってしまう。しかし影千代のいたずらによって見栄がバレてしまった上、マリーちゃんにもふられてしまい意気消沈の獅子丸は、すっかりちくわに手を出さなくなってしまう。ところが次の日、影千代の用意したちくわのいたずらにまたしても引っかかってしまう。
ケン一達と神社の池の掃除をしていたハットリくん。池に潜ってゴミを拾っていると、大きなうなぎを捕まえた。蒲焼きが食べれると喜んだケン一達は、家に帰って早速ママに料理してもらおうとするが、うなぎが魚言葉でハットリくんに「助けてほしい」と言ってきた。
剣道を習い始めたケン一は、ケムマキに勝負を挑まれあっさりと負けてしまう。悔しいケン一は、ケムマキを打ち負かすべくハットリくんに剣術を教えてもらう。ハットリくんの協力のおかげで自信をつけたケン一は、意気揚々とケムマキに再戦を申し入れる。
髭面の怪しい男が落とした手帳を拾ったケン一とシンゾウ。なんとその手帳には、銀行強盗のスケジュールらしき内容が書かれていた。手帳を奪い返そうとする男を振り切った二人は、ハットリくんを連れて銀行強盗を阻止しに行くのだが…。
お風呂が改装中で銭湯に通っていた夢子ちゃんは、男湯から飛んできた石鹸で怪我をしてしまった。それを聞いたハットリくん達は、銭湯で男湯から女湯へ石鹸を投げ渡している迷惑男を捕まえたのだが、なんとその男は…。
理科が好きなはずの夢子ちゃんが理科室に行きたがらないのを不思議に思ったケン一。理由を聞き出すと、理科室の模型を壊してしまったために理科室に行きたくないのだという。そこでケン一はハットリくんに協力してもらい、夜の学校に忍び込んで模型を直しに行くことにする。
パパが家で留守番をしているところに時代小説家のよらば先生が訪ねてくる。パパを忍法の達人だと思い込んだ先生は、あの手この手で忍法を披露してもらおうとするが、そんなつもりのないパパは困り果ててしまう。そんな折、帰ってきてパパから話を聞いたハットリくんは、先生にちょっとしたいたずらを思いつく。
ケン一とシンゾウに協力してもらい、ハットリくんは人間ダコになって空から町を観察することに。しかし、ケン一達がひょんなことからタコをつなぐ糸を離してしまい、ハットリくんの張り付いたタコは制御不能になってしまう。
ヘアスタイルを変えた夢子ちゃんに気付かず、嫌われてしまったケン一。そこで、汚名返上のために夢子ちゃんの変化をハットリくんに調べてもらうことにした。すると、ハットリくんは夢子ちゃんが明日、新調したワンピースを着ていくことを突き止める。
デパートでママとパパが買い物をしている間、おもちゃ売り場で待つことにしたケン一達。しかし他にもたくさんの子供達で溢れかえっていて、やりたいゲームでなかなか遊ぶことができない。そこでハットリくんにお願いして、他の子達の興味を引きつけてもらうことにする。
ひったくりの現場を目撃したケン一達は、モンタージュ写真作りに協力することに。なかなか意見がまとまらない中、ハットリくんの忍法「百面相」のおかげでモンタージュ写真が無事に完成、見事犯人逮捕につながった。表彰を受けるハットリくんに対して、ケムマキは自分も表彰されたいと、必死にひったくり犯を探す。
どうしても人助けをしたいシンゾウだが、かえって逆効果になってしまいすっかり落ち込んでしまう。そこで、少しでもシンゾウを元気づけたいハットリくんは、おじいさんに変装し、シンゾウの人助けに一役買うことにする。
一日中機嫌のいいママが豪勢な料理を作っていた。今日は特別な記念日らしいのだが、パパはなんの記念日なのか思い出せない。そこでハットリくんが、忍法「一年前記憶戻し」の術をかけると、催眠術にかかったパパは一年前の今日何をしていたのか再現し始めるのだった。
闘牛士に憧れるケン一とシンゾウは、獅子丸に牛のぬいぐるみをかぶせて闘牛ごっこを遊んでいた。そこへやって来たケムマキは二人にイタズラしようと、影千代を使って本物の牛を連れてくると二人めがけて突進させるのだった。
台風予想を無視して出掛けてしまったパパは、帰り際台風に巻き込まれ足止めをくらってしまう。そこでハットリくんが迎えに行くことになったのだが、パパとの帰り道で強風に煽られ、ハットリくんは空に舞い上げられてしまう。無事ハットリくんはパパと家路に着くことができるのか？
大事なプリントを学校に忘れてきてしまったケン一は、夜の学校にプリントを取りに行くことにする。昼間、先生に学校の怪談話を聞かされていたケン一は恐る恐る校内を進んでいくのだが、その先にはケムマキがいたずらをしようと待ち構えているのだった。
ハットリくんから一本取ることが出来たら忍法を教えてもらえることになったシンゾウは、獅子丸とケン一に協力してもらい、なんとしてもハットリくんから一本取ることを決意する。とはいえ相手はハットリくんのためなかなか一筋縄ではいかない。そこで、考えた末にシンゾウはとびきりの秘策を用意するのだった。
学芸会の出し物でシンデレラをやることになった。王子役を狙っていたケン一だったが、くじ引きで馬車馬役に決まってしまう。そこでハットリくんに相談して、ケン一の役が引き立つよう先生の台本を書き換えてもらうことに。上手くいったかのように思われたが、納得のいかないケムマキが先生に忍法「心変わり」をかけてしまい…。
おかしな外人さんの兄弟子になった影千代は、外人さんと共に町の見回りをすることに。公園でハットリくんたちを見つけた影千代は、何やら自分のことを話題にされていることを感じ取り、ハットリくんの周りを探ることにする。果たして、ハットリくん達の企みとは？
晩御飯の用意もままならないほど推理小説に夢中のママ。仕事から帰ってきて腹ペコのパパは、痺れを切らして犯人の名前を言ってしまう。パパのデリカシーのなさにうんざりしたママは、怒って晩御飯の支度を放棄することに。晩御飯が無いと困ってしまうハットリくんは、ママに忍法「記憶忘れ」をかけることにするのだが…。
知り合いの女の子にプレゼントするワンピースを作っていたママは、出来上がりのイメージを見るためツバメちゃんに試着してもらうことにした。すると、ツバメちゃんは自分にくれたものだと勘違いして外へお出掛けへ。困ったママはハットリくんにお願いしてワンピースを返してもらおうとするのだが…。
外に遊びに出掛けるケン一に、忍法「変わり身」で宿題をしているふりを頼まれたハットリくん。ところがすぐに公園に呼び出されハットリくんはいい迷惑。するとその帰りに今度はパパに出くわし、飲みに出かけるというパパに代わり、パパの変わり身で帰宅する羽目になってしまう。
落ち着きがないケン一のためにハットリくんは座禅を組むことを勧める。夢子ちゃんを誘ってお寺を訪れたケン一達は、早速座禅を組むことになったのだが、実は住職はケムマキの変装で、そうとは知らないケン一達はみっちりしごかれてしまう。そして段々とケムマキのいたずらはエスカレートしていき…。
お出掛けするママから、3時にみんなでおやつを食べるよう言づけを受けたツバメちゃん。隣町の図書館に出かけたハットリくんが戻るまで、おやつは出さないと言うツバメちゃんに対抗し、シンゾウと獅子丸は策をろうするが通用しない。そこで、ケン一をハットリくんに変装させる作戦を実行するが、本物のハットリくんが帰ってきてしまい…。
いたずらを取り締まるいたずら委員にクラスで任命されたケン一。早速学校でスカートめくりの取り締まりを始める。女子達から褒められすっかり気を良くしたケン一だったが、それを面白く思わないケムマキは、逆にケン一をスカートめくりの犯人に仕立てようと企む。
少しの間、修行で留守にすることにしたハットリくん。パパとママ宛に置手紙を残したのだが、それをケムマキにすりかえられてしまう。ニセの手紙には「自分の代わりにケムマキを家に歓迎してやってほしい」と書いてあり、ケムマキは図々しく居座ってしまう。
ケン一からお月見に誘われた夢子ちゃんだが、急用で行く事が出来なくなってしまった。それを聞いたツバメちゃんは忍法「人変化」で夢子ちゃんに変装し、代わりにケン一の家に行くことにした。初めは気付かれなかったツバメちゃんだが、徐々に本性をあらわしてみんなに怪しまれて…。
若葉高原に遊びに行っている夢子ちゃんから絵はがきが届き大喜びのケン一。ところがふとした拍子に絵はがきを燃やしてしまい、困り果てたケン一はハットリくんに相談する。ハットリくんの活躍で、無事に絵はがきが復元できるかと思われた最中、帰ってきた夢子ちゃんが家に遊びに来てしまう。
一時的な友達嫌いになってしまったケン一は、夢子ちゃんやシンゾウ達につれない態度をとっていた。心配したハットリくんは忍法で300年後にタイムスリップしたと勘違いさせ、知り合いが誰もいない世界を経験させる。すると、ケン一は急に寂しくなり元の世界の友達に会いたくなってしまう。
体育のテストでケムマキにからかわれるのが悔しいケン一は、ハットリくんを見習って身体を鍛えることにする。ケン一の気持ちを汲んだハットリくんも協力し、一緒にトレーニングに励む。そして迎えたマラソンテストの日、果たしてケン一はケムマキに一泡吹かせることが出来るのか？
テストで悪い点数を取ってしまったケン一は、答案用紙をあの手この手でなかったことにしようと試みる。しかし事あるごとにハットリくんが駆けつけ、忍法で答案用紙を回収してきてしまうため、ケン一は忍法を迷惑に感じてしまう。そんな中、やっとの思いで答案用紙を川に流すことができたのだが…。
遠足の日に寝坊してしまったケン一は、お弁当を持たずに家を出てしまう。パパが駅に届けようとするも、すでに電車が出てしまった後であった。そこで、代わりにハットリくんが大急ぎでケン一の乗った電車を追うことにする。
軽い身のこなしで木から木へ飛び移るハットリくん。着地も鮮やかに決めるのだが、どこかで枝に引っ掛かったようで振り向くとお尻が丸出し。それ以来、大スランプに陥ってしまい忍法が使えなくなってしまう。
授業中、漢字が読めないのをごまかすために目が見えないと嘘をついたケン一。見かねたハットリくんはケン一の漢字嫌いを克服させようと、漢字の成り立ちを語呂合わせで教えることで漢字の面白さを体感させることにする。
一人で留守番していたハットリくんのところへ、押し売り男がやってきた。力では敵わないと察した押し売り男が泣き落とし作戦に出ると、可哀想に感じたハットリくんは全財産を渡そうとする。
蚊を使った新忍法を編み出したケムマキ。大量の蚊に忍法をかけて攻撃させると、ケン一やシンゾウはその餌食となり刺され放題。今度ばかりは手強いケムマキの忍法にハットリくんはどう挑むのか？
お寺の法要を手伝うことになったケン一達。しかし、肝心の和尚さんが身体を壊してしまい寝込んでしまったため、ハットリくんが和尚さんに変装しカセットテープに合わせてお経を唱えることに。ところがそこにケムマキが邪魔に入り、カセットテープを別のものと入れ替えてしまう。
手作り料理を披露するとのことで、夢子ちゃんの家に招待されたケン一とケムマキ。西洋料理を振舞ってもらえると思い込んだケン一は、恥をかかないようテーブルマナーを練習し、満を持して夢子ちゃん家に向かうのだが…。
ひょんなことから学校祭のポスターを任されることになったケン一。絵に自信のないケン一だったが、偶然も味方し素晴らしいポスターが出来上がる。それを知ったケムマキは面白いはずもなく、影千代を利用してケン一が寝ている間にポスターをバラバラに破いてしまう。
お隣の家の植木を鮮やかな刀さばきで手入れしたハットリくんは、お礼に豪華なケーキを貰った。シンゾウは自分もお礼を貰おうと、夢子ちゃんの家の植木を見よう見まねで手入れするのだが、あろうことか滅茶苦茶に。
「私の友達」というテーマで弁論大会に出場することになった夢子ちゃん。自分が夢子ちゃんの一番の友達だと思っていたケン一は、ある日ハットリくんが夢子ちゃんと二人きりで仲良くしているのを目撃して自信喪失してしまう。
テレビ番組で縁起の悪い話特集を見ていたパパは、会社に行こうとした矢先、縁起の悪いことが次々に起こったことで不安になり、会社に行くのをためらってしまう。気の毒に思ったハットリくんは、パパが無事会社に着くまで見守ることにする。
工作の宿題をやっていない事に前日の夜気づいたケン一は、ハットリくんが作った立派な木の船を勝手に持って行っていく。ところが、あまりに上手く出来た船のため、みんなに問いただされたケン一はたじたじになってしまい…。
ルアーフィッシングが大得意の小池先生は、釣りに関してはハットリくんやケムマキですら敵わないほどであった。そんな中、ルアーフィッシングの大会があることを知ったケン一達は、先生に大会に出てもらうことに。しかし、あがり症の先生は大勢の観客の前に力が出せなくなってしまう。
財布が落ちているのを見つけたケムマキは、交番に届けに行こうとした矢先に泥棒に財布を奪われてしまう。甲賀忍者のプライドに懸けても泥棒を捕まえたいケムマキだったが、泥棒もしぶとくなかなか捕まえる事が出来ない。そこで影千代は、ケムマキの顔を立てるべくハットリくんに協力を依頼する。
小池先生から闇鍋をやろうと誘われたケン一と夢子ちゃんとケムマキ。闇鍋は「箸で掴んだ物は必ず食べなければいけない」というのが決まり。またも悪だくみをしたケムマキは、ヘビやカエル型の練り物をケン一に食べさせようとする。しかし、悪だくみを知ったハットリくんの忍法「箸操り」で、逆にケムマキ自身が食べざるを得なくなる。
小池先生の不眠症を治したら、宿題を免除してもらう約束をしたケン一は、眠気を誘うと言われるツバメちゃんの笛の音色を聞かせることにした。こっそりツバメちゃんの笛を持ち出したケン一は、先生の家の前で笛を吹き始めるのだが…。
朝食に卵かけご飯を食べている中、シンゾウだけやけに早く食事を切り上げる。その後の修行の際にもシンゾウはお腹を押さえ、修行にまるで身が入らない様子。お腹が痛いのではと心配したハットリくんは、シンゾウの行動を見張ることに。するとシンゾウは、朝食に出た卵を温めて孵化させようとしていたのだった。
インスタントカメラを買ったものの、シャッターチャンスをものにできない小池先生。そこで、ハットリくんに協力してもらい、忍法「金縛り」を駆使して動く被写体を捉えることにする。ハットリくんのおかげで動きのある写真がいくつも撮れたことで先生は大喜び。すると、その中に逃走中の銀行強盗の顔写真が偶然にも撮れていて…。
大事な手裏剣を1枚失くしてしまったハットリくんは、昨日修行をしていた場所へ探しに行く。そこで手掛かりを得たハットリくんは、小さい女の子が手裏剣を持っていることを突き止めるのだが、その女の子が家でおじいちゃんに手裏剣を見せようとして…。
パパのスーツのポケットから買ったまま忘れていた宝くじが出てきた。そこで、ママは当たることはないと思いながらも銀行へ行き、当たりがあるか調べてもらうことにする。しかし、調べてもらっている間にうっかり居眠りをしてしまったママは、三千万円が当たる夢を見るのだった。
寝付くことが出来ずに困ったケン一は、ハットリくんに何かすぐに眠れる忍法はないかと相談する。そこでハットリくんは、忍法の代わりに羊数えを提案し、リアリティを求めて獅子丸を羊に変装させ廊下を行き来させることにする。
ケン一が夢子ちゃんをモデルに写生していることを知ったケムマキは、甲賀の秘密絵の具を使っていたずらをすることに。そのせいで夢子ちゃんに嫌われてしまったケン一はハットリくんに事情を説明する。いたずらされた絵を見てケムマキの仕業だと見破ったハットリくんは、ケムマキを懲らしめることにする。
自慢の嗅覚が鈍り、ちくわの匂いまで嗅ぎ分け損ねた獅子丸はすっかり自信をなくしてしまう。そこで、ハットリくん達は獅子丸に自信を取り戻してもらおうと、獅子丸に目隠しをし、家の食材を使って匂いを嗅ぎ分けてもらうことにする。
決して人前で頭巾を脱がないハットリくん。ケン一はケムマキと協力して、ハットリくんの頭巾の中を写真に撮り、学級新聞委員の夢子ちゃんのために特ダネとして提供して、ハットリくんの秘密を掲載しようと企んでいた。そうとは知らないハットリくんは頭巾の中に苦手なカエルを入れられてしまい…。
風邪をひいて寝込んでしまったシンゾウの看病をするママを見て、ケン一はママがシンゾウにだけえこひいきをしていると勘違いしてしまう。しかし、その後ケン一もひょんなことから風邪をひいてしまい…。
授業中、しゃっくりの止まらなくなった小池先生を見て、ケン一達は様々な治療法を提案するがどれもうまくいかない。そこでハットリくんに相談して、ライオンに扮した獅子丸が先生を驚かせることでしゃっくりを止めてあげることにしたのだが、ケムマキも影千代と同じような作戦を考えていて…。
