Nina operates the Harmonium in order to save the fatally wounded Sergay. Meanwhile, Operation Liberate Windbloom is put into full action, with rival armies squaring off against each other and the Otome attempting to gain their powers back.
ハルモニウムの力で科学の復興をしなければならないニナの前に、エアリーズなどの条約国軍勢が立ちはだかる。ナギたちアルタイ同盟国軍は、軍事力をもってそれに対抗する。ハルカたちによる陽動が行われている最中、学園への潜入に成功するナツキたち。なりふりかまわないナギは、スレイブの大群を呼び出して…。