天才法医学者・水沢真澄（ディーン・フジオカ）は、アメリカで15年にわたり活躍してきた“メディカルイグザミナー”。解剖室だけでなく現場にも足を運び、自分の目で死因を見極める。物腰は柔らかいのに、わずかな矛盾も見過ごせない彼は、周囲を戸惑わせることもしばしば。 彼を迎えて厚生労働省主導で新たに立ち上げられたのが、法医学専門チーム「メディカルイグザミナージャパン（MEJ）」。官僚の桐生麻帆（瀧内公美）は、そのセンター長に選ばれたものの、法医学も事件捜査もほぼ素人だ。 パートナーでもある後輩・篠塚拓実（草川拓弥）に、「なんで私が左遷？」と思わずこぼす麻帆。「どんな人も笑って暮らせるような制度を作りたい」と官僚を志した彼女にとっては、この異動は貧乏くじにしか思えなかった。 MEJスタート前日、浮かない顔で準備をしていた麻帆の前にアメリカ帰りの真澄が現れるが、二人の会話は噛み合わない。そして翌朝、スタッフルームで横になっていた真澄のもとに、現場からの連絡が入る。真澄と麻帆が向かったのは、17歳の少年が倒れていた水深40センチの池。刑事の堂島穂乃果（山口紗弥加）は他殺と判断し、麻帆たちを邪険にするが、真澄はどこ吹く風で現場を観察する。 そして始まった、MEJ初の解剖。麻帆にとっては現場に続いて、解剖室も初めて入る場所だ。法医学者の本田雅人（八木勇征）から「官僚は現場を知らない」と皮肉を言われ、実際に解剖を直視できない麻帆。一方、真澄は迷いのない手つきで解剖を進め、その圧倒的な技量に法医学者の高森蓮介（綱 啓永）や松原涼音（安斉星来）、検査技師の吉本由季子（川床明日香）は思わず息をのむ。解剖室には、静かな緊張と張り詰めた空気が広がる。 その後、解剖で判明した死因は「溺死」。しかし少年の体には意識を失った形跡も、抵抗の痕跡もなかった。なぜ、わずか水深40センチの池で、彼は命を落としたのか！？事故か、事件か、それとも……。 “遺された痕跡”が語る“真実”と、そこに残された人々の想い。ひとつの死を起点に、真澄と麻帆、そしてMEJの挑戦が始まる。その真実に辿り着いたとき、見えてくるのは、失われた命の奥に確かに存在した“愛”のかたちかもしれない―。
天才法医学者・水沢真澄（ディーン・フジオカ）とセンター長・桐生麻帆（瀧内公美）のもと、本格始動した「メディカルイグザミナージャパン（MEJ）」。しかし現実は理想とはほど遠く、本田雅人（八木勇征）、高森蓮介（綱 啓永）、松原涼音（安斉星来）ら法医学者に加え、検査技師の吉本由季子（川床明日香）も山積みの書類業務に追われていた。思うように解剖にも関われず、スタッフルームには重苦しい空気が漂う。 そんな中、一足先に仕事を終えた本田は、大学病院の外科医として働く旧友・広野智樹（東龍之介）との飲み会へ。再会を喜び、思い出話に花を咲かせる二人だったが、やがて本田がこぼす現状の不満に対し、広野はどこか言葉を濁す。微妙な空気の中、広野は仕事の呼び出しを受け、どこか引っかかるものを残したまま、飲み会はお開きになる。 しかし翌朝、広野が異状死と見られる姿で発見される。堂島穂乃果（山口紗弥加）らが調査する現場に、真澄と麻帆、そして動揺を隠せない本田も駆けつける。真澄の見立てでは、“激しい衝突”が死因のようだが、どうやら落下した可能性が高いらしい。だが現場の近くに高い建物は見当たらず、「空から落ちてきたとでも？」と呆れる穂乃果。 解剖の結果、遺体から判明した死因は…「落下死」。 一体、どこから落下したのか。そして、なぜ彼は死ななければならなかったのか――。