商店街で開催した感謝祭の抽選で3等賞が当たった夢子ちゃん。用事があって商品の引換に行けないため、ケン一に代わりに行ってもらうことにした。夢子ちゃんから頼りにされて嬉しいケン一だったが、賞品を届けに夢子ちゃんの家へ向かう途中でケムマキが商品をすり替えてくる。
デパートでプラネタリウムを見ているケン一達。しかし退屈になったシンゾウと獅子丸は屋上へと抜け出すことに。そこで影千代と出くわした獅子丸は、些細なことで小競り合いを起こし、アドバルーンによじ登ってしまう。すると、繋げられていたロープがほどけ、獅子丸達は空へと飛んで行ってしまう。
朗読が苦手なケン一。ケムマキに馬鹿にされたくないため、ハットリくんに猛特訓してもらうのだが、集中力が続かず途中で寝てしまう。仕方なくハットリくんは、忍法を使って朗読を成功させようとするのだが…。
ケン一は夢子ちゃんが赤ちゃんの時でべそだった話を聞いて、誰にも言わないと約束をする。しかし、その話を盗み聞きしていたケムマキにはめられ、夢子ちゃんに嘘つきだとして嫌われてしまう。誤解を解くために頑張りを見せるケン一。そんな様子を見ていたハットリくんは、ケン一のために一肌脱ぐことにする。
夢子ちゃんの新品セーターにペンキをつけてしまったケン一。急いで洗濯をしたものの、今度は縮んでしまい着ることが出来なくなってしまう。困ったケン一はハットリくんに忍法「早編み」をお願いするが、セーターの編み方を知らないハットリくんはお手上げ状態。そこにツバメちゃんがやってきて、華麗な「早編み」を披露する。
苦手なカエルが冬眠する季節になったため、ひと安心のハットリくん。そんなある日、油断したハットリくんを困らせようと冬眠中のカエルを無理やり起こしてケムマキが送りつけてきた。冬にいるはずのないカエルに驚いたハットリくんはショックで寝込んでしまう。
家の前で力尽きるように倒れていた伊賀流女忍者のツバメちゃん。ママが看病をするのだが、部屋に篭らせてハットリくん達には絶対に会わせようとしない。怪しんだハットリくん達は、ママを押さえつけて強引に部屋のドアを開けると、そこには…。
学校の父兄会があった事を言わなかったケン一は、ママに怒られる。その理由は、ママが老けてきて友達から比べっこされるのがイヤだったから。それを聞いたママは、目の色を変えて若返り美容のためのトレーニングを開始するが…。
ケン一を追いかけまわすハットリくんを見たシンゾウと獅子丸は、それが芝居の稽古だと気付かず、ケン一をいじめているのだと勘違いしてハットリくんを毛嫌いしてしまう。急にシンゾウ達に嫌われてしまったハットリくんは、誤解を解きたいと思いつつもケン一の稽古に付き合い続けることに。すると、そこにまたしてもシンゾウ達が現れる。
道端で宝くじを拾ったケン一は、帰って当選番号を調べてみるとまさかの大当たり。一千万円が当たったと大慌てのケン一は、ハットリくん達に相談することに。しかし、落し物だと知ったハットリくんはケン一に交番に届けるよう提案する。そこで仕方なく交番に向かったケン一だったが、お巡りさんに変装したケムマキが現れて…。
三葉家のネズミを捕まえた影千代は鼻高々。すると突然、捕まったネズミは身の上話を始め、助けてほしいと懇願し、同情した影千代はネズミを逃がしてやる。とこがそれは逃げるための口実で影千代はまんまと騙されていたことがわかり、皆にバカにされる始末。このままでは甲賀猫の面目がたたない影千代は、ネズミ捕獲に再び向かう。
放課後、ケン一を学校に迎えに来たシンゾウと獅子丸は、待っている間にしていた缶蹴りで、校庭にあった小池先生の彫刻を壊してしまう。ハットリくんのおかげで、なんとか先生にバレずに済んだものの、修復しきれず困ってしまう。そこで、ハットリくんが得意の忍法「身代わり」で、作品の彫刻と入れ替わることに。
音楽の授業で、ケムマキが上手にピアノを弾けることに嫉妬したケン一は、自分もピアノを習いたいと言い出し、ピアノ教室に行ってみることに。出来ずにすぐ投げ出してしまうことを危惧したハットリくんは、忍法「人操り」でケン一に力を貸すのだが、ケン一は自分にはピアノの才能があるとすっかり勘違いしてしまう。
冬眠中の虫を無理やり起こして捕まえていたケン一とシンゾウ。そんな二人を許せない心優しいツバメちゃんは、忍法で二人に催眠をかけて生き物に優しくするよう暗示をかけるのだった。ところが、暗示が強くかかり過ぎてしまい…。
ハットリくんにテニス対決を申し込んだケムマキは、ハットリくんの嫌いなカエルを使って自分が勝つように企んでいた。ところが、肝心のカエルが冬眠から目覚めず、影千代がカエルに変装することに。ハットリくんを驚かせるために、はりきる影千代だったが…。
新しい忍法「ホームシック」を考案したケムマキは、早速シンゾウで試すことに。すると、シンゾウは伊賀の里にどうしても帰りたくなってしまい泣き出した。効果を知ったケムマキは、ハットリくんにも新忍法をかけようとするが…。
ケン一が、学校の掃除中に先生の悪口を言っていたことをなぜか知っていた小池先生。自分は何でもお見通しの「千里眼」を持っていると言い出した。ある日、ハットリくんはその力を確かめようと、こっそり小池先生の部屋を覗いていたところ、先生に見破られる。
ケン一の通信簿に「よくできる」があったら町内を逆立ちで一周するという約束をしてしまったパパは、約束を果たすことになってしまい困ってしまう。ハットリくんに助けを求めたパパは、逆立ちの練習に付き合ってもらうもなかなか上手くいかない。見かねたハットリくんが、悩んだ末に考え出した秘策とは？
ケン一に忍法をかけてニセのUFOの中へ連れてきたケムマキ。宇宙人のふりをして、ケン一の将来はケムマキの部下となり一生こき使われると告げるのだった。すっかり信じたケン一は、将来に希望が持てずに落ち込んでしまう。
今日も先生に叱られっぱなしのケン一。そんな中、「自分が子供の頃はよくできた子だった」という小池先生の発言の真偽が気になったハットリくんは、忍法「暗示」をかけて子供の頃の先生を探ることに。すると、ケン一と同じでだらしない子だったことが判明する。そこでハットリくんは先生にも反省してもらうため、先生の母親に変装し学校に乗り込むことにする。
ハットリくんがケン一達に雪女の話をしているのを盗み聞きしていたケムマキは、雪女に変装しケン一にいたずらを仕掛ける。見事に引っかかってしまったケン一を見かねたハットリくんは、お仕置きをしようとケムマキのもとへ向かう。
真冬にランニングと半ズボンで通学する生徒の新聞記事に関心した小池先生が、自分のクラスでも挑戦してみようと言い出した。しかし寒いのが苦手なケン一は、ハットリくんに忍法でなんとかしてもらおうとお願いをし、毎日ランニングと半ズボンで登校する。だが、怪しんだケムマキに見破られる。
おつかいをしてお駄賃をもらうことに憧れをもったシンゾウと獅子丸は、ママにおつかいに行かせて欲しいとせがむ。トイレットペーパーを頼まれたシンゾウ達は「白くて長い」を合言葉に、買い物へ向かう。しかし途中で何を買うのかをすっかり忘れてしまい、ひとまず商店街で売っている「白くて長い」ものを片っ端から探すことにする。
社長の愛犬・タローを三葉家で預かることになったのだが、パパはママと出掛けてしまったため、残ったケン一達で世話をすることに。全く言うことを聞かず、わがままなタローに振り回されるケン一達だったが、思わぬ形でタローの弱点を発見する。
公園で修行するシンゾウの前にあらわれた、おてんば娘のユミちゃん。手裏剣投げや木登りがヘタでユミちゃんに笑われていたが、そのうち二人はすっかり仲良くなり、シンゾウは恋心を抱き始めていたのだが、ある日突然ユミちゃんが引っ越すことになってしまう。
忘年会の出し物に悩むパパは、腹話術に挑戦してみるもののなかなかうまくいかない。そこで、シンゾウを人形の代わりとして忘年会に連れていくことに。しかし本番前になって肝心のシンゾウが空腹でへばってしまう。パパがどうしようかと困っていると、そこに様子を見にハットリくんがやってくる。
水族館に遊びに来たケン一達。ケムマキにイルカショーの座席取りを頼まれた影千代は、餌の魚欲しさにショーに参加してしまう。ショーを邪魔されたイルカ達は怒って影千代を追い回し、水槽から逃げ出してしまう。そこでハットリくんは、イルカ達が戻ってくるまでの間、イルカに変装をしてショーをつなぐことにする。
気付くと未来都市にタイムスリップしていたハットリくん。その時代では科学が発達し、人間が空を飛ぶことも可能になっていた。忍者の居場所が無いと感じるハットリくんに追い打ちをかけるように、忍法禁止の法律が決められて…。
「私の母」という作文を学校で発表することになったケムマキ。親元を離れて暮らしているケムマキは、お母さんの事を作文に書くと寂しくて泣きそうになるため、バカにされてしまうと思い学校を休もうとしていた。それを知ったハットリくんは、ケムマキを元気づけるアイデアを思いつく。
灯油とガソリンを取り違えて渡してしまった人へ、パトカーが注意喚起を呼び掛けているのを聞いたケン一達。そこでその人相をハットリくんが書き出してみると、なんと小池先生かもしれないことが判明。一歩間違えば先生が大変なことになってしまうと、ケン一達は必死で先生の行方を捜す。
大晦日に除夜の鐘をつく大役を任されることになったケン一。見に来てくれた夢子ちゃんのために一生懸命鐘をつくケン一だが、途中で力尽きてしまう。そこでハットリくんやシンゾウ達は、忍法「変わり身」で全員ケン一に変装すると交代で鐘をつき始めるのだった。
三葉家に突然外人さんが訪れてきたことに大慌てのケン一達。サムライ研究をしているという外人さんはハットリくんに興味津津、ぜひ家来にしてほしいと申し出る。仕方なく許可したハットリくんだったが、付きまとわれているうちに段々と嫌気がさしてきて…。
毎日チクワの事ばかり考えて修行に身が入らない獅子丸。見かねたハットリくんは修行の一貫として1週間のチクワ禁止令を出すことにした。我慢の限界を通り越して幻覚まで見え始めた獅子丸は…。
名作「フランダースの犬」を読んで、一人公園のベンチで泣いていたケン一。そうとは知らない夢子ちゃんから、ケン一が一人で泣いていたと聞いたハットリくん。何か深い悩みを抱えていると思い込み、事情を聞こうとするのだが本を読んで泣いていたとは恥ずかしくて言えないケン一は…。
早く立派な忍者猫になってケムマキの力になりたい影千代は、ケムマキが寝ている間に忍法の練習をする。そして効果もよくわからないまま、寝ているケムマキに忍法「力封じ」をかけてしまう。知らないうちに影千代の術にかかってしまったケムマキは、いつものように自分の力が出せなくなったことに困惑してしまう。
1週間も忍者服を着替えようとしないシンゾウ。心配したママが問い質すと、ツバメちゃんが着替えの忍者服に花柄模様の刺繍を入れられて、恥ずかしくて着たくないのだと言う。ハットリくんは、どんどん不潔になっていくシンゾウに忍法をかけて強引に着替えさせようとするのだが…。
授業中、窓の外に大量のカラスを見かけたケムマキは、カラスを利用してハットリくんにいたずらすることを思いつく。影千代と協力して、カラスを操ることに成功したケムマキは、ハットリくんを神社に呼び出しいたずらを実行する。大量のカラスに襲われることになったハットリくんは、ある策を講じるためお堂へ隠れるのだった。
ママから豆腐のおつかいを頼まれたシンゾウと獅子丸は、帰る途中で誤って豆腐を壊してしまう。ママに怒られたくないシンゾウ達は、たまたま通りかかった豆腐屋さんをだまして豆腐を譲ってもらうことに。それを知ったハットリくんは、お豆腐屋さんに変装して、シンゾウ達にお仕置きをする。
宿題を忘れてしまったケン一は、学校でまたしてもケムマキにいじわるされてしまう。悔しいケン一は、ハットリくんに仕返しをお願いすることに。そこでハットリくんは、特製の「消え消え墨汁」を作り、習字の宿題に取り組むケムマキの家に向かう。翌日、無事仇討ちは成功したかに思われたのだが…。
学級新聞の特集で、町の人気者投票を行う案を検討していたケン一達。それを耳にした小池先生は先走りして町じゅうのゴミを集めて、人気者になろうとしていた。結局、人気者投票は行わない事にしたのだが、エスカレートした小池先生の行動はとどまることをしらない。
学校に赴任してきた愛子先生に恋をした小池先生は、授業に身が入らない状態に。そこでクラスの皆で小池先生をからかうことにするのだが、そのせいですっかり元気をなくしてしまう。いつもの先生に戻ってほしいケン一は、ハットリくんに愛子先生に変装してもらい、なんとか先生に立ち直ってもらうことにする。
忍法「隠れ身」を見て羨ましがるケン一に、ハットリくんは簡単な方法を教えるという。その方法とは、ケン一の体を黒く塗り夜の屋外に出ると、透明人間になれるというインチキだったが、その姿にケン一は大喜び。調子に乗って、通り過ぎる人達を怖がらせて楽しむケン一。翌日、学校では透明人間の話題でもちきりになっていた。
投げるボールの速さをケムマキと競い合っていたケン一は、圧倒的大差で負けてしまう。悔しいケン一は、ハットリくんと猛特訓を繰り返して再度チャレンジすることに。ところが、当日ケムマキに鉄のボールとすり替えられてしまう。
ママのせいでケン一は、千里眼の持ち主であると町中で評判になってしまう。そんな中、噂を聞きつけた小池先生に「赤い風呂敷を探してほしい」と頼まれたケン一は、ハットリくんの力を借りて風呂敷の在り処を探ることにする。
ケムマキから家事手伝いを命じられている影千代だったが、その大変さに嫌気がさし、自由気ままな獅子丸の生活に憧れる。そこで影千代は獅子丸をだまして家事手伝いを押し付け、自分は獅子丸になりすますことに。無事に三葉家に潜入した影千代であったが、理想の生活を送ることは出来るのだろうか？
温泉に入りたいケン一達は、温泉を掘ることに。それを知ったケムマキと影千代は、温泉が出る場所が書かれた偽の古地図を作ってケン一達にイタズラを仕掛ける。そのイタズラに気付いたハットリくんはある仕返しを思いつく。
ケン一とケムマキは学校を代表して地元の鳩レースに参加をする。どうしても自分の放した鳩に勝かせたいケムマキは、先回りして次々に他の鳩の妨害を試みる。その様子を知ったハットリくんは、ずるをやめさせるべくケムマキと攻防を繰り広げる。
痛い思いをすると夢子ちゃんに優しくしてもらえると勘違いしたケン一は、ハットリくん相手に相撲を取らせ、派手に負けることで夢子ちゃんの気を引こうとする。しかし、弱い男の人は嫌いだと言われてしまったケン一は、今度は強い男をアピールするため、シンゾウにわざと勝負に負けるよう画策するのだが…。
愛子先生に音痴を知られてしまった小池先生はひどく落ち込んでしまう。そんな中、ひょんなことから信頼を回復するためには忍法しかないと考えた先生は、ハットリくんに忍法を教えてほしいと頼み込む。恋する愛子先生のために必死で猛特訓をする先生。はたして、無事に愛子先生の信頼を取り戻すことができるのか？
授業の予習をせずまたしても廊下に立たされてしまったケン一は、気晴らしにシンゾウとチャンバラごっこをしたところ腕を痛めてしまう。お医者さんに診てもらい、腕をギプスで固定して翌日登校するが、その姿は手を挙げているようにしか見えない。それを見た先生は、ケン一が今度はしっかり予習をしてきたものだと勘違いする。
近頃あまりにもだらしのない獅子丸に忍者犬としての自覚をもって欲しいと思ったハットリくんは、影千代にお願いして獅子丸を挑発し、忍者犬らしさを取り戻してもらうことにする。影千代のおかげで闘争心に火がついた獅子丸だったが、勢い余った二人はついつい白熱しすぎてしまう。
家の中で遊んでばかりいるケン一に、外で遊ぶことをすすめるハットリくん。それでも、あれこれと言い訳をして外出を嫌がるケン一であったが、その本当の理由とはいったい何なのだろうか？
ケムマキに名前をバカにされたケン一は、自分の名前を嫌いになってしまう。名前を大事にしないケン一を見かねたハットリくん達は、名前の大切さをわからせるため、ある作戦を実行する。
小池先生、愛子先生と一緒にスキー場にやってきたケン一達。皆思い思いにスキーを楽しむ中、ケムマキは皆をからかうため影千代にクマの足跡をつけて回らせ、自身はクマに変装することにする。しかし、足跡をつけて歩きまわっていた影千代は、不意に本物のクマに遭遇してしまう。
ママの留守中に三葉家の家事を任されたツバメちゃん。ツバメちゃんが作ったケン一の弁当は、夢子ちゃんの心をつかむほど見事なできばえだった。嫉妬したケムマキは、翌日ケン一が用意した夢子ちゃんの分の弁当をすり替え、イタズラすることにしたのだが…。
