"Die Männer in Schwarz" kehren in die Stadt zurück, um M.A.N.T.I.S. zu zerstören.
Der Vorsitzende der Tranquility Corporation, Flayton Ruell, eröffnet ein neues Welthauptquartier seiner Gesellschaft in Port Colombia. Zum Eröffnungsempfang wird alles eingeladen, was in der Stadt Rang und Namen hat. Doch während des Fests macht Dr. Miles Hawkins einige merkwürdige Beobachtungen: Einige Gäste, u.a. der Bürgermeister und der Polizeichef, kehren nach kurzer Abwesenheit mit einer Schnittwunde an der Stirn zurück. Was jedoch noch keiner ahnt: Flayton Ruell arbeitet im Auftrag der "Männer in Schwarz". Diese Außerirdischen aus einem Paralleluniversum setzen erneut zu einem Schlag an, um Miles Hawkins ihrem Willen zu unterwerfen oder ihn notfalls zu vernichten. Schritt für Schritt macht der skrupellose Ruell sich daran Hawkins Welt zu zerstören. John Stonebrake wird gnadenlos niedergeschossen, Leora Maxwell entführt und manipuliert. Schließlich begibt sich Miles in das spinnennetzähnliche Hauptquartier Ruells...
The Men in Black return to destroy the M.A.N.T.I.S. and the Port Columbia's leaders using their latest weapon.