連合核部隊は全滅するも、ザラはジェネシスの照準を地球へ向ける。アスラン達がそれを阻止しようとする中、キラはラウに最期の戦いを挑んでいた。
The Archangel, Eternal, and Kusanagi plunge into the battle, trying to keep both sides from using their weapons of mass destruction. Rau destroys Flay's escape shuttle, killing everyone on board. Flay's spirit visits the grief striken Kira to apoligizes and thanks him. Kira destroys the Providence with the Freedom, while Athrun remote-destructs the Justice to destroys GENESIS. With both the PLANTs and the Earth Alliance forces in disarray, the renegade moderate faction of the PLANTs seize the opportunity to call for a cease-fire, effectively ending the war.
Die Archangel, die Eternal und Kusanagi schmeissen sich ins Gefecht um beide Seiten davon abzuhalten ihre Massenvernichtungswaffen einzusetzen. Zur gleichen Zeit gelingt es Le Creuset das Shuttle mit Flay an Bord zu vernichten. Kira ist am Boden zerstört doch trifft er kurz darauf auf Flays Seele …
Pendant que Kira affronte Raw Le Creuset dans un combat sans merci, Cagalli et Asran se dirigent vers Genesis afin de le détruire avant qu'il ne soit trop tard. L'espoir de sauver la race humaine de la destruction semble plus mince que jamais.
感应到克鲁泽的存在的基拉驾驶着自由高达与天命高达开始了死斗。混战中，迪亚克所驾驶的暴风高达被天命高达的浮游炮击中；驾驶决战高达的伊扎克前来援救，却被强夺高达所阻击。决战高达使用了暴风高达的大型光束炮，将无论是机体还是机师都到达极限的强夺高达击毁，克罗特战死。 在与克鲁泽的死斗中，基拉处于一边倒的不利局面，流星系统也被击毁。就在这时，基拉突然发现了逃生艇上的芙蕾，当两人行将见面时，逃生艇被神翼高达的浮游炮击毁，芙蕾死亡。 草剃号和永恒号同时向创世纪开火，但由于相转移装甲的保护，创世纪安然无恙。阿斯兰和卡嘉莉决定进入雅金·杜埃要塞内部来破坏创世纪。 陷入疯狂的帕特利克·萨拉将创世纪的下一个目标定为北美大陆的华盛顿，并开枪打伤了劝阻他的部下，最后被部下射杀。 雅金·杜埃的自爆系统被启动，然而自爆程序上还连带着创世纪的发射命令。阿斯兰决定以一己的牺牲让正义高达在雅金·杜埃内部自爆来阻止创世纪的发射，却被卡嘉莉劝阻。 基拉与克鲁泽的死斗也终于到了最后。神意高达的驾驶舱遭到自由高达光束剑的直击，克鲁泽死亡。雅金·杜埃发生爆炸，创世纪同时发射，神意高达首当其冲，自由高达也被波及。 PLANT临时最高评议会发布了停战通告，战争终于结束。劫后余生的阿斯兰和卡嘉莉相拥而泣。 在从大天使号上飞出的机械鸟的带领下，阿斯兰和卡嘉莉找到了飘浮在宇宙中的基拉。