山でケガを負ったタカを見つけたハットリくん。ケガの手当をする間、家で飼うことになったのだが、タカに食事を半分とられている獅子丸は不満げ。そして、タカのケガも治ってきたころ、獅子丸とタカで狩り勝負をすることに。
近所で飼われているタマ子ちゃんのことが好きでたまらない影千代は、ケムマキに相談するもまるで相手にしてもらえない。そこで、同じ動物同士の獅子丸に相談をもちかけ、代わりに影千代の想いを伝えてもらうことに。ところが、タマ子ちゃんがちくわ好きだと知った獅子丸は、影千代の想いも忘れてすっかり意気投合してしまう。
火事の現場に居合わせたケン一達。ハットリくんの超人的な能力で大活躍を果たし、三葉家にインタビューが殺到する。自分たちも人気者になったと勘違いしたケン一とシンゾウ、獅子丸に対し、スターのような扱いに慣れないハットリくんは…。
まぬけなお巡りさんと銭湯を楽しんだハットリくん達は、帰ろうとした矢先にお巡りさんのピストルが無いことに気付く。お巡りさんは誰かがピストルを持って行ってしまったと思い大慌て。そこで皆で協力して探し回ってみるが、なかなか見つけることが出来ない。
パパが久々に会った知り合いのおじさんを家に連れてきた。ケン一達はおじさんからまだお年玉をもらっていなかったため、あの手この手で気付かせようとする。頑張った甲斐もあり、ようやくお年玉をもらえることになったケン一達は大喜びするが、もらったぽち袋の中には白い紙だけが入っていて…。
手を洗わずつまみ食いをするケン一を見て、ハットリくんはこれではシンゾウらに示しが付かないと思い心配する。そこで、夜になりケン一が寝静まっている頃を見計らって、忍法「夢操り」を使いケン一に手洗いの大事さを教えることにする。
なんとしても愛子先生に想いを伝えたい小池先生は、ハットリくんに頼み込んで相手をメロメロにさせる忍法「ハートの目」を教えてもらうことにする。練習を重ねすっかり忍法を習得したと思い込んだ先生は、意気揚々と愛子先生のもとへと向かうのだが…。
三葉家の今晩のおかずが自分の大好きな魚だと知った影千代。またしても、獅子丸に化けて三葉家に潜入することをたくらむ。うまく獅子丸になりすました影千代だったが、本物の獅子丸にはちあわせたことで正体がバレてしまう。
水の上を歩く忍法「水蜘蛛」を会得するため、ハットリくんの道具を勝手に持ち出したシンゾウ。なかなかコツがつかめないシンゾウにケムマキは「水蜘蛛」が会得しやすくなるという甲賀忍者特製のワックスを譲るのだが…。
ツバメちゃんが作ってくれた料理をけなしてしまったケン一。怒ったツバメちゃんに謝る言葉を探すケン一は、夢子ちゃんの料理なんかよりも美味しいと必死に取り繕う。しかし、今度はそれを夢子ちゃんに聞かれてしまいすっかり嫌われてしまう。仲直りしたいケン一は、あの手この手で夢子ちゃんに近づこうとするが…。
最近涙脆いシンゾウは些細なことですぐに泣いてしまう。そこで泣かない修行をすると決めた矢先、ケムマキに甲賀忍法「涙封じ」をかけられる。痛みも悲しみも感じなくなったシンゾウは喜ぶが、かえってハットリくんを心配させてしまう。シンゾウに元に戻ってほしいハットリくんはある策を実行する。
町で忍者試験中のシンゾウは、ハットリくんの用意した様々な仕掛けをうまいことすり抜け、順調に試験をこなしていく。しかし、途中で蝶に気を取られてしまったシンゾウは、何も気づかずに作業中の工事現場に近づいてしまい…。
公園で夢子ちゃんに、美容顔面体操を教えていたハットリくん。その様子を遠くで見ていたケムマキと影千代は、二人が愛し合っていると誤解してしまう。ケムマキから事情を聞いたケン一達は、ツバメちゃんも巻き込んでその真相を突き止めるため、ハットリくんに罠を仕掛ける。
テレビのチャンネル争いや、夕食で食べたいものを巡っての意見の食い違いなど、事ある毎にもめてしまうパパとケン一とシンゾウ。その様子を見かねたハットリくんは、忍法「心合わせ」を使って、みんなの気持ちが一つになるよう試みる。
すぐに泣いてしまうことをハットリくんに説教されたシンゾウ。公園で落ち込んでいるところをツバメちゃんに慰められ、ハットリくんも昔は泣き虫だったことを知る。そして二人はツバメちゃんの新忍法を武器に、ハットリくんの泣き顔を写真に収めることを思いつく。
体調を崩した小池先生のところにお見舞いに訪れたケン一達。そこには既にケムマキがお見舞いにきていた。ケン一達とケムマキは点数稼ぎのため、病気の先生が快適に過ごせるよう家を改造することに。そこに小池先生が想いをよせる愛子先生がお見舞いに訪れ…。
飲み過ぎのせいで二日酔いになってしまったパパは、風邪をひいたことにして会社を休んでしまう。ほどなくして気分の落ち着いたパパはハットリくんと外出してしまうのだが、家に部長がお見舞いにやってきてしまいママは大慌て。急いでケン一にパパのふりをしてもらうことにする。
ママと朝からケンカしてしまい機嫌の悪いパパとケン一。パパは結婚式に出席するため、ハットリくんから忍法「部分金縛り」で、しかめっ面を笑顔に変えてもらう。その様子を見たケン一も、夢子ちゃんとのデートのため「部分金縛り」で笑顔に変えてもらったのだが…。
ケムマキと夢子ちゃんと町内運動会の借り物競走に出場することになったケン一。借りるのが得意なケン一は自信満々で勝負に挑むのだが、ケムマキの妨害により難しいお題ばかりがあたってしまう。しかし、ケムマキも妨害に気付いたハットリくんによって難題にすり替えられてしまう。
愛子先生に跳び箱を教えてほしいと言われた小池先生。いいところを見せるべく秘密の特訓をすることにしたのだが、運動が苦手な先生は全然跳ぶことができない。その様子を見に来たハットリくん達は、先生が跳び箱を跳べるようになるようあの手この手で手助けすることにする。
両利きに憧れるシンゾウは、修行で両手が使えるようになったハットリくんを見習い、左手を特訓することに。いくつもの修行をこなし頑張るシンゾウを見守るハットリくんだったが、ついに諦めてしまいそうになるシンゾウをバレないように手助けする。
パパから居間を純日本風に変えてほしいと頼まれたハットリくん。なんでも、和にこだわりがある恩師がこれから訪ねてくるらしい。急用で少し家を離れことになったパパに代わり、ハットリくんはその恩師を待つことに。そんな中、どうにも和とはかけ離れた風貌をした老人が家を訪ねてくる。
小池先生の誕生日をお祝いしてあげようと思ったケン一は、シンゾウと獅子丸に協力してもらうことにする。公園で先生を見つけたシンゾウらは、先生のつぶやいていた「恋が欲しい」という言葉を「鯉」と勘違いし、鯉をプレゼントすることに。一方、ケムマキも同じことを考えていたが、今度は影千代が「愛す」という言葉を「アイス」が欲しいのだと勘違いしてしまう。
三葉家に遊びにきたケムマキと夢子ちゃんだったが、ケン一達はママとこれから映画を観に行くところだった。ケン一の邪魔をしたいケムマキは、仮病を使ってママの同情を引くことに成功。ケン一達は映画を諦めて、ケムマキの看病をすることになる。
小池先生が学校で残業をしているところに愛子先生が手作りケーキを持ってきてくれた。嬉しさのあまりついつい食べ過ぎてしまった先生は翌日、お腹を壊して学校を休んでしまう。そんな先生のもとに、何も知らないケン一達がお見舞いにとケーキを持ってくる。
自分よりも運動オンチな転校生が入ってきてご機嫌なケン一。しかし、ケムマキが転校生を特訓し飛び箱でケン一を負かせたことをきっかけに、ハットリくんもケン一を特訓することに。次第にお互いにエスカレートし、甲賀と伊賀の特訓合戦になっていく。
実家から母親が上京してきたのに浮かない顔の小池先生。おふくろの味が恋しい小池先生だったのだが、どうやら母親はパンにこっていて毎日パンばかり。偶然事情を知ったケン一達は、小池先生がおふくろの味を食べられるように手助けをすることに。
クラスのみんなが優しい心をもってくれているか心配になった先生。そんな先生の気持ちを汲んだハットリくんは、先生がお年寄りに変装しみんなの対応をチェックする優しさテストを提案する。先生の不安とは裏腹に夢子ちゃんもケムマキもお年寄りへの優しさを見せる中、ケン一は惜しいところでドジを踏んでしまう。
小池先生からもらった旅行のお土産を近所の高山さんの家にあげることにしたママは、ケン一達が遊びに行くついでに届けてもらうことにする。しかしそのお土産は先生が他に持っていくはずだったものらしく、慌てた先生の話を聞いたハットリくんは、急いで高山さんの家にお土産を取りに行くことにするのだが…。
空き地に捨てられていた子猫をひろってきたシンゾウ。三葉家では飼うことができず、再び空き地に捨ててくることに。しかし、子猫はシンゾウになついてしまっていて、なかなか離れてくれない。シンゾウは子猫から逃げるうちに、知らない町に迷い込んでしまう。
映画館に行った帰りにラーメン屋に寄ったケン一とハットリくんであったが、財布をあけてびっくり。なんとお金を使いはたしてしまっていた。そこで、ハットリくんはケン一をラーメン屋に残して、シンゾウ、獅子丸とラーメン代を稼いでくることに。
忍法「泡玉」の練習をしているハットリくん達を邪魔し、さらに言葉巧みにママをも味方につけるケムマキ。一方的にママに叱られてしまったケン一達は、仕返しをするため、ケムマキに「泡玉」合戦を挑む。
パレードの指揮者にケン一を指名しようと相談している小池先生の声を聞いたケン一。ケン一の大抜擢に喜ぶ三葉家だったが、実はすべて小池先生になりすましたケムマキのイタズラだった。そのことに気付いたハットリくんは、こっそりと小池先生が指揮者にケン一を指名するように誘導していく。
なんでもハットリくんに頼ってしまうケン一を見かねたハットリくんは、手助けを一切やめる決意をする。しかし、ケン一は自転車レースでケムマキと対決することになり、相変わらずハットリくんに頼ろうとするのだが…。
大事な会議の資料を家に忘れてしまったパパは、ハットリくんに忘れ物を会社まで届けてもらうことに。事情を知ったケムマキは、パパのハットリくんへの信頼を失わせるため、ありとあらゆる手で資料を奪おうとする。
獅子丸が洗濯機を壊してしまったため、コインランドリーまで洗濯に来たケン一達。たまたま居合わせた小池先生の洗濯物も引き受けることになったのだが、ケムマキの邪魔によって、せっかく洗濯した服が汚されてしまう。先生が戻って来るまでに、洗濯を仕上げることは出来るのだろうか？
忍法「不動」の修行中、ケン一に頼まれ学校にやってきたハットリくん達。そこには小便小僧を壊してしまい困り果てている小池先生がいた。そこでハットリくんは、忍法「不動」の恰好の修行になると、シンゾウに代わりの小便小僧をやらせることにする。
小池先生からハムスターを引き取ったケムマキと夢子ちゃん。ケン一は、自分もハムスターを飼うためママにお願いをするのだが、役に立たないものは飼えないと言われてしまう。そこで、ケン一達はハムスターが役に立つ動物だとアピールすることで、ハムスターを飼うことを許されたのだが…。
一寸法師の本を読んでいたシンゾウに、小さくなる忍法を見せてほしいとせがまれたハットリくん。出来ないと言ってもシンゾウが諦めてくれないので、ハッタリ忍法「一寸法師」でだますことを思いつく。見たこともない忍法にショックを受けたケムマキ達は、その秘密をさぐるため三葉家に偵察に訪れる。
夢子ちゃんが欲しがっている白いタンポポをプレゼントする約束をしたケン一。その情報を手に入れたケムマキも夢子ちゃんのために白いタンポポを探すことに。見事白いタンポポを見つけたハットリくんであったが、横取りに来たケムマキとの攻防でタンポポを枯らしてしまうのだった。
ケムマキとボーリング対決をすることになったケン一。空き地に用意されたケムマキお手製のボーリング場で、楽々とストライクを取るケムマキとは対照的に、ケン一はまったくピンを倒すことができない。その様子を見たハットリくんはレーンに仕掛けがあることを見抜いて、ケムマキを出し抜くことにする。
シンゾウの虫歯を勝手に抜いたツバメちゃん。むりやり歯を抜かれたことに納得のいかないシンゾウは、ケン一と獅子丸と協力してツバメちゃんにイタズラをすることに。そのイタズラとは、ハットリくんが虫歯だという嘘の情報を流してツバメちゃんの反応をみるというものだった。
昆虫に詳しいケムマキは、授業でその知識を披露してみんなの尊敬を集める。そんなケムマキに嫉妬したケン一は、ケムマキの知らない虫を探してぎゃふんと言わせたいのだが、珍しい虫はなかなか見つからない。そこで、ハットリくんが作った偽の虫を学校に持って行くことに。
ケン一から忠犬ハチ公の話を聞いた獅子丸は、自分も銅像になって世間から注目を浴びたいと思い、駅でパパの帰りを待つことにする。お腹が空いても辛抱強くパパを待ち続ける獅子丸だったが、そんな中、話を聞きつけたケムマキがいたずらをしてやろうとやってくる。
どうしてもラジコンが欲しいケン一は、ケムマキのラジコンを壊してしまったことにして、ハットリくんにアルバイトで弁償代を稼いでもらうことに。ハットリくんの見事な活躍で、ケン一はラジコンを手に入れるのだが、騙されたことに気付いたハットリくんはケムマキと協力してお仕置きをする。
すっかり宿題を忘れていたケン一は、学校で罰を受けることを恐れ、ハットリくんに１日だけ自分のふりをしてもらえるように頼み込む。ケン一になりすまして学校に行くことになったハットリくんだったが、不自然な言動でケムマキに正体がバレてしまう。
すべり台でお尻をすりむいてしまったケン一。学校でもお尻をかばいながら授業を受けるケン一だったが、ケムマキがケン一のケガに気付いてしまう。スキを見てはイタズラしようとするケムマキに対し、ハットリくんがケン一のお尻を守ることに。
調理実習の授業で愛子先生から料理の才能があると褒められたケン一は、すっかりその気になって家でも料理を始める。しかしなかなか料理は出来上がらずママ達は待ちくたびれてしまう。そこにようやく完成したケン一お手製料理が出てくるが、ケン一はせっかくの傑作を食べるのがもったいないと言い出す。
もうすぐ５月５日の子供の日。三葉家に飾られていた鎧兜に憧れ、思わず忍び込んで着て遊んでいた影千代。ケムマキは誰かに見つかる前に連れ戻そうとすのだが、影千代の体がつっかえて鎧が脱げない。いったん影千代を置いて、バレないように連れ戻す作戦を練るケムマキだったが、なかなかうまくいかない。
次のクラス会で小池先生の大魔術ショーの助手を務めることになったケン一。しかし、先生の作ったギロチン大魔術は不安だらけ。ハットリくんに頼んで、先生のギロチン大魔術が万が一失敗しても大丈夫なように首を守る道具を作ってもらったのだが…。
家の前を通った泥棒に全く気付けなかった獅子丸は、自分のふがいなさにショックを受け、忍法の修行の旅に出る。獅子丸が出て行ったことを知ったハットリくんとシンゾウは、獅子丸を連れ戻すために探しに行く。
ジェットコースター嫌いのケン一が夢子ちゃんと遊園地に行くという話を聞きつけたケムマキは、ケン一をジェットコースターに乗せ夢子ちゃんにケン一の情けない姿を見せてやろうと企み、一緒についていくことにする。ケムマキのせいでジェットコースターに乗ることになってしまったケン一は、ハットリくんに助けてもらおうとするも、ケムマキの策によりハットリくんと離れ離れにされてしまい…。
シンゾウと獅子丸は、忍法の野外テストを受けることになったのだが、ケン一と夢子ちゃんもついて来ることに。ハットリくんの残した暗号をたどって隠した伊賀の密書を探すシンゾウ達。しかし、話を聞きつけたケムマキと影千代も伊賀の秘密をあばくため密書を狙う。
バスに乗りすごして知らない町に着いてしまったケン一。家に帰るお金がなくなってしまい、電話でハットリくんに助けを求めることに。しかし、肝心の居場所を伝える前に電話が切れてしまい、ケン一を見つけるためハットリくん達は町に探しにでかける。
写真コンテストに応募するつもりのケン一は、夢子ちゃんに写真のモデルを頼むことに。ハットリくん達の協力もあり、素敵な写真が撮れて大喜びのケン一。しかし、その様子を見ていたケムマキと影千代は、カメラにイタズラをしかける。
近頃雨ばかりで外でテニスの練習ができないと悩んでいる夢子ちゃんのために、てるてる坊主を作って持っていくことにしたケン一。天気がすぐ良くなるようにと獅子丸扮する特大てるてる坊主を用意して夢子ちゃん家に向かうのだが、同じく夢子ちゃん家に遊びに来ていたケムマキはその正体を見破って…。
ことわざのテストに向け、ことわざの勉強をするケン一。ことわざの意味を知らないケン一に、ことわざを生活の中で理解させようとするハットリくん。しかし、ケムマキと影千代の邪魔により、よけいに混乱するケン一であった。
