Beim Finale MegaMan-ProtoMan stürzt das Stadion ein. Als wäre das noch nicht Unheil genug, erwacht dadurch auch noch eine besonders finstere Gestalt zum Leben: PharaoMan, ein böser, starker NetNavi.
At long last the waiting is over! The Championship Battle of the N1 Grand Prix has finally arrived, and the contestants are Lan and Chaud with their NetNavis MegaMan and ProtoMan! But as the teams clash in a dramatic battle, they unleash so much power that the hydraulic support beams holding up the Floating Arena are damaged and the arena starts sinking! While the terrified crowd evacuates, the gang realizes that Lan and Chaud are continuing their heated battle--and both plan to battle to the end, even if it means going down with the arena! While the gang watches from afar, Lan and Chaud's NetBattle climaxes with a never-before-seen Double Advance! As the crowd cheers, the energy the titanic Double Advance unleashes a powerful and malevolent NetNavi from his secret tomb. PharaohMan is released back into the world!
決勝戦。ブルース＆炎山と、ロックマン＆熱斗の激しいぶつかり合い。だが、そんな闘いのさなか会場であるメガフロートが何者かに破壊され沈没するという事態に。観客たちは避難するが、熱斗と炎山はバトルを続行、互いにプログラムアドバンスを発動させる。試合終了後、突如現れた謎のナビ・ファラオマンがブルースに襲いかかるが・・・。
La finale del Gran Premio N.1 si svolge tra Lan e Chaud. Durante la battaglia, una forza sconosciuta provoca la distruzione dello stadio del torneo che inizia ad affondare nell'oceano. Mentre tutti gli spettatori e gli organizzatori e i partecipanti fuggono, Lan e Chaud rimangono indietro per terminare la loro partita. Alla fine ProtoMan viene dichiarato vincitore, ma un Net-Navi solitario appare ed attacca improvvisamente, provocando la cancellazione di MegaMan.
L'attente est enfin terminée ! La bataille de championnat du Grand Prix N1 est enfin arrivée, et les concurrents sont Lan et Chaud avec leurs NetNavis MegaMan et ProtoMan ! Mais alors que les équipes s'affrontent dans une bataille dramatique, elles libèrent tellement de puissance que les poutres de support hydrauliques qui soutiennent l'arène flottante sont endommagées et l'arène commence à couler ! Alors que la foule terrifiée évacue, la bande se rend compte que Lan et Chaud poursuivent leur bataille acharnée et tous deux prévoient de se battre jusqu'au bout, quitte à descendre avec l'arène ! Pendant que le gang regarde de loin, le NetBattle de Lan et Chaud culmine avec une Double Advance jamais vue auparavant ! Alors que la foule applaudit, l'énergie du titanesque Double Advance libère un NetNavi puissant et malveillant depuis sa tombe secrète. PharaohMan est de retour dans le monde !