ある夜、「メディカルイグザミナージャパン（MEJ）」に一本の電話が入る。それは、造船所の社長・伊澤康雄（坪倉由幸）がトラックにひかれたとみられる事故の知らせだった。 連絡を受け、現場へ向かう水沢真澄（ディーン・フジオカ）と桐生麻帆（瀧内公美）。現場の状況を見た堂島穂乃果（山口紗弥加）は、単なる交通事故ではない可能性を疑い始める。真澄もまた、いくつもの違和感を覚えていた。衝突事故にしては、被害者が跳ね飛ばされた距離があまりにも短い。にもかかわらず、道路には車が加速した跡が残されている。しかし、真相にたどり着くには、まだ決定的な手がかりが足りなかった。 解剖には、本田雅人（八木勇征）、高森蓮介（綱 啓永）、松原涼音（安斉星来）ら若手法医学者たちも参加し、それぞれの視点から意見を交わしていく。さらに検査技師の吉本由季子（川床明日香）も見解を示す。解剖の結果、あるひとつの可能性が浮かび上がるが、被害者の体には走ってくる車から身を守ろうとした痕跡がなく、現場に残された証拠とも一致しない…。 そして翌日、再び現場を訪れた真澄と麻帆を待っていたのは、トラックを運転していた若いドライバー・田村和寿（若林時英）の遺体だった。そのポケットには、遺書と思われるメモが残されていて…。矛盾する真実の先に、もうひとつの真実が浮かび上がる。
MEJセンター長・桐生麻帆（瀧内公美）のもとに、ある知らせが届く。それは、彼女が官僚として幾度も向き合い、結実を願ってきた「若年者の貧困支援プロジェクト」の始動だった。しかし、今の麻帆はMEJの責任者。プロジェクトは他の人間に託すという上司の言葉に、肩を落とす。 そんな折、MEJに新たな不審死の連絡が入る。麻帆は水沢真澄（ディーン・フジオカ）と共に事件現場のキャバクラへ。亡くなったのは、強引な経営で知られるオーナー・栗山隼人（渋江譲二）。刑事の堂島穂乃果（山口紗弥加）たちが声をかけたのは、キャストの柳原美幸（花村すいひ）だった。彼女は震える声で、自分がオーナーを殺したと自供し始める。奨学金の返済のために働き始めたはずが、暴力で支配され、逃げ場を失っていたという。「毒を盛り、首を絞め、水に沈めた」という供述は、現場の状況や解剖結果とも一致。しかし、なぜか彼女は毒についてだけ、頑なに口を閉ざす。苦境に立たされた美幸は、麻帆が救いたいと願ってきた“若者”そのものだった。麻帆は、痛みを抱えて心を閉ざしてしまった美幸に向き合おうとするが…。 ところがそこへ、店の黒服・村野尚樹（名村辰）が「自分が灰皿で殴り、首を絞めた」と、新たな名乗りを上げる。村野の言葉を裏付けるように、オーナーの頭部には確かに殴られた痕跡が残されていて…。 重なり合う二人の「自供」と、二つの「犯行」。真実はどちらの“告白”にあるのか―！？
MEJのスタッフルームは、法医学者・高森蓮介（綱 啓永）がもうすぐパパになるという話題で盛り上がっていた。そんな折、舞い込んできたのは“生きている人の鑑定依頼”。センター長の桐生麻帆（瀧内公美）は、休暇中の水沢真澄（ディーン・フジオカ）に連絡を入れるが、真澄は「臨床法医学（生きている人の鑑定）は高森先生の専門です」とすべてを彼に託す。一方、真澄は15年前の「白峯女子連続殺害事件」の真相を追い、ある人物のもとを訪ねていた。 麻帆と高森が向かった現場は、とある住宅街。階段下で倒れていたのは、5年前に離婚した母・戸川沙也（小野ゆり子）と暮らす10歳の少年・奏太（長尾 翼）。