理科のテストでまた悪い点数をとってしまったケン一は、間違えて動物図鑑の中に答案用紙をはさんだまま夢子ちゃんに貸してしまっていた。夢子ちゃんに気付かれないように取り返しに来たケン一達であったが、ひょんなことで動物図鑑はケムマキの手に渡ってしまう。
蝶のさなぎを見つけたケン一達は、蝶に詳しい小池先生に預けることに。しかし、小池先生はさなぎを羽化させて標本のコレクションにすることをたくらんでいた。そのことに気付いた夢子ちゃんは、ケン一達と小池先生から蝶を逃がそうとする。
学校の遠足にでかけたケン一。水汲み当番になったケン一と夢子ちゃんは、山奥まで水を汲みに行き道に迷ってしまう。そして、忘れ物の帽子を届けに来たハットリくんも加わり、クラスみんなで道に迷った二人を探すことに。
授業で節約の大切さを習ったケン一だったが、どうやら節約の仕方を勘違いしているよう。そんなケン一を見かねたハットリくんは、原始生活を体験させることで正しい節約を教えることに。家族みんなで原始生活を送る三葉家だったが、ケムマキと影千代のイタズラがきっかけで取材が殺到し注目を集める。
海水浴に来たケン一達。ケン一は岩場で足をすべらせ夢子ちゃんの大事なブレスレットを海に落としてしまう。泳げないケン一の代わりにハットリくんが海に潜って見事探しだしたのだが、ケムマキと影千代に横取りされてしまう。
ケン一は図書館から借りていた本を夢子ちゃんに返してもらうことにする。しかしその後、その本の中にはパパのへそくりが入っていることを知り、ケン一達は急いで図書館に行き、片っ端から本を調べるが結局探し出すことができない。そこでもしやと思い夢子ちゃんを訪ねると、なんと本はママの手に渡っていることが判明する。
温泉旅行に出かけた三葉家だったが、旅館に着いてびっくり。主人は無愛想でサービスは悪い、期待していた温泉は動物だらけでクマが出るというありさまだった。思わず帰ろうとするパパとママに、ハットリくんは動物達の協力でハットリくん流のおもてなしをする。
お寺のきもだめし大会に協力することになったハットリくんとシンゾウ、獅子丸。忍法を利用してきもだめし大会を盛り上げるハットリくん達であったが、ケムマキに正体を見やぶられてしまう。
留守番中のケン一達。しかし、買い物に行ったきりママが家に帰ってこない上に、獅子丸までママを探しに行ったまま戻ってこなくなってしまう。それでも辛抱強く待ち続けるケン一とシンゾウだったが、そのうちに家の前の通りにも人影が無いことに気付いた二人は不安になってしまう。
学校の自由研究で、いろんな人や動物の足形を集めることにしたケン一。ハットリくんにも協力してもらい、動物園で足形を集めることに。ケムマキと影千代はケン一の自由研究の邪魔をするのだが、イタズラがすぎるケムマキに、ハットリくんはあるお仕置きを思いつく。
風船ガムで遊ぶケン一と夢子ちゃん、そしてケムマキだったが、うまく風船が作れないケン一はケムマキにバカにされてしまう。ケン一達は風船ガムの特訓をするためにガムを買いに行くのだが、町中のガムが影千代に買い占められていた。そんな中、ハットリくんのもとにケムマキから果たし状が届く。
町内ペアマラソン大会の相手に夢子ちゃんを取り合うケン一とケムマキ。しかし、とうの夢子ちゃんはピアノのレッスンで参加出来ないということを知ったツバメちゃんは、夢子ちゃんになりすましケン一と一緒に出場することになったのだが…。
夢子ちゃんと映画を観に行く約束をしたケン一は、映画代を貯めるためにつもり貯金をすることに。ケン一達の映画デートを阻止したいケムマキは、夢子ちゃんになりすまし、ケン一に余計なお金を使わせることに成功したのだが…。
ケン一は清潔なことを夢子ちゃんにアピールしようとするが、ケムマキのいたずらのせいで不潔だと嫌われてしまう。あまりに悔しいケン一はハットリくんにお願いして仕返しをしてもらうことに。そこで、ハットリくんは忍法でケムマキに催眠をかけ、逆にキレイ好き過ぎる性格に仕立てることにする。
ハットリくんの留守中にぶくぶくと太ってしまった獅子丸。ハットリくんはそんな獅子丸を厳しく叱りつけ、根性を試すために見捨てたフリをする。ショックを受けた獅子丸は家を出て行き、やせることを決意する。その様子を見た影千代は、獅子丸の邪魔をするために大好物のちくわを差し入れしようとする。
ハットリくんをテレビに出演させたいケン一。ケムマキにけしかけられて、勝手にテレビ局に応募してしまうケン一だったが、「忍者の掟でテレビ出演は出来ない」とハットリくんに断られてしまう。後戻り出来なくなったケン一は、代わりに自分が「忍者少年」としてテレビ出演しようとするのだが…。
アクション映画の話で盛り上がる夢子ちゃんとケムマキ。その映画を見ていないケン一は仲間はずれにされてしまう。お金が足りず映画を見ることが出来ないケン一は、中国忍法の入門者募集のチラシを見て、シンゾウ、獅子丸とともに中国忍者に弟子入りしようとする。
女性宇宙飛行士の活躍がニュースで話題になる中、宇宙飛行士をイメージした洋服を着て学校で注目を浴びる夢子ちゃん。宇宙に憧れる夢子ちゃんに無重力体験をさせてほしいとケン一から頼まれたハットリくんは、その願いを叶えるため無重力の研究をすることに。
夢子ちゃんがなくしてしまった指輪の石を一緒に探すケン一。たまたま通りかかったハットリくんとツバメちゃんがあっさりと忍法で指輪の石を見つけてしまい、ケン一は面目丸つぶれ。その様子を見ていたケムマキと影千代は、ケン一をからかうため、ケン一に超能力を教える。
虫の鳴きマネを練習していたハットリくんは、庭にたくさんの虫を呼び寄せてしまう。学校で虫を配るケン一であったが、キリギリスだけがあまってしまう。クラス中にバカにされるキリギリスに対して、ケン一は自分が悪口を言われていると勘違いしてしまう。
ケムマキのイタズラにより、ケン一は夢子ちゃんの理想のタイプを筋肉モリモリのたくましい人だと勘違いしてしまう。ハットリくんの協力により筋力トレーニングにはげむケン一だったが、ケムマキと影千代に邪魔をされてしまう。
夢子ちゃんとケムマキとスケートに行く約束をしたケン一は、スケートまで風邪をひかないように伊賀流の風邪ひき防止法を伝授してもらうことに。一方、すでに風邪をひいてしまっているケムマキは、ケン一に風邪をうつそうとするのだが…。
コンピュータで家の防犯システムを作った小池先生は、ハットリくんでその性能を試すことに。小池先生の願いを聞き入れたハットリくんであったが、はたして小池先生の家に忍び込むことは出来るのだろうか？
家の大掃除をする三葉家。しかし、買ってきたクリスマスケーキを早く食べたいケン一はシンゾウ、獅子丸とケーキを持って夢子ちゃんの家に行ってしまう。ハットリくんは後片付けをサボった３人を連れ戻し、忍法で言うことをきかせて、掃除を終わらせることに。
夏の暑い日が続く中、暑さがまんくらべ大会に参加することになったケン一とケムマキ。暑さをがまん出来ずに次々とライバルが脱落していくなか、ケン一とケムマキだけが残り一騎打ちとなる。もう限界が近いケン一だったが、一方のケムマキは余裕を見せている。ケムマキにはある秘策があったのだ。
ケムマキから「地獄をみせてやる」と言われ、約束した場所に来たケン一達。車にひかれそうになったケン一達は、目が覚めたら知らない場所で気絶していた。そして、ケン一達は三途の川を渡り、えんま大王に地獄に落とされてしまう。地獄めぐりをさせられるケン一達であったが、すべてはケムマキと影千代の仕組んだイタズラであった。
ケン一のクラスは学芸会で「ねむり姫」を上演する。しかし、学芸会まであまり時間がない中、夢子ちゃんの相手役の子が病気で入院してしまう。代役を買ってでたケン一は、必死にセリフを覚えたのだが、本番で舞台にあがったとたんにセリフを忘れてしまう。ハットリくん達は、ケン一を助けるため忍法「人文字」でセリフを伝えることに。
ケン一は野球の試合でケムマキからまぐれで予告ホームランを打ってしまう。ケムマキから再試合を申し込まれたケン一は、ハットリくんの協力を得て練習に励む。はたして、ケン一はケムマキに勝つことが出来るのだろうか？
修行を積んで久しぶりにケン一達の町に来たツバメちゃん。忍法「恋のとりこ」でハットリくんを振り向かせようとするのだが、見事に避けられてしまう。その様子を見たケムマキは、忍法「嫌われにおい」でハットリくんがみんなから嫌われるように仕向けることを思いつくのだが…。
風邪を引いて涙が止まらないシンゾウは、話すだけで忍法「涙パワー」がかかってしまう。シンゾウの口を封じて強引に寝かせようとするハットリくん達は、たまたま通りかかった夢子ちゃんとケムマキに、シンゾウをいじめていると勘違いされてしまう。そして、ひょんなことからシンゾウを預かることになってしまったケムマキだったが…。
忍びの博士から超能力サボテンのトゲ次郎を預かることになったハットリくん。家に連れて帰る途中でケムマキにただのサボテンとすり替えられてしまう。忍法「サボテン操り」でトゲ次郎を手下にしたケムマキは、三葉家にトゲ次郎を潜入させ、様々なイタズラを仕掛ける。
忍びの博士から超能力サボテンのトゲ次郎を預かることになったハットリくん。家に連れて帰る途中でケムマキにただのサボテンとすり替えられてしまう。忍法「サボテン操り」でトゲ次郎を手下にしたケムマキは、三葉家にトゲ次郎を潜入させ、様々なイタズラを仕掛ける。
またしてもケムマキと影千代に連れ去られてしまうトゲ次郎だったが、今度は自力で逃げ出すことに成功。弱っているところを夢子ちゃんに拾われる。世話をしていた夢子ちゃんはトゲ次郎が話しだしてびっくり。一方、トゲ次郎を探していたハットリくんもやっとトゲ次郎の居場所を突き止める。
ハットリくんとの忍法の修行に嫌気がさした獅子丸は、たまたま散歩していた自分とそっくりな飼い犬と入れ替わることに。新しい家の主人は金持ちで、新生活を楽しんでいる獅子丸。しかし、獅子丸が入れ替わっていることに気付いたハットリくんは獅子丸を連れ戻そうとするのだが…。
トゲ次郎が三葉家にやって来てからケン一達はトゲ次郎に夢中。みんなに構ってもらえなくなった獅子丸は、トゲ次郎のように超能力を使えるようになってみんなの気を引こうと考える。そんな獅子丸をかわいそうに思ったハットリくん達は、獅子丸の願いを叶えるために超能力を実現させることに。
夢子ちゃんもお気に入りのトゲ次郎に対抗して、「超能力サボテンを持っている」と見栄をはってしまったケムマキ。そして、ケムマキは影千代をサボテンの「影次郎」に変身させて、夢子ちゃんやケン一達に披露することに。そして、静電気で光る能力を見せた影次郎は、夢子ちゃんに気に入られ、数日間夢子ちゃんの家に預けられることになったのだが…。
夢子ちゃんから花をプレゼントされ大喜びのケン一だったが、その様子を見ていたケムマキに夢子ちゃんの花と忍者花をすり替えられてしまう。愛情を込めて育てるケン一だったが、１日で家中に根を伸ばした忍者花の臭いにおいで三葉家は大混乱。ケムマキの仕業だと見破ったハットリくんは、仕返しをすることに。
打倒ハットリくんを果たすべく、獅子丸に忍法「思い込ませ」をかけ仲間に引き入れたケムマキ。ハットリくんを神社の境内に呼び出し、獅子丸の「怒り火の玉」と影千代の「エレキャット」で一気にたたみかけるのであった。ハットリくんの命運やいかに?!
サボテン料理なるものを知ったケムマキは、トゲ次郎の前でケン一達にサボテン料理の事を話すことで、トゲ次郎にケン一達への不信感を抱かせることに。そして企み通りトゲ次郎を仲間に引き入れることに成功し、してやったりのケムマキ。しかし、影千代もまたトゲ次郎を食べてしまおうと考えていて…。
超能力でケムマキの悲鳴を聞いたトゲ次郎。ケムマキを心配したハットリくん達は、ケムマキが遊びに出かけたトンガリ山に向かう。足を岩に挟まれ動けなくなっていたケムマキは、ハットリくん達に発見されるのだが、敵に弱みを見せたくないケムマキは平気なフリをしてしまう。ケムマキの心中を察したハットリくんはこっそりとケムマキを助けることに。
夢子ちゃんが犬好きだと知ったケムマキは、影千代をクビにし、捕まえてきた野良犬を新しい弟子にすることに。新弟子を忍者犬にするため訓練するケムマキだったが、全くやる気の見えない新弟子。そんな状況の中で、ケムマキは夢子ちゃんに犬の訓練の成果を見せることになったのだが…。
町内のお祭りでフォークダンスを踊ることになったケン一のクラスは、毎日学校で練習をしている。いつも夢子ちゃんとのダンスの直前に授業が終わってしまい、夢子ちゃんと踊れないケン一は、ハットリくん達に不満をもらす。しかし、それがケムマキ達の仕業だと知ったハットリくんは、ケン一が夢子ちゃんと踊れるように協力することに。
日頃の勝負をゴルフで決着をつけることになったハットリくんとケムマキ。影千代の協力でイカサマをするケムマキに、実力と忍法で対抗するハットリくん。途中までの勝負は五分五分、はたして、どちらがゴルフ対決に勝利するのだろうか？
いつも身につけている赤いネッカチーフを失くしてしまった影千代。しかも、そのネッカチーフは元々高所恐怖症だった影千代が恐怖を克服するためにケムマキからもらった大事な守り布であった。事情を知ったハットリくんは、再発してしまった影千代の高所恐怖症を克服させるため、一肌脱ぐことにしたのだが…。
ドミノ倒しに夢中の夢子ちゃん。ハットリくんは、夢子ちゃんを楽しませるために家の家庭用品を使ったオリジナルのドミノ倒しを披露する。喜ぶ夢子ちゃんであったが、勝手に家庭用品を持ち出してしまったことで、ママに怒られてしまう。ハットリくんは、名誉挽回のため町中に張り巡らしたハットリ式ドミノを夢子ちゃんやケン一達に披露する。
芸を仕込んだカメレオンで夢子ちゃんの気を引くケムマキ。それを見たケン一は、ハットリくんにカメレオンに変装してもらい、夢子ちゃんに芸を披露することに。ハットリくんの変装を見抜いたケムマキは、探検家に変装してハットリカメレオンを捕獲しに訪れる。
伊賀流秘伝の忍者食を作ったハットリくん。しかし、三葉家のおいしい食べ物に慣れてしまったハットリくんは、まずい忍者食を食べられなくなってしまう。忍者の伝統を捨てきれないハットリくんは、なんとか忍者食を食べられるように修行を積むのだが…。
虫歯になってしまったハットリくんは、みんなにバレないよう、表情をごまかす忍法「二枚顔」で虫歯の痛みを隠そうとする。ハットリくんが虫歯になったことを知ったケムマキと影千代は、ハットリくんに恥をかかせるため、虫歯の痛みで泣いているハットリくんをビデオにおさめようとするのだが…。
伊賀でハットリくんの指南役だったじいが、ハットリくんの様子を見に三葉家に訪れる。礼儀作法にうるさいじいに叱られて納得のいかないシンゾウと獅子丸は、じいに決闘を申し込む。その様子を見たハットリくんは、漢方忍法「つぼ打ち」でじいの体を操り、手助けしようとするのだが…。
スキー場にやってきたケン一達。夢子ちゃんと二人きりになりたいケムマキは、影千代を使ってケン一をはぐれさせることに。しかし、山奥まで来てしまったケン一と影千代は、帰り道がわからなくなり雪山で遭難してしまう。ケン一と影千代の遭難に気付いたハットリくん達は、二人を探しにでかける。
道ばたで車にひかれそうなカエルを助けたハットリくん。カエルの飼い主からお礼の手紙が届き、三葉家を訪ねてくることに。ハットリくんはカエル嫌いを克服するためケン一に特訓を頼むのだが、実はその手紙はケムマキ達のイタズラであった。はたして、ハットリくんはカエル嫌いを克服することは出来るのだろうか？
ハットリくんはカエル恐怖症克服のため、自分に忍法「別人格」をかけることに。人格が一変して意地悪な性格になったハットリくんによって、ひどい目にあわされるケン一達。ハットリくんにまったく歯が立たないケン一達は、ケムマキと協力してカエルでお仕置きしようとするのだが…。
クラスでたったひとり、テストで100点を取ったケン一。翌日みんなの前でテスト用紙が返されるのをケン一が楽しみにしていることを知ったケムマキは、テスト用紙が返ってこないようにイタズラをすることに。
困ったことがあると「忍法でなんとかならない？」とハットリくんに頼むことがクセになっているケン一は、ハットリくんに悪いクセは治さないといけないと説教されてしまう。一方、ハットリくんも獅子丸に「ござる」が口癖だと指摘され、「ござる」と言うたびに罰金を払うことになったのだが…。
テストでいつも悪い点数をとってしまうケン一は、ケムマキからピラミッドパワーの話を聞き、自分もそのご利益にあやかろうとする。ケムマキからピラミッド型の帽子をプレゼントされたケン一は、その帽子を被りウキウキしながらテストに挑むが、もちろんそれはケムマキのいじわるで…。
