Immer neue Viren greifen an. MegaMan findet heraus, dass sie in einer bestimmten Fabrik hergestellt werden. Daher muss dem Treiben in dieser Fabrik ein Ende gemacht werden.
A strange acid rain and viruses loom over NetCity, destroying it. MegaMan and co. jack-in to fend off the viruses, and they soon discover an underground factory that's the source of the mayhem. But when MegaMan goes to destroy it, he meets ShadowMan, an assassin NetNavi hired to delete him.
インターネットシティに大量のウイルスが発生。リンクも遮断され、バーチャルアイドル・AKIが助けを求めて来る。日暮のサーバー経由でプラグインしたロックマン達だが、シティ内ではバトルチップ使用禁止のため苦戦する。シティの奥底にウイルス工場があることをつきとめたロックマンは、ゴスペルに雇われた殺し屋ナビ、シャドーマンに襲われる。
Una strana piogga di virus incombe su Netcity, distruggendola. MegaMan e compagni si connettono alla rete di NetCity per respingere i virus, scoprendo così una fabbrica sotterranea che è la fonte del caos. Quando però MegaMan penetra all'interno della fabbrica per distruggerla, incontra ShadowMan, un Net-Navi assassino assunto dalla Grave appositamente per eliminarlo.
