Genki vermisst seine Freunde. Als er durch die Stadt schlendert, entdeckt er in einem Geschäft eine CD-Rom von Monster Rancher, die er nicht hat. Er legt sie in den Computer, der dort steht und erfährt, dass Holly den Geheimnisstein mit Mocchi wieder gefunden hat und dass beide jetzt auf der Suche nach den anderen Freunden sind. Genki möchte gerne zu ihnen in das Spiel zurückkehren, aber er weiß nicht wie. Im Spiel tauchen vor Holly und Mocchi wieder Wandler auf und eröffnen ihnen, dass das Böse nicht ganz verschwunden ist. Mocchi hatte vorher einen Geheimnisstein mit dem Zeichen der bösen Truppen gefunden. Diesen wollen die Wandler haben. Mocchi flieht mit diesem Geheimnisstein in einen Schrein. Dort unter Bedrängnis geraten schreit er nach Genki. Dieser taucht dadurch wieder im Spiel auf. Gemeinsam können sie die Wandler in die Flucht schlagen. Genki freut sich, dass er wieder dabei ist und kann die neuen Abenteuer kaum erwarten.
A year has passed since the final battle with Moo, Genki still cannot forget his friends. Suddenly he is led by an image of Mocchi to a deserted shop with a Monster Rancher game disc. Playing the disc he sees his friends quest to defeat Moo unfolds before him and saw what happened in his absence.
After the battle, the gang is seperated. After finding and unlocking Mocchi from his Mystery Disc, Holly and Mocchi embarked on a quest to reunite the gang. They found a Mystery Disc containing Moo and Holly's father. Baddies reappear to claim the disc and the duo are in danger with Mocchi losing all his fighting abilities when he was turned into a Mystery Disc after the final battle with Moo. Also, a mysterious enemy seems to be behind the baddies.
Ha pasado un año desde la batalla final con Moo, Genki todavía no puede olvidar a sus amigos. De repente, es llevado por una imagen de Mocchi a una tienda desierta con un disco de juego Monster Rancher. Tocando el disco, ve a sus amigos buscar derrotar a Moo que se desarrolla ante él y vio lo que sucedió en su ausencia.
Después de la batalla, la pandilla está separada. Después de encontrar y desbloquear a Mocchi de su Mystery Disc, Holly y Mocchi se embarcaron en una búsqueda para reunir a la pandilla. Encontraron un Mystery Disc que contenía a Moo y al padre de Holly. Los malvados reaparecen para reclamar el disco y el dúo está en peligro con Mocchi perdiendo todas sus habilidades de combate cuando se convirtió en un Mystery Disc después de la batalla final con Moo. Además, un misterioso enemigo parece estar detrás de los malos.
雨降る森でムーの石版を発見したホリィとモッチーだったが、ワルモン・ゲルたちに石版を奪われてしまう。邪悪な魂の復活を試みるゲルたち。この危機を受け、ゲンキは再びモンスターファームの世界へ向かう。