生徒会長に立候補したケン一。みんなにちやほやされるケン一が気にくわないケムマキは、立候補を諦めさせるために大変な公約をさせてひどい目にあわせる。ケムマキの悪行を知ったハットリくんは、ケムマキをおだてて生徒会長に立候補させ、お仕置きすることに。
外が寒くて部屋にこもってばかりいるケン一とシンゾウ、獅子丸はママに外で遊ぶように怒られてしまう。それでも外に出たくないケン一達は、外で遊ぶフリをして忍法「土とんの術」で地下に秘密基地をつくる。事情を知ったケムマキと影千代は、ケン一達を追い出して秘密基地を乗っ取ってしまう。
ケムマキによってガマの油を傷に塗られアレルギーが発症してしまったハットリくん。さらにケムマキと影千代は薬売りに化け、ガマの油アレルギーを治すと嘘をつき、追い打ちをかける。見事に症状が悪化してしまったハットリくんであったが、お父上の薬で回復し、ケムマキ達にお仕置きをすることに。
片足立ちのギネス記録に挑戦することになったハットリくん。記録達成を邪魔したいケムマキは、あの手この手でハットリくんの妨害をする。はたして、ハットリくんはギネス記録を達成することが出来るのだろうか？
ホワイト・デーに誰もお返しを持ってこないことに怒っている夢子ちゃん。その様子をたまたま見ていたハットリくんは、クラス中の男子になりすまして夢子ちゃんにお返しをすることに。ハットリくんに先を越されたケムマキは、ハットリくんが渡したクッキーをすり替え、イタズラをしようとするのだが…。
おねしょをしてしまい落ち込んでいるハットリくん。ケン一は、ここのところ失敗続きだというハットリくんを慰めようと、ハットリくんの失敗談を聞くことに。いつの間にかシンゾウと獅子丸も集まり、ハットリくんの面白い失敗談に夢中になっていく。
文字や模様に吹きかければあっという間に消えたように見せかけられる甲賀秘伝の「カメレオンスプレー」を作り上げたケムマキは、寝ている獅子丸の額の獅子十字にスプレーをかけいたずらすることに。一方朝起きて獅子十字が無いことに気付いた獅子丸は、忍者犬の誇りである獅子十字を無くしてしまったと思い込み、ショックのあまり家出してしまう。
初めて食べたハンバーガーにハマってしまったハットリくんは、時間を見つけてはハンバーガーショップに通うようになる。ケン一達は家で食欲のないハットリくんを心配して尾行するのだが、ハットリくんがハンバーガーショップの店員と仲良く話している姿を見て、その女の子に会いにハンバーガーショップに通っていると勘違いしてしまう。
掃除当番中にケムマキと影千代のイタズラによって先生に怒られ、罰として廊下の掃除を一人で任されたケン一。ケン一の帰りが遅いことを心配して迎えに来たハットリくん達は、ケン一が楽しんで掃除を出来るように手伝うことに。
夢子ちゃんを遊びに誘ったケン一だったが、「女の子だけで秘密の遊びをするから」と断られてしまう。ハットリくんの忍法で身も心も女の子に変身したケン一とハットリくんは、秘密の遊びに参加するため夢子ちゃんの家に潜入するのだが…。
影千代の口車に乗せられて、「たった８日で実が出来る」という柿の種を大事なちくわと交換した獅子丸。さっそく柿の種を庭に埋めた獅子丸だったが、翌日ちゃんと芽が生えていて大喜び。しかし、これは影千代がすり替えたカイワレ大根の芽だった。柿の芽が偽物だと気付いたケン一達は、影千代を騙し返すことにする。
おねしょをしてしまったハットリくんは、布団を乾かしていたところをママに見つかってしまう。しかし、ママはシンゾウがおねしょをしたのだと勘違いしてしまう。おねしょの犯人を名乗り出れなかったことを反省したハットリくんは、何があっても口をきかない修行「無言の行」で自分の未熟な心を鍛え直すことにしたのだが…。
忍法でママの手伝いをして頼りにされているハットリくん。ママにハットリくんと比較されて気にくわないケン一は、ハットリくんに当分忍法を使わないことを一方的に約束させる。しかし、ハットリくんは忍法を使わずにママの手伝いをこなしていく。そんな中、学校でケン一にピンチがおとずれる…。
１日だけ幼稚園の子供達の面倒をみることになったケン一とケムマキ、夢子ちゃん。幼稚園に憧れるシンゾウは、ケン一に頼み込んで一緒に連れて行ってもらえることに。ところが、避難訓練を本物の火事だと早とちりしたシンゾウは、間違えて園長先生に水をかけてしまい大失敗。しかし、その後本物の火事が発生する。
忍法「ムササビ」に代わる飛行忍法を研究するハットリくん。いろいろな方法を試してみるが、一度も上手くいかない。しかし、ケムマキによって、「ハットリくんが自由に空を飛べる忍法を会得した」と嘘を言いふらされてしまう。そんなケムマキを一泡吹かせるため、ハットリくんはシンゾウと獅子丸と協力して空を飛ぶ新忍法を披露する。
庭で新しいわらじを編むハットリくん。その様子を見たケムマキは、ハットリくんが目を離しているすきにわらを燃やしてしまう。反省したフリをしたケムマキは、わらを燃やしたお詫びに革靴をハットリくんにプレゼントする。しかし、その革靴は水を吸うと縮んでしまう甲賀の特殊な皮で作られた革靴だった。
三葉家の電話を素早くとることで敏速性を鍛えているハットリくん達。話をきいたケムマキは、ハットリくんに敏速性で勝負を持ちかける。伊賀忍者はにぶいとバカにされたハットリくんはその挑戦を受けて立つことに。
忍法「先読み」を使い、先生の考えを予測してご機嫌をとるケムマキ。ケムマキの点数稼ぎが気にくわないケン一は、ハットリくんに忍法「先読み」を教えてもらうことに。翌日、練習してきた忍法「先読み」で先生のご機嫌をとろうとするケン一とハットリくんに、ケムマキは「先読み」勝負を持ちかける。
ケン一の日記帳を見つけたハットリくん。こっそりと読んでみると、日記の中身はママに怒られたことばかり。さらに読み進めてみると、ケン一はママにこれ以上小言を言わせないように、ママの弱みをつかもうとしていることがわかる。そのことを知ったハットリくんは、こっそりとママの失敗をフォローしてママの威厳を保とうとする。
獅子丸との対決で忍法「怒り火の玉」に完敗してしまった影千代。獅子丸に勝つため、影千代は静電気を利用した新忍法「エレキャット」を会得する。この新忍法に勝機を感じたケムマキは影千代と共にハットリくんに決闘を申し込む。
ひょんなことからジグソーパズルに夢中になったハットリくん。自分自身でオリジナルのものを作ったり、割れたツボをジグソーパズルのように組み立てなおしたり、ケン一達も感心するほど。それを聞いたケムマキは、ジグソーパズル対決を挑み、ハットリくんは校庭いっぱいのジグソーパズルを完成させるのだが…。
テストで悪い点数ばかりとっているケン一は、夢子ちゃんの前でケムマキにバカにされてしまう。たまたまテレビのマジックショーを見ていたケン一は、夢子ちゃんに良いところを見せるため、ハットリくんの協力でロープに掴まって空を飛ぶ手品を披露する。しかし、手品のタネをケムマキに見破られてしまい…。
三葉家に、空に浮くほど軽い「飛び綿」が伊賀の里から届く。「飛び綿」を使って、忍法「飛び雲」のテストを受けることになったハットリくんは、さっそく「飛び綿」に乗ってみるのだが、何度やっても上手くいかない。ハットリくんに早く一人前の忍者になって伊賀の里に帰ってほしいケムマキと影千代は、ハットリくんの修行を手伝うことに。
学校でケムマキにバカにされ機嫌の悪いケン一。その様子を見たハットリくんは、むしゃくしゃした気持ちを晴らしてくれる忍法「堪忍袋」を伝授する。しかし、その忍法はハットリくんの考えたまやかし忍法であった。翌日もケムマキのイタズラによってひどい目にあわされるケン一であったが…。
オートバイに憧れるケン一。翌日、ハットリくんはケン一にポケバイをプレゼントするのだが、実は獅子丸が中に入ってポケバイを動かす仕組みになっていた。そのからくりに気付いたケムマキは、影千代をポケバイの中にいれて、ケン一にバイクレースを挑む。
トゲ次郎の「天から恐ろしいものがやってくる」という予言を聞いて、宇宙人が攻めてくると勘違いしたハットリくん。ハットリくん達は、ほら穴を掘って町中の人々を避難させる計画を立てる。一方、宇宙人の噂を聞いたケムマキ達も穴を掘ってシェルターを作ることを思いつく。同じ目的を持ったハットリくん達とケムマキ達は協力して穴を掘ることになったのだが…。
忍法「両手ぐるぐるまわし投げ」で火薬玉を投げ、ケムマキとの決闘に勝利したハットリくん。負けてしまったケムマキは、影千代と協力した新忍法を思いつく。再戦を申し込んだケムマキだったのだが、ハットリくんに返り討ちにされてしまう。ケムマキは、新忍法の弱点を改良し、またしてもハットリくんに戦いを挑む。
野生に目覚め、急に遠吠えを始めた獅子丸。遠吠えは忍者犬が成長した証なのだが、近所迷惑になるため、ハットリくんは穴を掘って地下に獅子丸の遠吠えを埋めてしまうことに。その後、なぜか町中の水道から獅子丸の遠吠えが聞こえるようになり、ケン一は学校で責められてしまう。しかし、その遠吠えはケムマキと影千代が仕掛けたイタズラだった。
ハットリくんを三葉家から追い出してやろうと企むケムマキは、手始めにケン一を味方につけ、そこから着々と三葉家に自分の信用を植え付けていく。そんなケムマキの企みを知ったハットリくんは、ママに変装してケムマキが三葉家に取り入るのを諦めるような理不尽なお願いを次々仕掛けることにする。
ひょんなことでケンカをしてしまったパパと小池先生は、授業参観日の授業中にも関わらず、火花を散らしている。そんな二人の様子を見たハットリくんは、二人を仲直りさせようとするのだが、ケムマキの邪魔が入ってしまい、教室は大混乱。はたして、二人は仲直りすることは出来るのだろうか？
ケムマキは、ケムマキ家で一番初めに忍者になった先祖「ケム吉」がケムマキ一族に向けて書いた手紙を発見する。その手紙を読んでみると、はたご屋の店主だったケム吉が忍者になったいきさつが書かれていた。そして、ハットリくん達の先祖によってケム吉のはたご屋をつぶされてしまった過去を知った、ケムマキと影千代は…。
ケン一が撮った「ハットリ忍法記録写真集」を盗み見した影千代。アルバムの中には、ケムマキがハットリくんに負けるシーンばかりが貼られていた。このアルバムの存在を知ったケムマキは、特撮忍法でハットリくんを打ち負かし、ハットリくんの失敗写真でアルバムを作ることを思いつくのだが…。
ハットリくんが新忍法「いつでもどこでも寝る方法」をケン一達に説明しているのを盗み聞きしていた影千代は、肝心なところを聞き洩らしてしまう。影千代から話を聞き、いつでもどこでもの先が気になるケムマキは、ひょんなことからその忍法が「いつでもどこでも女の子にモテる方法」だと思い込み、勝手に対抗を始める。しかしそれが、ハットリくんの新忍法完成への思いもがけぬヒントになるのだった。
ケン一達が「冬眠したい」と話していることを知ったケムマキは、三葉家を冬眠させて、夢子ちゃんを独占することを思いつく。ケムマキは忍法で三葉家に暗示をかけて冬眠させることに成功したのだが、ケムマキのイタズラに気付いたハットリくんだけは暗示がかかったフリをしていた。ハットリくんの反撃が始まる！
ハットリくんに勝負を挑んだツバメちゃんとシンゾウと獅子丸は、三人がかりにも関わらず、手も足も出せずに負けてしまう。三人同時に打ち負かしたハットリくんは、どこか自慢気。そんなハットリくんの横柄な態度に怒った三人とケン一は、ケムマキと影千代にも協力を得て、再びハットリくんに勝負を申し込んだのだが…。
今日は四年に一度の伊賀忍者の休日ニンニン記念日。ハットリくんはツバメちゃんとデートを楽しむことに。そうとは知らないケムマキは、必死にハットリくんに決闘を申し込むも全く相手にされない。ハットリくんのあまりに無頓着な様子を見て、すっかり堕落してしまったのだと思い込んだケムマキは、頃合いを見計らって決着をつけに行くのだが…。
PTAで「ケン一は、甘えん坊で人に頼りすぎる」と言われたママは、ケン一に小言をもらす。シンゾウと獅子丸にもバカにされて怒ったケン一は、家を出て独立することに。ハットリくんの協力で独立生活を始めたケン一は、夢子ちゃんにも見直され上機嫌。しかし、その様子を見たケムマキと影千代が、ケン一達の独立生活の邪魔を計画する。
忍法「しぐさ読み」でパパの心を読み、欲しい物を言い当てたツバメちゃん。その様子を見ていたケン一も、見よう見まねの「しぐさ読み」でケンカしていた夢子ちゃんと仲直りをすることに成功する。その話を聞いたケムマキは、夢子ちゃんに変装し、ケン一に忍法を教わるフリをしてイタズラをすることに。
連日学校に遅刻のケン一にさらに恥をかかせてやりたいケムマキは、トゲ次郎の超能力を使って学校にテレポーテーションすればいいと嘘の情報を教えることに。ケムマキに乗せられすっかりテレポーテーションできると信じ込んだケン一は翌朝、いつにも増してのんびりしてしまう。
夢子ちゃんに呼び出されて、人形の写真を撮らされているケン一は、夢子ちゃんのお気に入りの人形をうっかり壊してしまう。ケン一のピンチを察して駆けつけたハットリくんは、ケン一が外で夢子ちゃんの気を引きつけている間に、人形を元通りに治すことに。しかし、ケン一のピンチに気付いたケムマキも駆けつけ、ハットリくんとケン一の邪魔をする。
トゲ次郎の超能力で古墳を探しだし、有名人になることをもくろむケン一。その話を聞いた、ケムマキは影千代と偽の古墳でケン一達をだますことを思いつく。ケン一達は、見事にだまされ、小池先生や夢子ちゃんに自慢して大恥をかく。ケムマキ達の仕業だと気付いたハットリくんは、ケムマキ達をだまし返してお仕置きをすることに。
いつも学校に遅刻し、給食を食べるのも遅いケン一は、夢子ちゃんに「ノロマな人は嫌い」と言われてしまう。ケン一はハットリくんに相談し、ビデオのように動きを早送り出来る忍法「ビデオ操り」をかけてもらう。忍法を使い、体育でも大活躍のケン一だったが、ケムマキに忍法を見破られてしまう。
流れ星を追いかけていたケン一達は、流れ星が落ちた場所でたまたま乾布摩擦していた影千代を見て、宇宙人だと勘違いしてしまう。それを見ていたケムマキは、宇宙人のフリをしてイタズラを仕掛けることを思いつく。再び、影千代が変身した宇宙人に会ったケン一は、ちくわをお供えする代わりに写真を撮らせてもらう約束をするのだが…。
影千代の忍法「エレキャット」の静電気を普通の電気に変える機械を発明したケムマキ。ケムマキと影千代は、この機械を使い町の人々のために節電のボランティアをすることに。しかし、ケムマキは徐々にお駄賃目当てで電気サービスを行うようになる。お駄賃のためにこき使われる影千代を助けるため、ハットリくんはケムマキにお仕置きをする。
柔道の初段をとった夢子ちゃんと試合をしたいケン一とケムマキは、勝負で勝った方が夢子ちゃんと手合わせ出来ることに。ケン一はケムマキに勝てるようにハットリくんに協力をお願いする。そして、ハットリくんの協力で勝利したケン一は、夢子ちゃんと試合出来ることになったのだが…。
ハットリくんから忍法「分身」の修行をつけてもらうシンゾウと獅子丸。分身ができず、おまけに最近太ったのでは？とハットリくんに言われ困った獅子丸は、影千代に分身になってもらうようお願いをし、イカサマで忍法「分身」を完成させる。後日、忍法をみんなの前で披露することになった獅子丸は、再度影千代に分身を手伝ってもらうのだが…。
夢でトゲ次郎に脅かされ怖くなったケムマキは、ハットリくんが留守の間にケン一達を騙しこんでトゲ次郎を砂漠に送ってしまおうとする。そんな中帰ってきたハットリくんは間一髪のところでトゲ次郎の砂漠行きを阻止し、嘘をついて皆を欺いたケムマキに仕返しすることにする。
伊賀忍法の中でも難易度の高い新忍法「気合い砲」を会得したハットリくん。その噂を聞きつけたケムマキと影千代は、ハットリくんの新忍法を見学することに。ひょんなことから新忍法の弱点を発見したケムマキは、その弱点をついてイタズラを仕掛ける。
新忍法「神かくし」を編み出した副作用で丸い物が怖くなってしまったハットリくん。ハットリくんが円形恐怖症で部屋から出られないことを知ったケムマキは、ケン一に家の中から丸い物を全て出してしまうことを提案する。そして、ケムマキはケン一達が丸い物を運び出したすきに巻物を盗み出し、忍法「神かくし」の修得に成功したのだが…。
何をしても三日坊主のママはハットリくんに忍法を習うことにしたのだが、ハットリくん達はすぐにこりて諦めると考えていた。しかし、その噂を聞きつけたケムマキと影千代は、バレないようにママを手助けしてハットリくん達を驚かせる。
