Two years after the First Bloody Valentine War, Cagalli Yula Athha and "Alex Dino" (Athrun Zala acting as Cagalli's bodyguard) meet PLANT Chairman Gilbert Durandal at the new PLANT, Armory One, to discuss important matters. At the same time, three unknown individuals infiltrate Armory One and steal three new ZAFT mobile suits. They are confronted by pilot Shinn Asuka in the ZGMF-X56S Impulse.
Cagalli se rend sur la base d'Armory One en compagnie d'Asran, qui se fait passer pour son garde du corps, afin de discuter avec Gilbert Durandal, le nouveau président des PLANTs. Alors qu'elle fait part à ce dernier de son inquiétude vis-à-vis de sa politique d'armement, trois individus s'emparent de nouveaux prototypes Gundam...
Due anni dopo la prima Bloody Valentine War, Cagalli Yula Athha e "Alex Dino" (Athrun Zala in qualità di guardia del corpo di Cagalli) incontrano il Presidente del PLANT Gilbert Durandal al nuovo PLANT, Armory One, per discutere di questioni importanti. Allo stesso tempo, tre persone sconosciute si infiltrano in Armory One e rubano tre nuovi mobile suit ZAFT. Sono affrontati dal pilota Shinn Asuka nell'impulso ZGMF-X56S.
地球連合、ザフトは多大な犠牲を双方に出した第二次ヤキン・ドゥーエ攻防戦の後、ユニウスセブン跡において停戦条約を締結。しかし、ナチュラルとコーディネイターの争いの火種が消えたわけではなかった。
Ｃ．Ｅ．７３・１０。オーブの代表首長となっていたカガリ・ユラ・アスハはアスラン・ザラ（公には別名「アレックス・ディノ」を名乗っている）を伴ってＬ４に新設されたザフトのプラント「アーモリーワン」を訪れていた。再び燻り始めた両陣営での不穏な動きを懸念し、最高評議会議長ギルバート・デュランダルと極秘会談の場を持つためであった。
その時、突如鳴り響く警報！
新造艦「ミネルバ」の進水式を狙った謎のグループが破壊活動を起こしたのだ。さらに彼らは混乱に乗じ、ロールアウト直前の新型ＭＳ「ガンダム」を強奪する。
再び起こってしまった戦いを前に戸惑うカガリ。爆煙の中アスランは彼女を守るため手近のＭＳ「ザクウォーリア」に乗り込み奪われたカオス・ガイア・アビス、３機のガンダムを相手にする。しかし複数の上、スペックで上回る敵に窮地に立たされてしまう！
絶対絶命のその瞬間、双方の間に割って入ったもう一機の新型ＭＳ。
その機体こそシン・アスカの搭乗するインパルスガンダムであった。
C.E.73年10月2日，奥布联合酋长国首相卡嘉莉·尤拉·阿斯哈来到L4的殖民卫星阿莫利万，决定与PLANT的杜朗达尔议长举行机密会谈，与其同行的还有隐姓埋名的阿斯兰·萨拉；而就在同一个地方，ZAFT军的新型战舰“密涅瓦号”的入水仪式也即将进行。 一派轻松的气氛下，“密涅瓦号”所属的真也与同事尤兰等人上街闲逛，并偶遇秘密潜入阿莫利万的地球联合军特务部队所属成员——史黛拉·露歇，但双方并不知道彼此的真实身份。 就在入水仪式即将举行的时候，阿莫利万的MS格纳库遭到了地球联合军特务部队的突然袭击，ZAFT军所开发的三架最新型高达也被夺走。ZAFT的MS部队损失惨重，而卡嘉莉和阿斯兰也陷入危险之中。就在这危急时刻，飞鸟真驾驶剑装备型脉动高达挡在三架高达的面前。