奏太は意識を失う直前、「怪物がきちゃう…黒い、怪物……」という謎の言葉を残していた。病院で診察にあたる高森だったが、奏太の体にある虐待を疑わせるアザを見た瞬間、その手が震え始める。実は高森自身も、かつて虐待を受けていて…。 疑惑の目は沙也の恋人・紀田諒司（前田公輝）へ向けられるが、彼もまた過去に虐待を経験していた。“虐待の連鎖”という深い闇が、MEJメンバーたちの前に立ちはだかる。刑事の堂島穂乃果（山口紗弥加）は、事件の裏にはまだ何かがあると感じていた。 自らの過去と、これから親になる未来。その狭間で立ちすくむ高森だが、真澄や麻帆からの助言に背中を押され、再び真相を探るために動き出す。 果たして、少年がおびえていた“黒い怪物”の正体とは…！？
松原涼音（安斉星来）と吉本由季子（川床明日香）がやってきたのは、エスニックフェアのホテルビュッフェ。空気を読み、実はエスニック料理が苦手だと言い出せない由季子に対し、涼音は「空気を読んだかなんて、解剖しても分からない」と言い放つ。 その直後、涼音のもとに届いたのは、議員秘書を務める姉・早紀（志田彩良）が、国会議員・青田敏夫（東根作寿英）と不倫関係にあるというスクープだった。騒動が冷めやらぬ翌日、MEJに異状死体の連絡が入る。発見されたのは、首を吊った状態の青田。そして、その第一発見者は早紀だった。現場に駆け付けた水沢真澄（ディーン・フジオカ）と桐生麻帆（瀧内公美）だったが、現場には刑事の堂島穂乃果（山口紗弥加）は不在。事件を追求しないようにと、上層部から釘を刺されていたのだ。さらに麻帆にも厚労省からの圧力がかかり…。 解剖の結果、青田の死因は自死による窒息ではないことが判明する。遺体の胸に残された、小さな刺し傷のような痕。謎を解くには、まだピースが足りない。そんな中、涼音は調査に行かせてほしいと真澄に訴える。波風を立てぬよう“空気を読む”ことが得意だった姉のことが、涼音はずっと嫌いだった。けれど姉は、他人が傷つくようなことはしないと断言する。それぞれの思惑と巨大な圧力が交錯する中、早紀が読み取ろうとしていた“空気”の正体とは―！？
20周年を迎える人気バラエティー番組の祝賀会。その華やかな夜、番組MCである人気タレント・天城耕一（堀内 健）が、会場で転落死を遂げる。しかし、その遺体には目立った外傷がなく、出血も少ないという極めて不自然な状態だった。現場に駆け付けた水沢真澄（ディーン・フジオカ）と桐生麻帆（瀧内公美）は、その不可解な状況に違和感を抱く。 翌日の解剖で、真澄は「まるで体の内部だけが転落しているかのよう」と語る。表面の傷が極端に少ない一方で、体内には不自然な線状痕や、古い骨折の痕も見つかり、謎は深まっていく。第一発見者は、天城と共に長年番組を支えてきた演出の武藤和彦（丸山智己）。かつては、共に熱い夢を語り合った同志であったが、その絆はいつしか形を変えていた。 そんな折、警察上層部が自殺として処理しようとしているという、思わぬ知らせが飛び込んでくる。前回の事件に続く、上層部からの圧力に、言葉を失うMEJのメンバーたち。 その後、天城のマネージャーであり妻の由香（占部房子）に見せてもらった本人のスケジュール帳には、几帳面に30分単位で管理されていた。そこに赤字で書き込まれた半端な時刻に真澄は目を留める。武藤も天城について、今では番組の打ち合わせにも顔を出さず、時間ばかり気にするようになってしまったと語っていた。 同じ夢を追っていた盟友は、なぜ変わってしまったのか。 そして、“内部だけの転落死”は、どのようにして起きたのか…。