貧乏ゆすりがクセになってしまっているケン一。ケムマキと影千代はケン一の貧乏ゆすりを利用してイタズラを仕掛け、ケン一に恥をかかせる。そして、ケン一とケムマキは夢子ちゃんの家にジグソーパズル作りを手伝いに行くのだが…。
アメリカにいる忍びの博士からトゲ次郎の考えていることが判る「トゲトゲ超能力テレビ」が送られてきた。早速トゲ次郎に取り付けてみるがいまいち効果がわからない。そんな中、ケムマキとの一悶着で伊賀から届いた巻物を失くしてしまったハットリくんは、巻物がどこにあるかをトゲ次郎にイメージしてもらい、テレビに映し出してもらうことにする。
ケン一がテストで満点をとれるはずがないと思っているハットリくん、シンゾウ、獅子丸は、悪ノリでそれぞれがとある約束をケン一と交わす。その一連の取り決めを盗み聞いていたケムマキは、ケン一のテストを百点に細工し、ハットリくん達が屈辱的な約束を果たす姿を見てやろうと企む。
公園で缶ケリをして遊ぶケン一達。しかし、ハットリくんが強すぎて勝負にならない。そこで、全員がハットリくんに変装することで、鬼役のハットリくんが不利な状況で遊びを続けることに。一方、ハットリくん自身はケムマキに変装する。そんなところに、「自分そっくりのドッペルゲンガーと出会ったら死んでしまう」という本を読んだばかりのケムマキが通りかかり…。
家で布団を干しただけで「おねしょだ」といじめっ子にからかわれている友達を見かけたケン一。いじめられるのが嫌なケン一は、ママが干した布団をシンゾウと獅子丸に別の場所へ移すようお願いする。こっそりと布団を移動させようとする２人だったが、ハットリくんやママに見つかり上手くいかない。そんな時、ケン一といじめっ子が家に帰って来る。
夢子ちゃんの気を引くため、ピンク色に部屋を模様がえをしたケン一。その噂を聞きつけたケムマキは、ケン一の部屋の色を塗り替え、模様がえを台無しにしてしまう。その様子を見たハットリくんは、ケン一に対抗して部屋の模様替えを始めたケムマキにお仕置きをする。
夢子ちゃんに物置のすす払いとペンキ塗りを頼まれたケムマキ。面倒な作業に気が乗らないケムマキは、忍法でケン一に作業させてしまうことを思いつく。ケン一に仕事を押し付けて、手柄を独り占めしようとするケムマキだったが、その様子を見たハットリくんはケムマキにお仕置きをする。
忍法「エレキャット」の使い過ぎで元気がなくなってしまった影千代。ケムマキは影千代を治そうと甲賀の妙薬を塗るのだが、それでも影千代の体調は治らない。元気のない影千代を見かねたハットリくんは、伊賀の妙薬の作り方をケムマキに教えるのだが、罠だと勘違いしたケムマキは真逆のレシピで妙薬を作ってしまう。
「目の大きな男の子が素敵」と夢子ちゃんが話しているところを聞いたケン一とケムマキ。ケムマキはケン一をからかうために、目を大きくする甲賀の秘伝書があると嘘をつく。その話を信じたケン一は、秘伝書の方法を実践するのだが全く効果はあらわれない。そこでハットリくん達は、ケン一の願いを叶えるため忍法「お目々パッチリ」をかけることに。
伊賀流「巴投げ」という難易度の高い技を身につけたシンゾウは、喜びのあまり、町の人々に技をかけてまわる。獅子丸から事情を聞きつけたハットリくんは、人に迷惑をかけるシンゾウを探しだし、お仕置きをすることに。
体育でケムマキと相撲対決をすることになり、浮かない顔のケン一。話を聞いたハットリくんは、忍法「猪突猛進」で赤い物を見ると突進する暗示をケン一にかけることに。ケン一はケムマキの赤いまわしに突進し、見事勝利する。しかし、ケン一の様子からハットリくんの忍法を見破ったケムマキは、ケン一に仕返しをするため、再戦を申し込んだのだが…。
女の子が落としたハンカチを拾ってあげたハットリくん。一緒にいたツバメちゃんはハットリくんの顔が赤くなったところを見て、ハットリくんがその女の子に恋をしたと勘違いしてしまう。ツバメちゃんはシンゾウと獅子丸に協力をお願いし、ハットリくんの気持ちを確かめることに。
学校の発表会で「アリとキリギリス」を演じることになり、ケン一とハットリくん達はアリ役を、ケムマキと影千代はキリギリス役を引き受ける。しかし、芝居をシミュレーションしてみると、地道に働いたケン一達の蓄えはケムマキ達に奪われてしまうが、奪われたケン一達も黙っていない。こうして、物語は忍法対決に発展していく。
勝手に夢子ちゃんの服を着ているところを夢子ちゃんに見つかってしまったケムマキ。すっかり夢子ちゃんに嫌われてしまったケムマキは、ショックで旅に出ようとする。しかし、事情を知ったハットリくんと小池先生は、ケムマキを立ち直させるため女装をしてケムマキを慰めようとするのだが、その姿を夢子ちゃんと愛子先生に見られてしまう。
まるで人が変わったように、何をされても怒らないケムマキ。それを、穏やかな心をつくる忍法「悟り」の修行だと勘違いしたハットリくん達は、ケムマキにイタズラをすることで修行の手伝いをする。しかし、ケムマキの落とした巻物を読んでびっくり。ケムマキの修行は忍法「悟り」ではなく、怒りをエネルギーに変える「ガマンパワー」という強力な忍法だった。
愛子先生にお寺の早朝座禅に誘われた小池先生。しかし、早起きが苦手な小池先生はハットリくんに起こしてもらうことに。事情を知ったケムマキは、ハットリくんの信用をなくさせるため、先生に化けて遅刻させることに。そうとは知らず、先生を起こしに来たハットリくんだったが、先生に化けたケムマキは一向に起きる気配がない。
忍法「目にもとまらぬ早技」を修行中のハットリくん。早技で手伝いをしてくれるハットリくんにママは大助かり。全てのことを早技で終わらせてしまうハットリくんは、朝食の用意からパパの出勤の手伝いやママの家事の手伝いまでこなし、ママは何もすることがなくなってしまう。
甲賀忍者の同人雑誌に少年忍者として特集されたケムマキと影千代。夢子ちゃんに自慢したいケムマキなのだが、自分の正体が知れわたってしまうと甲賀忍者を破門されてしまうため、複雑な思いを抱いていた。しかし、影千代が雑誌を持ち出し、本屋に忘れてきてしまったことで、夢子ちゃんに正体がバレそうになってしまうのだが…。
どんなにテスト勉強しても全く覚えられないケン一。カンニングまでしようとしていたケン一を見かねたハットリくんは、文章を絵に置き換えて暗記する忍法「早見記憶法」を伝授することに。はたして、忍法「早見記憶法」を使い、テスト勉強をしたケン一は、テストで良い点を取ることが出来るのだろうか？
もうすぐ誕生日のハットリくん。ケン一達は、ハットリくんにプレゼントをあげたいのだが、お小遣いが足りない。そんな時、たまたまサイフを拾ったケン一達は、そのお金でハットリくんにふんどし用の布をプレゼントする。しかし、そのサイフは夢子ちゃんが落としたものであった。ケン一達は、夢子ちゃんに正直に謝ることにしたのだが…。
三葉家で伊賀の忍びうどんをふるまうことになったつばめちゃん。腹ぺこのケン一達であったが、「うどんが出来上がるまでにあと３時間はかかる」とつばめちゃんに言われてしまう。我慢の限界を迎えたケン一達は、間食しようとするのだが、つばめちゃんに阻止されてしまう。
明日は、「おみやげ魔」と呼ばれるほど気前の良いケン一のおじさんがやって来る。ケン一は、いつも乗っていた自転車が壊れてしまったため、新しい自転車をおじさんに買ってもらおうと考えていた。しかし、そのことを知らないハットリくんは、自転車を修理してしまう。ケン一は、シンゾウや獅子丸と協力し、再び自転車を壊そうとするのだが…。
ケン一を怖がらせてやりたくなったケムマキは、ママに変装して家に潜入し怖がらせるタイミングをうかがうことにする。しかし、いつもとは様子が違うママを不審に思ったハットリくん達によって返り討ちにされてしまう。
学校新聞に載せる写真を撮ったケン一とケムマキだったが、ケムマキのイタズラでケン一の写真は失敗だらけ。ケン一は名誉挽回のため、小学生写真コンテストに応募することに。そして、ケムマキ達のイタズラに気付いたハットリくんは、ケン一に対抗してコンテストの写真を撮り始めたケムマキにお仕置きをする。
夢子ちゃんから鳩の卵を預かったハットリくんは、卵が孵化するまで大切に守ることにする。そんな中、卵を奪ってハットリくんの信用を台無しにしてやろうと、ケムマキがあの手この手で邪魔しに入る。
ハットリくんの留守中に影武者を任された獅子丸。ハットリくんになりすまし、見事に影武者をつとめた獅子丸だったが、ケムマキと影千代にはハットリくんの不在を気付かれてしまう。そこで、ケムマキ達は学校新聞の取材とし称し、みんなの前で影武者の正体をあばこうとするのだが…。
学校で優等生を演じるケムマキはストレスがたまっていた。そこでハットリくんになりすまし、思う存分イタズラすることに。ケムマキの狙い通り、罪を着せられてみんなから責められたハットリくんは、あちこちでイタズラして回っている自分の偽物を探し出し、お仕置きする。
人を疑うことを知らず、いつもケムマキに騙されてばかりいるケン一は、ハットリくんに忍法で用心深い性格に変えてもらうことに。しかし、忍法「疑心暗鬼」で誰も信じられなくなったケン一は、部屋に立てこもってしまう。みんなからケン一を元に戻すように求められたハットリくんは、ケン一にかかった忍法を解いたのだが…。
サッカーで怒りんぼうじいさんの家の植木を割ってしまったケムマキは、その罪をケン一になすり付けて逃げてしまう。代わりに怒りんぼうじいさんに叱られてしまったケン一は、ハットリくんに相談し、忍法「電報クイズ」を使ってケムマキにお仕置きをすることに。
みんなの前で忍法「脱出」を成功させたハットリくんは、ケムマキに勝負を挑まれ、ケムマキが用意した箱から脱出することに。しかし、箱の仕掛けを忍者道具でかいくぐったハットリくんは、またしても脱出を成功させる。脱出方法を見抜いたケムマキは、道具が使えないようにハットリくんを裸にして、再度ハットリくんに挑戦する。
ものぐさなケン一は、自分が楽をするためのグッズを発明する。そんなケン一を見かねたハットリくんは、ケン一にパパやママの役に立つものを発明することを提案する。そして、ハットリくん達の忍法を応用した発明品を考えたケン一は、ケムマキを発明の実験台にすることに。
太ってしまったことを気にするママは、シェイプアップをすることに。運動が苦手なママは断食で痩せようとするのだが、無理がたたって倒れてしまう。そんなママを心配したケン一達は、断食をやめさせるためにある作戦を決行する。
テレビドラマの優しいお兄さんや弟のシンゾウに優しいハットリくんの姿を見て、お兄さんを欲しがるケン一。優しい兄を持ってただ得をしたいというケン一の甘い考えを見抜いたハットリくんは、三葉家のみんなやケムマキに協力をお願いし、兄弟の現実を見せてケン一の目を覚まさせることに。
ケン一達がこっそり裏山に埋めたはずの悪い点数のテストを、影千代のスパイ活動によって掘り起こされ、ケン一はママに怒られてしまう。ケムマキ達の少々度が過ぎるイタズラに、ハットリくん達は影千代に嘘の情報をスパイさせお仕置きすることに。
体調を崩してしまった夢子ちゃんのカナリアを治す約束をしたケン一。カナリアの容態が気になる夢子ちゃんだったが、その日はピアノの発表会。ケン一は忍法「のろし」でカナリアの容態を夢子ちゃんに伝えることを思いつく。一方、ケムマキ達もケン一達より先にカナリアの容態を花火で伝えようとしていた。
ハットリくんの忍法で犬に変身して、夢子ちゃんと一緒にお風呂に入ろうとたくらむケン一。しかし、その真意をハットリくんに見透かされてしまう。一方、ケムマキは忍法「犬変化」でハットリくんにイタズラをしようとしていたのだが、ひょんなことで夢子ちゃんの家で飼われることになってしまう。
ケン一の宿題の忘れ物を見つけ、届けに行こうとするハットリくん。しかし、ハットリくんはその姿をママに見つかり、「忘れ物を届けるのはこれで最後にしてね」と言われてしまう。宿題の忘れ物は無事に届けることが出来たハットリくんだったのだが、ケン一はさらに体育館履きを忘れてしまっていた。
ハットリくんが発明したすごろくゲームで遊ぶケン一達と夢子ちゃん。仲間はずれのケムマキ達は、ハットリくんのすごろくに細工をしてイタズラすることに。ケムマキの狙い通り、偽のすごろくの内容に夢子ちゃんは大激怒。ケムマキの仕業だと気付いたハットリくんは、忍法「すごろく作戦」でケムマキをお仕置きすることに。
普通の猫の生活に憧れる影千代は、いつも自分をこき使うケムマキとケンカをしてしまう。忍者猫をやめて普通の猫に戻ろうとする影千代だったが、ケムマキはそれを許さない。ケムマキから逃げ回る影千代だったが、ひょんなことでケムマキがピンチになってしまう。その時、影千代がとった行動とは…。
夢子ちゃんに忍法「飛び綿」で雲の上に乗せてあげる約束をしたケン一。一方、それを見ていたケムマキは、夢子ちゃんになりすましイタズラをすることを思いつく。しかし、ハットリくんは空中でわがまま放題の夢子ちゃんの正体を見破る。
電車で人の動きに気を取られて切符をなくしてしまったハットリくんは、ママやケン一達に電車が苦手なことをバカにされてしまう。そんなハットリくんであったが、ひょんなことからパパと電車に乗ることに。またしても電車内の人の動きが気になってしまうハットリくんは、忍法「見聞き封じ」で何も見ないようにしたのだが…。
ハットリくん達の忍者用の地図を見ていたケン一とシンゾウ、獅子丸。ケン一達は、その地図の中にハットリくんが付けた「マル秘」印を見つける。「マル秘」印をハットリくんのかくれ家だと勘違いしたケン一達は、かくれ家探しに出かけるのだが…。
「氷の彫刻展」で優勝した小池先生は、次の作品にケン一とケムマキ、夢子ちゃんをモデルにすることに。見事な彫刻を作り上げた小池先生だったが、氷の中に夢子ちゃんの大事な指輪が入り込んでしまっていた。事情を聞いたハットリくん達は、指輪を取り戻すために氷の彫刻をすりかえようとするのだが…。
ハットリくんの忍法をビデオで研究し、ハットリくんの攻略法を発見したケムマキ。その攻略法とは、ハットリくんを太らせて動けなくさせてしまうというものだった。早速、夢子ちゃんやつばめちゃんやママに変装し、ハットリくんに次々と食べ物を差し入れるケムマキ達。しかし、その真相に気付いたハットリくんは…。
忍法「飛び綿」を使った郵便飛行船で、夢子ちゃんに荷物を届けるハットリくん。たまたま、その郵便飛行船を見かけたケムマキ達は、郵便物にイタズラをすることに。夢子ちゃんはその郵便の中身に大激怒。そして、ケムマキ達のイタズラに気付いたハットリくん達は、郵便飛行船を使ってケムマキ達にお仕置きする。
テレビドラマの賢い犬と比較され、三葉家でバカにされる獅子丸だったが、ハットリくんは獅子丸は優秀な家柄のエリート忍者犬だと説明する。その話を知って調子に乗る獅子丸は、ケムマキ達の口車に乗せられどんどん態度が大きくなってしまう。図に乗った獅子丸に未熟な実力を思い知らせてやろうと考えていたケムマキだったが…。
授業参観で親がいることを羨ましく思ったケムマキは、ケン一のママを自分のママにしたいと企む。そこで、ケン一のママに甲賀秘伝の「忘れ粉」を仕込みケン一の事を忘れさせ、さらに忍法「思い込ませ」で自分の子はケムマキだと思い込ませることにする。
愛子先生の前だと緊張で話せなくなってしまう小池先生は、ハットリくんに度胸が出る忍法をかけてもらい、愛子先生にプロポーズをすることに。一方、愛子先生に憧れているケムマキは、その計画を知り小池先生の邪魔をしようとする。はたして、小池先生は無事に愛子先生にプロポーズすることは出来るのだろうか？
姿が見えなくなるほど早く動く忍法「つむじ風」の修行をするケムマキ。影千代の嘘で忍法「つむじ風」を修得したと勘違いしたケムマキは、さっそくその忍法を使い、町中でイタズラを始める。ケムマキのイタズラに気付いたハットリくんは、ケムマキに未熟な忍法だとわからせようとする。
「夢子ちゃん以外の女の子は家に呼んだことがない」と夢子ちゃんの機嫌をとるケン一。そんな時、家にケムマキが変装したかわいい女の子が来る。女の子にデレデレのケン一だったが、夢子ちゃんも家に来ることを思い出し、女の子の存在がバレないようにハットリくん達に協力をお願いするのだが…。
テストで悪い点をとってしまったケン一は、ママに怒られ、罰として日曜日は家で一日中勉強するように言われてしまう。しかし、日曜日に夢子ちゃんと映画を観に行く約束をしていたケン一は、ハットリくんにケン一の身代わり人形を作ってもらうことになるのだが、はたしてうまくいくのか?!
