女子高校生、翔子が失踪して3週間後、直人と直也は友人の美紀に会い、翔子の残した不思議なメッセージを告げられた。それによると、ふたりはこれから起こる『変革』にとって絶対に必要な存在だという。戸惑うふたりの前に、マイナスの存在、Yが出現した。