After a trip to the Mendel Colony, Lacus and the Eternal's location is discovered by ZAFT. Just when it looks bleak for the Eternal, Kira comes to the rescue...
Sur Mendel, Da Costa trouve des notes sur le plan Destiny de Gilbert Durandal, qu’il ramène à Lacus et le commandant Waldfeld. Néanmoins, l’Eternal se fera repérer et devra appareiller plus tôt que prévu, au grand dam de Kira, encore sur Terre et impuissant…
Dopo un viaggio alla colonia di Mendel, la posizione di Lacus e l'Eterno viene scoperta da ZAFT. Proprio quando sembra triste per l'Eterna, Kira viene in soccorso ...
ヘブンズゲートは、ザフトによって完全に制圧された。が、ジブリールの行方は未だに不明のまま。デュランダルは、その足取りを追うよう軍に命じる。 その頃オーブのオノゴロ島では、傷ついたアークエンジェルがドックに入っていた。クルーたちが修理に追われる中、フリーダムという力を失い、一人焦るキラ。マリューは、 そんなキラに優しく声を掛け、励ます。ようやく意識を取り戻したアスランも、久しぶりにカガリと言葉を交わしていた。
一方、ラクスの指示を受けたダコスタは、かつて遺伝子研究所のあったコロニー・メンデルの中を調査していた。全てのデータが廃棄された中、唯一残されていたノート……そ の中に「デスティニープラン」なる記述を目にしたラクスは、思わず息をのむ。と、そのときエターナルの艦内警報が！ ザフトに発見されてしまったラクスたちは、証拠のノートとあるモノをキラたちへ届けるため、決死の強行突破を試みる。エターナルのピンチを知ったキラは、ストライクに急遽ブースターを取り付けると、単身宇宙へ。間一髪救われたラクスは、キラへ新たな力・ストライクフリーダムを手渡すのだった。
达科斯塔受托前往L4殖民卫星门德尔的废弃研究所中寻找资料，无意中发现了当年还是一介研究员的杜朗达尔所提出的“命运计划”。 天堂基地投降后，LOGOS成员全部被抓了起来，惟有事先悄悄逃走的加百列独自前往了奥布，在那里有和他关系密切的塞兰家族；另一方面，在大天使号上，身体逐渐复苏的阿斯兰和卡嘉莉坦陈了各自的心情，相互间的裂痕也逐渐在弥合。 达科斯塔在返回永恒号的途中不幸被ZAFT军跟踪，为了保护工厂人员，拉克丝毅然决定让永恒号出击争取时间，而巴尔特菲尔德也驾驶MS出击。大天使号方面在得知永恒号的险恶境况之后，受到阿斯兰鼓励的基拉驾驶追加了推进器的强袭·红高达突破大气圈前往宇宙与拉克丝会合。 由于战力的悬殊，基拉加入战斗后依然无法扭转战局，强袭·红高达也受到一定损伤不得不进入永恒号内。在那里，拉克丝将新完成的强袭自由高达交给基拉，依靠着它的强大力量，基拉在极短时间内便将追击的ZAFT军全灭。