夢子ちゃん家のお泊り会に入れてもらったケン一とケムマキ。しかしケン一はケムマキのいたずらでひどい目に遭ってしまう。様子を見に来たハットリくんは、ケン一が仲間はずれにされていることを知り、ケムマキにお仕置きをすることを決める。
暗闇でも相手の姿を感じとる、忍法「心の眼」の修行で目隠しをして生活を始めるハットリくん。その様子を見て悪だくみをしたケムマキと影千代にひどい目にあわされてしまう。まだ忍法を修行中のハットリくんは、とっておきの裏忍法「心の眼」で反撃に出る。
ハットリくんを伊賀の里に帰す方法を思いついたケムマキ。その方法とは、ケン一の一人立ちしたいという気持ちをあおり、ケン一の忍法「おがみたおし」でハットリくんが伊賀に帰るようにお願いさせるというものだった。そして見事に作戦が成功し、ハットリくんは伊賀に帰ることになったのだが…。
早とちりでケン一の誕生日プレゼント選びに参加してしまったケムマキは、あげるプレゼントを決めるあみだくじでラジコンを選んでしまう。そこで、ただでプレゼントをあげたくないケムマキはケン一にもひもくじ引きをやらせ、はずれを狙わせることにする。
せっかくやった宿題を工事中のローラーに踏みつぶされてしまったケン一。小池先生に事情を説明するも、まったく取り合ってくれない。しかしケムマキが目撃者として証言してくれ、ケン一はケムマキに対して強い友情を感じる。しかし、これも伊賀の密書を盗み出すためのケムマキの作戦だった。
忍び蜂の羽音を利用して暗示をかけ、忍法「ブンブンあやつり」でハットリくんを伊賀に帰そうとするツバメちゃん。あやうく忍法にかかりそうになったハットリくんだったが、間一髪で我に返る。その様子を見ていたケムマキは、忍び蜂の羽音を分析し、強化版「ブンブンあやつり」でハットリくんを里に帰そうとするのだが…。
テニスの試合でケン一に圧勝したケムマキだったが、ケン一に「ハットリくんには勝てない」と言われてしまう。しかし、ハットリくんが湯上がり美人に弱いことに気付いたケムマキは、女子寮裏のテニスコートでの試合をハットリくんに申し込む。はたして勝負の行方は?!
雷を利用し、岩をもくだく忍法「イナズマ切り」の修行をするハットリくん。一方、ケムマキ達は雷小僧に変装し、ハットリくんのへそをとるというイタズラをする。見事にだまされてしまったハットリくんだったが、ケムマキの仕業だと気づき反撃に出る。
サバイバル障害物レースに参加することになったケン一とケムマキ。しかし、ケン一の足の遅さを見かねたハットリくん達は、忍法「火事場の馬鹿力」でケン一の恐怖心をあおり、ケン一の眠っている力を引き出すことにしたのだが…。
ハットリくんが家に来てから、「自分が家族から必要とされていない」と勘違いしてしまったパパ。そんなパパの様子に違和感を感じ、忍法「心読み」でパパの気持ちを知ったハットリくんは、バレないようにパパを手助けして自信を取り戻させることに。
犬嫌いな客が三葉家に来ることになり、パパとママから一日外出しているように言われた獅子丸。しかし、ハットリくんは、獅子丸を家の中に隠れさせ、忍者として気配を絶つことが出来るか試験することを提案する。はたして、獅子丸はバレずにうまくやり過ごすことが出来るのだろうか？
ハットリくんの修行に身が入らないようにするため、ツバメちゃんを三葉家で同居させるという作戦を考えたケムマキ。暗示をかけたママにツバメちゃんを引き止めさせ、三葉家にしばらく泊まっていくことが決まり作戦は大成功。しかし、ケムマキの企みに気づいたハットリくんはある作戦を実行する。
「空飛ぶほうきで空を飛んでみたい」という夢子ちゃんの願いのために、それぞれほうきで空を飛ぶ方法を考えているケン一とケムマキ。ケン一はハットリくんの手助けを得て、ケムマキは試行錯誤の末、ほうきで空を飛ぶ方法をあみ出したのだが…。
甲賀忍法「眠りあやつり」が効き過ぎて、三日三晩眠り続けているというケムマキ。そして、ケン一はケムマキを起こすために甲賀の隠れ谷のお目覚め草を採りに行くことになる。しかし、これも明日の夢子ちゃんとのピクニックを二人きりで行くためのケムマキの演技であった。
ハットリくんに頼んで、忍法でドッジボールに当たらないようにしてもらったケン一。その方法とは、「鉄の水」をぬりこんだボールをハットリくんが強力な磁石棒であやつるというものであった。当たらないボールの仕組みに気付いたケムマキと影千代は、用意した巨大な鉄板でハットリくんの磁石棒の動きをふうじることに。
何かにつけて小池先生から叱られてしまうケン一は、自分が目立たなくなる忍法「風林花山」をハットリくんから教えてもらう。しかし、ケン一が忍法の修行をしていたところをケムマキ達にをからかわれてしまう。ハットリくんは、忍法「風林花山」を使いケムマキ達にお仕置きすることに。
夢子ちゃんのためにホタルを見せようとするケムマキ。しかし、そのホタルの正体は蚊のお尻に蛍光塗料を塗っただけのもので、ハットリくんによってそのインチキをバラされてしまう。そして、ケムマキはハットリくんに仕返しをするため、「ハットリくんが本物のホタルを見せる」と嘘の情報を流しハットリくんを試そうとするのだが…。
一見普通に見える三葉家だが、実は忍者なのではないかと疑い始めたケムマキ。偶然が重なり、たまたま忍者の動きをしていた三葉家を目撃したケムマキは、ますますその疑惑を深める。完全に三葉家を忍者の家系だと誤解してしまったケムマキは、三葉家の秘密の巻物を盗み出そうとするのだが…。
１日をのんびり過ごしたいケムマキは、ハットリくんをだまし、忍法「取りかえっこ」で１日お互いの立場を交換することに。ケムマキは、ハットリくんになり代わり１日を満喫する。一方、ケムマキに変装したハットリくんは、慣れない学校生活で失敗ばかりしてしまう。
家の庭に咲いたひまわりを夢子ちゃんに届けることになったケン一。その様子を見ていたケムマキは、小池先生に変装してケン一を居残りさせることで、夢子ちゃんとの約束を妨害することに。事情を聞いたハットリくんは、ケン一の代わりにひまわりを届けることになったのだが…。
商店街の福引きでちくわの詰め合わせを当てた影千代。その様子を見ていた獅子丸は、影千代好みのギャル猫に変装し、ケムマキの家に潜入することに。見事影千代をだまし、目的のちくわにありつけた獅子丸。しかし、獅子丸が抜け出すタイミングを逃していると、ハットリくんがケムマキの家を訪ねて来る。
影千代との忍法の果たし合いを翌日にひかえた獅子丸は、忍法「エレキャット」に勝つための修行をしていたところ風邪を引いてしまう。名案も浮かばないまま当日を迎えた獅子丸だったが、鼻をかむティッシュが功をそうし、見事影千代の「エレキャット」を打ち破る。そして、すっかり自信を失くしてしまった影千代に、再びピンチがおとずれる。
ひょんなことで大ゲンカをしてしまったシンゾウと獅子丸。そんな二人を見かねたハットリくんは、仲直りをさせるために一芝居うつことに。その計画とは、クマに変装したハットリくんが、獅子丸を襲うフリをして二人の友情を確かめさせるというものであった。しかし、獅子丸は森で本物のクマに襲われてしまう。
体育祭で使う大事な応援旗を家に忘れてしまったケン一。しかも、今日はハットリくんが断食修行から帰ったばかりで動くことが出来ない。困ったケン一は、シンゾウと獅子丸に頼むことにしたのだが、影千代の妨害に合ってしまう。その様子を見かねたハットリくんは、忍法「風送り」で応援旗を風で学校に飛ばすことに。
ハットリくんにいつもいいとこ取りされて悔しいケムマキは、ハットリくんの忍法「うさぎ耳」を逆手にとっていたずらすることに。おかげでケムマキに一杯食わされてしまったハットリくんは、ならばとケムマキにも「うさぎ耳」が出来ると錯覚させ、ケムマキをだますことで仕返しをするのだった。
どうしても動物の言葉を知りたいケン一。ハットリくんにコツを教えてもらうもののなかなか覚えることができない。そんな中ケムマキに嘘のコツを教えられまんまとひっかかってしまうケン一であったが、ハットリくんが現れてケムマキにお仕置きをする。
授業中に居眠りをしてしまうケン一はハットリくんから「眠り止め」をもらう。その効果は強力で、おかげでケン一は居眠りをしなくなる。ケン一の急な変化を怪しく思ったケムマキは、それが古くから伊賀に伝わるひと舐めで頭の良くなる「知恵水」だと勘違いし、ケン一からだまし取るのだが…。
水の中で座禅を組む修行中のハットリくんのもとにやってきたケン一、ケムマキ、夢子ちゃん。感激する夢子ちゃんを見て、ケムマキは悔しさからハットリくんにイタズラを仕掛ける。そしてさらにハットリくんに負けたくないケムマキは、後日自分も水中座禅を披露すると言い出す。
夢子ちゃんとの写真撮影会に張り切るケン一。しかし出来上がったものはケムマキのイタズラで心霊写真になってしまっていた。嫌われると思ったケン一だったが、これを見た夢子ちゃんは大喜び。悔しいケムマキは今度は自分も撮ってほしいとせがむ。
夢子ちゃん家の庭木の手入れをすることになったハットリくん。それを知ったケムマキはハットリくんに甲賀秘伝の金縛り術をかけて作業の邪魔をしようとするのだが、その術は実はまるで効果がでないものだった。そうとは知らないケムマキのことを気遣って、ハットリくんのもとに影千代が相談にやってくる。
剣道ができると見栄を張ってしまったケン一は、夢子ちゃんの前でケムマキと勝負する約束をしてしまう。ハットリくん達とともにケムマキに勝つ方法を考えているうちに、ハットリくんがついに一つの必勝法を思いつく。はたしてその秘策とは？
鼻にケガをしてしまったケン一。誰にも言った覚えはないのに夢子ちゃんがその理由を知っていることに驚く。影千代とケムマキの仕業であることを突き止めたハットリくんは、逆にケムマキの行動を監視する策を打つ。
家で巻物の整理をしていたハットリくんは、ある巻物を見つけて慌てふためく。誰にも見られないうちに早く処分してしまいたいハットリくんだったが、その様子を怪しんだシンゾウ、獅子丸さらにはケムマキにまで追い回されてしまうことに。一体巻物の中身はなんなのか？
ケン一は学校で町中の猫が突然姿を消してしまったことを耳にする。猫さらいの仕業を疑ったハットリくん達は、獅子丸を猫に変装させ見張らせることに。夜になり、町中の猫がある場所へと向かっていくのを見た獅子丸は、夜な夜な影千代が町中の猫を呼び集めていることを突き止める。はたして影千代の目的とは？
夢子ちゃんとハットリくんが楽しそうにおしゃべりしているのを見て、ケン一はやきもちを焼いてしまう。それを聞いたケムマキは二人がより親しげに見える偽写真を作り、ケン一とハットリくんの仲を悪くさせることを思いつく。まんまとひっかかってしまったケン一に対し、なんとか誤解を解いたハットリくんはケムマキに仕返しをする。
ハットリくんがケン一の自由工作を手伝っているところに突然やってきた影千代。ケムマキとケンカしたというがどうにも怪しい。何を隠そう実はケムマキから命を受け、ケン一の自由工作を妨害しにきたのであった。みんなが寝静まった頃、いよいよ妨害を決行しようとする影千代だったが…。
予防注射を受けることになったシンゾウだが、実は注射が大の苦手。頭を悩ませていると、ケムマキに忍法で予防注射を受けたふりをすればいいと悪知恵を吹き込まれてしまう。意気揚々と予防注射に行くシンゾウを怪しく思ったハットリくんは、ひょんなことからシンゾウのズルを見破り注射を受けさせようとする。
ケムマキにそそのかされて図書館の本の整理を手伝うことになったケン一だが、ケムマキのいじわるのせいで大量の本を散乱させてしまう。これでは片付けが終わらないと途方に暮れているところに、ハットリくんが助けにやってくる。本を元の位置に戻すためにハットリくんが思いついた忍法とは？
ケムマキ、夢子ちゃんと一緒にスケートに行くことになったケン一。滑れないケン一はケムマキにいじわるされて簡単に転んでしまう。そんなケン一を心配して見守りに来たハットリくんは、こっそりと忍法で手助けをする。
パパとママに嘘をついて父親参観があることを隠してしまったケン一は、ハットリくんに協力してもらい嘘をつき通すことにした。なんとかパパとママに知られずに済むと思われた矢先、ケムマキにケン一の思惑がばれてしまう。ママに告げ口しに行こうとするケムマキを、ケン一は無事に阻止することができるのか？
ケン一のとっさについた嘘のせいで、ひょんなことからハットリくんは怪我で寝込んでいることに。ケン一の嘘に付き合うためしぶしぶ仮病をつかうハットリくんだったが、お見舞いに来たケムマキにいじわるされてしまう。やられてばかりではいられないハットリくんは、隙を突いて反撃に出る。
シンゾウと獅子丸に忍法「変わり身」を教えていたハットリくんは、ハンサムなお兄さんに変化しているさなか、道端で自転車とぶつかりそうになった夢子ちゃんを助ける。助けてくれたお兄さんのことが忘れられなくなってしまう夢子ちゃん。申し訳なくなったハットリくんは、真実を伝えるべく夢子ちゃんの家へ向かうのだが…。
夢子ちゃんを動物園に連れて行ったケムマキだったが、そのとき撮った写真をケン一にバカにされ悔しい思いをする。一方、今度はケン一が動物園にパンダの写真を撮りに行くことになった。大人気で人混みのパンダ園で、ハットリくんの力を借りていい写真を撮ろうとするケン一だが、またしてもケムマキが邪魔をしてくる。
野球の試合中に忍法「見切り」を偶然成功させたハットリくんは、術を完全に会得するためにケン一やシンゾウに手伝ってもらうことに。なかなか成功させることができないでいるところに、話を聞きつけたケムマキがやってきて自分も手伝うと言い出す。しかしケムマキの本心はカエルを使っていじわるをすることだった。
忍法「うさぎ耳」の修行をしていたハットリくんは、影千代の忍法「猫歩き」の前に敗れてしまう。「猫歩き」を打ち負かすべく、獅子丸に頼みこんで忍法「におい利き」の習得に励むハットリくん。一方で、ハットリくんを負かした「猫歩き」を自分も身につけたいと、ケムマキは影千代に教えを乞う。はたして両者の勝負の決着の行方は？
三葉家のもとに忍びの博士から嘘発見器が届いた。そんな時にママから夕食の招待を受けたケムマキは得意のおべんちゃらが使えなくなっては困ると、影千代にこっそり偽物とすり替えさせる。夕食中、嘘発見器がすり替えられていることに気付いたハットリくんは、忍法「草笛」を使ってケムマキにお仕置きをする。
愛子先生が学校をやめてしまうらしいという情報を耳にしたケン一達は、ハットリくんと協力して愛子先生を引き留めようとあの手この手を尽くす。そんな中、事の真相を知ったケムマキが急いでみんなのもとに駆けつけるのだが、そこではまさにハットリくんが最終手段として忍法「心変わり」を使おうとしていて…。
ハットリくんとケン一の仲の良さを学級新聞に載せたいと、夢子ちゃんとケムマキが取材のため家に泊まりに来た。二人の仲が悪いことを夢子ちゃんに見せたいケムマキは、皆が寝ている隙を狙って二人にイタズラを仕掛け、ケンカするよう仕向ける。
なにやらいつもとは様子の違うケン一。不思議に思ったハットリくんは、学校に忍びこんで様子を見ることに。身体検査があることに異常なほどの驚きを示すケン一を見たハットリくんは、医者に変装してケン一の正体を突き止めようとする。
今日は父兄参観日。先生に褒められるところをパパに見せたいケン一だったが、社長との将棋の予定があったパパは学校へ着くのが遅くなってしまう。いいところを見てもらえず、すっかり仲が悪くなってしまったケン一とパパを見かねたハットリくんは、二人を仲直りさせるため「ある策」を実行する。
伊賀から忍法「玉手箱」が届く。何が飛び出すかわからない危険なものであるために、ハットリくんは人気のない場所で開けることに。仕掛けを解き中身を取り出そうとした矢先、話を聞きつけたケムマキに奪われてしまう。なんとか無事に取り返したハットリくんだったが、いよいよ箱の中身を確かめようとすると…。
ママと夢子ちゃんが同じ美容院に行っていることを知ったケン一は、夢子ちゃんに好かれたい一心で通い始める。一方、それが気に食わないケムマキは、美容師になりすましてケン一にいじわるをする。それをケムマキの仕業だと気付いたハットリくんは、ケムマキを美容院へおびき出しお仕置きをすることに。
またしてもテストで悪い点をとってしまいママに叱られたくないケン一は、ハットリくんに忍法「木の葉隠れ」を教えてもらうことに。ママの目の前でうまく隠れることに成功したケン一だったが、そこに悪だくみをしたケムマキがやってきて…。
家で毎日自炊しているケムマキを心配して、夕食を作ってあげようとケムマキの家を訪れたママ。身の回りのことを何でもやってくれるママを帰したくないケムマキは、ママを引き留めることに。一方、ママの代わりに家事を任されていたハットリくんは、早くママが帰ってくるようにある忍法をかけるのだった。
