Der 12-jährige Nils Holgersson hat nur einen großen Traum: Er möchte fliegen. Tag ein, Tag aus verschanzt er sich in seinem Schuppen und bastelt Modellflugzeuge. Der Bauernhof seiner Eltern und die Tiere, die dort leben, interessieren ihn nicht. Sich um sie zu kümmern, ist ihm eine Last, auch an dem Tag, an dem seine Eltern verreisen und ihn darum bitten.
Genervt vom hungrigen Geschrei des Gänserichs, wirft er dem ein paar Schrauben an den Kopf. Dem weisen alte Elf Athanor gefällt dieses rücksichtslose Verhalten gar nicht. Doch als er Nils darauf hinweist, wird er vom flinken Jungen gefangen und aufgefordert, ihm einen Wunsch zu erfüllen - so wie es sich für gefangen genommene Elfen gehört. Athanor bleibt nichts Anderes übrig als Nils Forderung nachzugeben und ihm seinen größten Wunsch zu erfüllen: Er macht, dass Nils fliegen kann. Allerdings anders als dieser sich das vorgestellt hatte.
Riehakas, nuori huimapää Nils Holgersson haluaisi olla lentäjä. Hän rakentaa ennemmin leijaa kuin huolehtii vanhempiensa kotitilan eläimistä. Kun Nils on viimeistelemässä tekelettään, hän törmää Athanor-tonttuun. Poika ottaa tontun nopeasti vangiksi ja ehdottaa, että vastineeksi vapaudestaan tonttu taikoisi Nilsille lentotaidon.Tonttu tekeekin taikansa, mutta ei toteuta Nilsin toivetta, vaan sen sijaan kutistaa hänet! Peukaloiseksi muuttunut Nils huomaa yhtäkkiä ymmärtävänsä eläinten kieltä. Yhdessä Martti-hanhen kanssa Nils pelastaa kotitilan kettu Smirren hyökkäykseltä. Myös Nilsin toive lentämisestä toteutuu, kun hän loikkaa Martin selkään. Kaksikon yhteinen seikkailu alkaa.
Nils, een jonge onstuimige wildebras, droomt ervan om piloot te worden. En hij bouwt veel liever een vlieger dan dat hij voor de dieren op de boerderij van zijn ouders zorgt. Net als hij daar bijna klaar mee is, komt Nils Athanor tegen. Hij vangt hem en is er zeker van dat de elf een wens zal vervullen in ruil voor zijn vrijheid en die wens is om te kunnen vliegen. De elf vervult zijn wens maar in plaats van vliegen, krimpt Nils. Hij is nu niet veel groter dan een sprinkhaan en kan ineens verstaan wat dieren zeggen.
Nils, en bullrig ung våghals, drömmer om att bli pilot. Han koncentrerar sig hellre på att bygga en drake än att ta hand om gässen på sina föräldrars gård. När han sätter dit det sista på draken träffar han plötsligt… Athanor. Nils fångar honom och är säker på att alven ska låta honom önska sig något i utbyte mot sin frihet - och Nils önskan är att flyga. Alven ger honom en önskan men istället för att låta honom flyga… Så krymper han Nils. Och nu är han plötsligt en liten pyssling som kan förstå vad djuren säger. Med hjälp av Mårten, den romantiska och lite förvirrade tamgåsen, räddar Nils sina föräldrars hönshus undan räven Smirre. Men Nils är besviken för han ville ju flyga. Alven säger åt honom att klättra upp på Mårtens rygg och flyga iväg på äventyr…