創作舞踊の発表会の前に着物の帯が解けてしまった夢子ちゃんは、ハットリくんに助けを求める。ケムマキと影千代も駆けつけ試行錯誤の末、影千代を帯の結び目に代用することにする。無事発表会に間に合い夢子ちゃんの演技が始まるのだが、あがり症の影千代は観客の多さに耐えきれず…。
ケムマキに乗せられて、ママがPTA会長に立候補すると言い出した。なにがなんでも会長になってほしくないケン一は、シンゾウらとともにママが立候補を考え直すよう説得するがうまくいかない。とうとう立候補の届けを出しに行くママ。はたして阻止することができるのか？
クラスで「夕鶴」の演劇を行うことになったのだが、肝心な与ひょうの役が決まらない。困り果てた先生はハットリくんに与ひょう役をお願いする。自分が主役でないことに納得いかないケムマキは、ハットリくんにいじわるをして舞台を失敗させようと企てる。
弟想いの人が好きという夢子ちゃんのため、ケン一はハットリくんと立場を入れ替わることに。毎日シンゾウの面倒をみることにまんざらでもない様子のケン一は、このまましっかりとシンゾウの兄上役を果たすことができるのか？
男らしさを磨くことにしたケン一は、日頃から男らしさを意識するようになる。それを馬鹿にしたいケムマキは、逆にケン一を女っぽくしてやろうとたくらむ。隙をついて甲賀忍法「くノ一心」を使おうとするケムマキだが、そこにハットリくんが現れる。
クラスで春の写生会に出かけたケン一達。皆思い思いに写生にあたるなか、ケン一は途中で居眠りしてしまう。頑張るケン一を応援しにきたハットリくんはがっかり。見かねたハットリくんは代わりの絵を描くことにする。ようやく出来上がった矢先、ケムマキが邪魔に入ってくる。
近頃毎日楽しい夢をみると言う夢子ちゃん。夢の内容をどうしても知りたいケン一は、ハットリくんにお願いして忍法「夢盗み」をしてもらう。無事夢を読み取ることに成功したハットリくんは、ケムマキが盗み聞きしているのを察知し、ケムマキに嘘の内容を吹き込む。
夢子ちゃんの留守番に付き添うケン一とケムマキ。ケムマキを夢子ちゃんから遠ざけたいケン一は、ハットリくんに電話をして、先生を装いケムマキを呼び出してほしいとお願いする。しかしケムマキに企みを見破られ、逆にケン一が追い出されることに。そこでハットリくんは機転を利かせ、ある行動に出るのだった。
ケン一は夢子ちゃんから豪華客船洋上パーティの招待券をもらい大喜び。一方で面白くないケムマキは、一芝居打つことでケン一から招待券を奪うことに。まんまとケムマキにだまされてしまったケン一は、ハットリくんにお願いして券を取り返してもらうとともに、そんなケムマキにお仕置きをしてもらうことにする。
夢子ちゃんとケムマキの集めたコレクションを見て、自分も持ってると見栄を張ってしまったケン一。しかしケムマキにあっさりと見透かされ、やってもいない拓本をコレクションしていることにされてしまう。皆の前で見せることになり慌てたケン一は、どうにか拓本をとってきてほしいとハットリくんにお願いする。
夢子ちゃんのおばさんの飼い猫が入院してしまったことを聞いて、ケムマキは落ち込むおばさんのもとに影千代を連れていく。かわいがられるケムマキに対抗したいケン一は、獅子丸を猫に変装させる。しかし猫が獅子丸だと気付いたケムマキは、またしても悪知恵を働かせ、獅子丸をお風呂に入れようと言い出す。
ケムマキと魚拓の比べっこをすることになったケン一は、大物を釣ってやろうと意気込むが結局はケムマキに負けてしまう。しかしケムマキの魚拓がインチキだということを突き止めたハットリくんは、ケムマキを懲らしめるため、ある秘策を用意するのだった。
いくらサッカーの練習をしてもまったく上達する気配のないケン一は、体育のテストをなんとか乗り切るため、獅子丸にお願いしてサッカーボールになり変わってもらうことに。それを見抜いたケムマキは、そのボールが獅子丸であることを白状させるため、持って帰り様子を見るのだが…。
どんなことがあっても一切表情を変えないという忍法「面仮面」を教えてほしくなったケン一は、ハットリくん達とともに修行することに。しかし、些細なことから修行せずともお面をつければいいということに気付いたケン一は、ハットリくんにお願いしてお似合いの仮面を用意してもらう。
パパからお古の鞄を譲り受けご満悦のシンゾウ。しかしその中にはパパの大事な書類が入ったままだった。事の真相を知ったハットリくんはなんとか鞄を取り返そうとするが、シンゾウはせっかくもらった鞄を奪われたくないと逃げ回る。そんな中、騒ぎを聞きつけたケムマキまでもが割り込んでくる。
アメリカの小学校とのビデオレター交換のため、クラスでハットリくんに忍法を教わっている様子を紹介することになった。ケムマキはそのことが気に食わず邪魔をしようとするが、クラスのみんなに自分が忍者だとバレてはまずいと、しぶしぶ普通の男の子のふりをすることにする。
ひょんなことから自分が本当はパンダであると思い込んだ獅子丸。パンダの変装をして一躍人気者になったことで、すっかりスター気取りになった獅子丸の目を覚まさせるため、ハットリくんはとっておきの手段に出る。
航空写真を撮る手伝いをすることになったハットリくん。忍法「むささび」を使って空から撮影をするのだが、そんなハットリくんの邪魔をしようとケムマキがまたもあの手この手でいじわるを仕掛けてくる。
影千代の忍法「エレキャット」の前に敗れてしまった獅子丸は、新忍法「スーパー怒り火の玉」の修行をする。再び影千代との決闘をすることになった獅子丸だったが、思うように新忍法を繰り出すことができない。そこでハットリくんは、獅子丸が奮起するようある行動に出る。
伊賀秘伝の手裏剣投げの特訓をするケン一だが、まるでうまくいかない。その様子を見たハットリくんは、投げる姿勢を正そうとケン一に矯正ギプスを着けさせる。ギプスが姿勢矯正のためだとは知らずに、着用すれば伊賀秘伝の手裏剣を会得できると勘違いしたケムマキは、ケン一からギプスを奪うことにする。
クラスで肝試しをすることになり、怖がりのケン一は暗闇でも目が見えるようになりたいと言い出す。しかしハットリくんの修行についていけず途方に暮れるケン一。そこにケムマキがやってきて、暗闇でも物が見える忍法「猫目」を教えてもらうのだが…。
何をするにもお尻が重いケン一に呆れたハットリくんは、自身の行いを反省させるため、ケン一に協力するふりをして懲らしめることにする。それでもなかなか反省しきらないケン一に対し、ハットリくんは尻を軽くするとっておきの秘策を用意する。
ひょんなことから金魚を手に入れたケムマキ。その金魚とは、甲賀印を額に刻んだ幻の金魚「忍金」だった。忍金は糞を用いて暗号文を伝える「忍金信号」という忍法を使えるのだ。そんな忍金を利用して、ケムマキはハットリくんへの悪だくみを考える。
ケムマキに焚き付けられ、海で夢子ちゃんの水中写真を撮ることになったケン一。しかし泳げないケン一は困り果ててしまう。そこで、ハットリくんにお願いして伊賀伝来の潜水艦を用意してもらい水中撮影会を始めることにするのだが、そこにケムマキが邪魔をしようと乱入してくる。
花火大会の帰り道、夢子ちゃんを送るケムマキの前に怪獣が現れる。夢子ちゃんの悲鳴を聞いて駆けつけるハットリくん達。ハットリくんを見た怪獣は涙を流して喜んだ。怪獣の名前はジッポー。ジッポーはハットリくんの幼馴染みで修行仲間。伊賀の仲間がまた一人、ケン一の家にやって来た！
街の人たちからも頼りにされているハットリくん。今回の助っ人はハンバーガー屋さん。どんなにたくさんの注文も聞き取り、すぐに作ってしまう。そんなハットリくんに対し、様々な妨害を企てるケムマキであったが、最終的にはハットリくんの手伝いをさせられることに…。
カリブの島々を旅行中の夢子ちゃんから、ケン一のもとに写真が届く。「自分もカリブに行きたい」というケン一の願いを叶えるため、ハットリくんの提案でジッポーの気球でカリブに向かう一行。しかし到着したはずのカリブが実は日本だったと知ったハットリくんは、ケン一たちに内緒にしようとするが…。
大きな体に似合わず、家庭的で家事が得意なジッポー。ママも大助かりなジッポーに、獅子丸は自分が追い出されてしまうのではと不安になる。そんな不安を獅子丸はなんと影千代に相談してしまったのだった。それを聞いたケムマキはケン一の家からジッポーを追い出す事を計画する。果たして、その計画とは…。
今夜は夢子ちゃんがお家で一人でお留守番。ひとりぼっちの夜、夢子ちゃんはジッポーに番犬をお願いする事に。それが悔しいケムマキはジッポーの邪魔する。しかし、イタズラに気付いたジッポーに追い詰められ、ケムマキ大ピンチ。そこにハットリくんも巻き込まれる!?
忍法「空中停止飛行」を練習中のハットリくんは、なかなかうまく技を成功させることが出来ず、ひいては夢子ちゃんとバードウォッチングを楽しんでいたケン一達の邪魔をしてしまう。そんな中、ハットリくんはテレビで見たハチドリの停止飛行の動きにヒントを見出す。
今夜のケン一の食卓にハットリくんは居ない。ハットリくんは新忍法の書かれた伝説の巻物を探しに行っているのだ。そんな中、三葉家に現れた伊賀忍者三人組。様々な早業をケン一一家に披露し、ハットリくんを追う一行。果たして三人組の目的とは…。
運動会の大玉転がしにケン一と出場することになったケムマキは、練習でケン一に負けてしまいショックを受ける。そんなケムマキを心配に思った影千代は、ジッポーを泣き落しでこっそり仲間に引き入れ、ケムマキの転がす大玉の代わりになってもらうことにする。そしていよいよ本番を迎え、影千代の作戦は順調にいくと思われたのだが…。
夢子ちゃんからケムマキに一本の電話がかかる。夢子ちゃんが通う道場の畳掃除を手伝ってほしいというのだ。快く引き受けるケムマキだったが、自分で掃除をするのではなく、ハットリくんをだまして手柄だけ横取りする計画だった。ハットリくんはケムマキの企みを見破る事が出来るのか？
班長になってやたらと張り切っているケン一。班員の宿題忘れを防ぐために、ハットリくん達に班のみんなの監視をお願いする。しかし、ひょんなことからケムマキの恨みを買い、ケン一に変装したケムマキによって悪者班長に仕立て上げられてしまいそうになるが…?!
今日の遠足は雨で延期に。遠足の準備しかしてこなかったケン一はランドセルごと家に忘れてしまった。しかしジッポーの忍法「人間砲弾」でランドセルを届けてもらうことに成功する。「人間砲弾」さえあれば朝寝坊しても遅刻しなくてすむと考えたケン一だったが、これを盗み知ったケムマキがまたしてもイタズラを計画する。
ゲームが大好きなケン一。新しいゲームが欲しいけれどケン一にはお小遣いが足りない。そんな時、ケムマキがジッポーにアルバイトをさせる事を提案する。全部のアルバイトが順調にいくが、ジッポーの帰りが遅い事にハットリくんが気付く。
ゲームのやり過ぎで指をトントンする癖がついてしまったケン一と夢子ちゃん。家に帰るとハットリくんまで同じ癖が！ しかし、それは忍法「指トントン」だった。ケン一は忍法を真似して、夢子ちゃんと暗号を考えるがケムマキに邪魔されてしまう。更にケムマキはハットリくん達の修行さえも邪魔しようとするが…。
体育の授業でケン一よりも高い運動神経を披露するケムマキ。しかし、なかな夢子ちゃんは振り向いてくれない。そこでケムマキは転校する芝居をするが、ハットリくんにバレてしまい、お別れ会を開かれてしまう。お別れ会にはたくさんの人が集って、ケムマキを見送りに来た。
忍法「滝くだり」の練習をするハットリくん兄弟だったが、シンゾウは滝くだりに失敗してしまう。そのせいでシンゾウは重度の水嫌いになってしまう。見兼ねたハットリくんはシンゾウの水嫌いを治す為に、水族館の掃除にお手伝いとして連れて行く事にする。
ハットリくんとツバメちゃんがシンゾウと獅子丸に稽古を付けていた。だが、あまりの稽古の辛さにシンゾウは忍法「眠り笛」を会得しようとする。そんなシンゾウ達の行動を盗み見ていたケムマキがまたしてもイタズラを思いつく。
先生はクラスの肝試し中に怖がっているところをケン一に撮られてしまう。自分が怖がりだということをクラスの皆に知られたくない先生は、ケン一に怖がりではないところを見せるため、ハットリくんに協力してもらいケン一とお化け屋敷に行くことにする。
小池先生のサンマが盗まれた!? その時、たまたまその場を通りかかった影千代は犯人と疑われてしまう。影千代は身の潔白を証明する為、その場を写真に収めていたかもしれないケン一に証人になってもらおうとする。しかしなかなか話を切り出せず、カメラのフィルムを手に入れようとする。
ケン一は夢子ちゃんの為に花壇を作る約束をする。しかし、頼りにしていたハットリくんは伊賀の里に、ジッポーは虫歯に。仕方なく、ケン一は自力で花壇を耕す事になってしまうが、そこにケムマキが邪魔をしに現れる。
子供のころから雨男に悩まされている小池先生。しかし週末は愛子先生との大事なデート。どうしてもその日の天気を知りたい小池先生の為に、ハットリくんは伊賀四百年の天気予報調査を始めた。
シンゾウらに忍法修行の手ほどきをしているハットリくんを盗み見ていた影千代は、お手本を披露する際にハットリくんがインチキをしていることを突き止める。影千代のおかげでハットリくんの様々な忍法に仕掛けがあったことを見抜いたケムマキは、意気揚々とハットリくんに決闘を申し込むのだった。
理科の観察ノートを失くしてしまった夢子ちゃん。ケン一は獅子丸にノートを探す手伝いをお願いする。しかし、手柄を横取りしようとケムマキが現れ、ノートは奪われてしまう。そこでハットリくんは獅子丸にある忍術を使うように伝える。
神社の裏の池にはカッパが出る。そんな噂を聞いて、確かめに行ったケン一達の前にカッパが現れた！ カッパを信じていないケムマキにそそのかされたケン一は、夢子ちゃんや小池先生を誘ってもう一度確かめに行くことに。しかし、カッパの正体は実はジッポーで…。
近頃遅刻続きのケン一は、これ以上遅刻しないように学校に泊まることを思いつくがハットリくんに相手にしてもらえない。そこでケン一はシンゾウと獅子丸に頼んで夜の学校に侵入することにする。宿直の先生と守衛さんの見回りをかいくぐり、ケン一は無事に遅刻せずに出席できるのか？
ことあるごとにケンカをするジッポーと獅子丸。すると影千代が割り込んで、二人に忍法勝負をするようにそそのかす。勝った方が主人で、負けた方は主人の言うことに従うことに。なんとか２人の争いをやめさせようとするハットリくんは四苦八苦するが…。
山でサバイバル修行を行う事になったシンゾウ。それを聞いたケムマキは、影千代とともに修行の邪魔を企む。様々な困難を乗り越えていくシンゾウであったが、ケムマキのイタズラで大ピンチ！ 駆けつけたハットリくんは、シンゾウの為を思って助けずにいたのだが…。
ケン一は算数のテストでなんと100点を取ってしまう。喜ぶケン一だったが、ケムマキの連れて来たヤギに答案を食べられてしまう。答案を失くしてしまったケン一の為に、ハットリくんはヤギのおなかからテストの答案を取り戻す事を約束する。ハットリくんの忍法ヤギのコピーとは？
手ぬぐいを忍者道具の基本だとして大事に持っているハットリくんのもとにケムマキがやってきて、最新鋭の忍者道具を見せつけてくる。そして、手ぬぐいを時代遅れと馬鹿にされたハットリくんはケムマキの挑発に乗り、決闘する約束をしてしまう。そんな中、パパの代わりに会社に書類を取りに行くことになったハットリくんは、あろうことかその直前でケムマキに出くわし、先の決闘を果たすことになる。
ジッポーと獅子丸は以前ケンカした際に生まれた新忍法「火の玉岩石」を使いこなし影千代を倒す。だが、獅子丸は新忍法の使い過ぎで笑ったり、怒ったりすると回るのが止められなくなってしまう。ケムマキに邪魔されながらもハットリくんの獅子丸救出作戦が始まる。
体育の授業でとび箱がうまく跳べないケン一。ケン一はケムマキから伊賀には見えない糸がある事を知り、その糸でとび箱を跳べるようにしてほしいとハットリくんにお願いする。しかし、それはケムマキが伊賀の見えない糸を手に入れる為にケン一を騙していたのだった。
ハットリくんに伊賀より荷物が届く。それを見たケムマキは荷物を影千代に奪わせる事を計画する。影千代はケムマキから聞いた影千代の先祖の話からタワシに化け、ケン一の家に潜入する。真相に気付いていながらも、皿洗い、トイレ掃除、洗車などに耐えている影千代を見て感心したハットリくんは…。
夢子ちゃんとスキーにやってきたケン一は浮かれ気分。そこに話を聞きつけたケムマキが大恥をかかせてやろうと、偶然を装いケン一の前に現れる。ケムマキからかわいい女の子に会えるとそそのかされたケン一は、夢子ちゃんとの時間もそっちのけでケムマキの誘惑に乗ってしまう。